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万見
- PDB-4gu5: Structure of Full-length Drosophila Cryptochrome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gu5
タイトルStructure of Full-length Drosophila Cryptochrome
要素Cryptochrome-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTOLYASE / CIRCADIAN CLOCK LIGHT ENTRAINMENT / GENE REGULATION / PROTEIN DEGRADATION / TIMELESS / JETLAG / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


UV-A, blue light phototransduction / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / Degradation of CRY / Degradation of TIM / blue light signaling pathway / response to magnetism / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep ...UV-A, blue light phototransduction / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / Degradation of CRY / Degradation of TIM / blue light signaling pathway / response to magnetism / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / cellular response to light stimulus / blue light photoreceptor activity / response to blue light / entrainment of circadian clock / circadian behavior / entrainment of circadian clock by photoperiod / locomotor rhythm / response to light stimulus / photoreceptor activity / phototransduction / FAD binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / flavin adenine dinucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zoltowski, B.D. / Vaidya, A.T. / Top, D. / Widom, J. / Young, M.W. / Levy, C. / Jones, A.R. / Scrutton, N.S. / Leys, D. / Crane, B.R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Updated structure of Drosophila cryptochrome.
著者: Levy, C. / Zoltowski, B.D. / Jones, A.R. / Vaidya, A.T. / Top, D. / Widom, J. / Young, M.W. / Scrutton, N.S. / Crane, B.R. / Leys, D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of full-length Drosophila cryptochrome.
著者: Zoltowski, B.D. / Vaidya, A.T. / Top, D. / Widom, J. / Young, M.W. / Crane, B.R.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年9月26日ID: 3TVS
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22013年4月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
B: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1966
ポリマ－124,5762
非ポリマー1,6204
水5,783321
1
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0983
ポリマ－62,2881
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0983
ポリマ－62,2881
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.750, 122.320, 75.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-1 / DmCRY1 / dcry / Blue light photoreceptor


分子量: 62288.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3772, cry / プラスミド: PFASTBAC-HTA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O77059
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 50 MM HEPES PH 8.0; 150 MM NACL 5MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH 18% PDG 4K, 150 MM MGACETATE, 100 MM TRIS PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月12日
放射モノクロメーター: 111 SI SIDE-BOUNCE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.58 Å / Num. obs: 44381 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TEZ

1tez


解像度: 2.3→30.58 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 3585 8.08 %
Rwork0.184 --
obs0.189 44381 84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.03 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.056 Å2-0 Å22.385 Å2
2---7.8556 Å2-0 Å2
3----2.2004 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8751 0 108 321 9180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12712409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3273423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3002-2.38240.3212030.2422298X-RAY DIFFRACTION48
2.3824-2.47770.30642490.2222929X-RAY DIFFRACTION60
2.4777-2.59040.30892750.22713480X-RAY DIFFRACTION71
2.5904-2.72690.29583750.21584062X-RAY DIFFRACTION85
2.7269-2.89760.28073810.21254334X-RAY DIFFRACTION89
2.8976-3.12120.27264180.19714542X-RAY DIFFRACTION94
3.1212-3.43490.25274200.17644670X-RAY DIFFRACTION97
3.4349-3.9310.21974700.15854736X-RAY DIFFRACTION98
3.931-4.94930.20374120.15114814X-RAY DIFFRACTION99
4.9493-30.58270.23033820.18774931X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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