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万見
- PDB-4gu2: Crystal structure of ubiquitin from Entamoeba histolytica to 1.35... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gu2
タイトルCrystal structure of ubiquitin from Entamoeba histolytica to 1.35 Angstrom
要素Ubiquitin
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitin / ubiquitin-like modifier / ubiquitin fold / post-translational ubiquitination / isopeptide bond / EhUbc5 / EhUba1
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants of Ubiquitin Conjugation in Entamoeba histolytica.
著者: Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9821
ポリマ－8,9821
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.798, 49.798, 63.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-134-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin / Ubiquitin / putative


分子量: 8982.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: EhUBI1, EHI_083270, EHI_083410, EHI_156660, EHI_178340
プラスミド: pLIC His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M760
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: EhUbiquitin at 17 mg/mL was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution containing 25% (w/v) PEG 3350 and 100 mM citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月8日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→25.654 Å / Num. all: 20637 / Num. obs: 20493 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 100
反射 シェル解像度: 1.35→1.36 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 486 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXAutoMRモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UBQ

1ubq


解像度: 1.35→25.65 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2692 1028 5.03 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 20454 99.03 %-
all-20654 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数546 0 0 66 612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.642770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009100
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.35-1.42050.31251430.22822718271898
1.4205-1.50950.30261470.21232752100
1.5095-1.62610.27831450.2062757100
1.6261-1.78970.2711450.21632773100
1.7897-2.04860.26921450.20442787100
2.0486-2.58060.23751490.22432826100
2.5806-25.65880.27711540.2078281396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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