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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gu5 | |||||||||
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タイトル | Structure of Full-length Drosophila Cryptochrome | |||||||||
要素 | Cryptochrome-1 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PHOTOLYASE / CIRCADIAN CLOCK LIGHT ENTRAINMENT / GENE REGULATION / PROTEIN DEGRADATION / TIMELESS / JETLAG / PHOSPHORYLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UV-A, blue light phototransduction / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / Degradation of CRY / Degradation of TIM / blue light signaling pathway / response to magnetism / response to blue light ...UV-A, blue light phototransduction / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / Degradation of CRY / Degradation of TIM / blue light signaling pathway / response to magnetism / response to blue light / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / cellular response to light stimulus / blue light photoreceptor activity / entrainment of circadian clock / circadian behavior / entrainment of circadian clock by photoperiod / locomotor rhythm / photoreceptor activity / phototransduction / response to light stimulus / FAD binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / flavin adenine dinucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zoltowski, B.D. / Vaidya, A.T. / Top, D. / Widom, J. / Young, M.W. / Levy, C. / Jones, A.R. / Scrutton, N.S. / Leys, D. / Crane, B.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Updated structure of Drosophila cryptochrome. 著者: Levy, C. / Zoltowski, B.D. / Jones, A.R. / Vaidya, A.T. / Top, D. / Widom, J. / Young, M.W. / Scrutton, N.S. / Crane, B.R. / Leys, D. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Structure of full-length Drosophila cryptochrome. 著者: Zoltowski, B.D. / Vaidya, A.T. / Top, D. / Widom, J. / Young, M.W. / Crane, B.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gu5.cif.gz | 235 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gu5.ent.gz | 187.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gu5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gu5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4gu5_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gu5_validation.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1tezS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62288.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3772, cry / プラスミド: PFASTBAC-HTA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O77059 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8 詳細: 50 MM HEPES PH 8.0; 150 MM NACL 5MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH 18% PDG 4K, 150 MM MGACETATE, 100 MM TRIS PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月12日 |
放射 | モノクロメーター: 111 SI SIDE-BOUNCE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30.58 Å / Num. obs: 44381 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 48 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TEZ 解像度: 2.3→30.58 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.03 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati sigma a free: 0.33 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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