PDB-4gt2: Crystal structure of DyP-type peroxidase (SCO3963) from Streptomy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gt2

タイトル

Crystal structure of DyP-type peroxidase (SCO3963) from Streptomyces coelicolor

要素

Putative uncharacterized protein SCO3963

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferridoxin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: DyP-type peroxidases from Stretptomyces and Thermobifida can modify organosolv lignin.
著者: Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2012年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gt2.cif.gz	611.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gt2.ent.gz	495.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gt2_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gt2_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4gt2_validation.xml.gz	75.5 KB	表示
CIF形式データ	4gt2_validation.cif.gz	116.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4grcC 4gs1C 4gu7C 2gvkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gzw-d 5map-d 5mjh-d 5jxu-d 4bcq-2 4fzr-1 6kmm-2 4giz-1 4eos-1 5cd6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Putative uncharacterized protein SCO3963

A: Putative uncharacterized protein SCO3963

E: Putative uncharacterized protein SCO3963

G: Putative uncharacterized protein SCO3963

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Putative uncharacterized protein SCO3963

A: Putative uncharacterized protein SCO3963

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Putative uncharacterized protein SCO3963

G: Putative uncharacterized protein SCO3963

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.870, 203.200, 76.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BAEG

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein SCO3963 / DyP-type peroxidase 分子量: 49254.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3963 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZBW9, dye decolorizing peroxidase

#1: タンパク質

Putative uncharacterized protein SCO3963 / DyP-type peroxidase

分子量: 49254.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3963 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZBW9, dye decolorizing peroxidase

-
非ポリマー , 5種, 2246分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein solution was at 15 mg/mL, containing 20 mM HEPES and 100 mM KCl. Mother liqueur contained 5% Tacsimate, 100 mM HEPES, 15% PEG 5,000 MME. Cryoprotectant contained 20% glycerol, pH 8.0, ...詳細: Protein solution was at 15 mg/mL, containing 20 mM HEPES and 100 mM KCl. Mother liqueur contained 5% Tacsimate, 100 mM HEPES, 15% PEG 5,000 MME. Cryoprotectant contained 20% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.97 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein solution was at 15 mg/mL, containing 20 mM HEPES and 100 mM KCl. Mother liqueur contained 5% Tacsimate, 100 mM HEPES, 15% PEG 5,000 MME. Cryoprotectant contained 20% glycerol, pH 8.0, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 883353 / R_merge(I) obs: 0.092 / D res high: 1.8 Å / Num. obs: 278491 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
8.05	30	3025	95.8	1	0.04
5.69	8.05	5725	99.1	1	0.046
4.65	5.69	7394	99	1	0.045
4.02	4.65	8652	98.9	1	0.047
3.6	4.02	9814	98.6	1	0.049
3.29	3.6	10921	98.6	1	0.054
3.04	3.29	11874	98.6	1	0.062
2.85	3.04	12672	98.8	1	0.071
2.68	2.85	13650	98.9	1	0.082
2.55	2.68	14317	99	1	0.096
2.43	2.55	15211	99.1	1	0.109
2.32	2.43	15847	99.3	1	0.115
2.23	2.32	16440	99.2	1	0.132
2.15	2.23	17182	99.4	1	0.142
2.08	2.15	17844	99.4	1	0.16
2.01	2.08	18443	99.3	1	0.187
1.95	2.01	19066	99.6	1	0.224
1.9	1.95	19676	99.7	1	0.274
1.85	1.9	20186	99.8	1	0.323
1.8	1.85	20552	99	1	0.372

Reflection twin

Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.01

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 280892 / Num. obs: 141255 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 18.643 Å² / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 10.16

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.85	0.372	2.76	56141	20552	1	99
1.85-1.9	0.323	3.5	61583	20186	1	99.8
1.9-1.95	0.274	4.33	63085	19676	1	99.7
1.95-2.01	0.224	5.19	61190	19066	1	99.6
2.01-2.08	0.187	6.15	59247	18443	1	99.3
2.08-2.15	0.16	7.12	57405	17844	1	99.4
2.15-2.23	0.142	7.99	55291	17182	1	99.4
2.23-2.32	0.132	8.55	53126	16440	1	99.2
2.32-2.43	0.115	9.65	51173	15847	1	99.3
2.43-2.55	0.109	10.03	49225	15211	1	99.1
2.55-2.68	0.096	11.5	46313	14317	1	99
2.68-2.85	0.082	13.19	44046	13650	1	98.9
2.85-3.04	0.071	14.91	40813	12672	1	98.8
3.04-3.29	0.062	16.91	38199	11874	1	98.6
3.29-3.6	0.054	19.38	34997	10921	1	98.6
3.6-4.02	0.049	20.83	31513	9814	1	98.6
4.02-4.65	0.047	21.85	27801	8652	1	98.9
4.65-5.69	0.045	22.04	23995	7394	1	99
5.69-8.05	0.046	21.04	18678	5725	1	99.1
8.05-30	0.04	23.55	9532	3025	1	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1066	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GVK

2gvk

解像度: 1.8→29.2 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.9076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1846	7154	5.06 %	random
R_work	0.1474	-	-	-
obs	0.149	141255	99.74 %	-
all	-	141791	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.59 Å² / B_iso mean: 15.8213 Å² / B_iso min: 0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11242	0	232	2229	13703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	16048
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1631
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.128	4328

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8302	0.2028	340	0.171	6554	6894	93
1.8302-1.8635	0.1981	354	0.1642	6793	7147	95
1.8635-1.8993	0.2018	363	0.1646	6635	6998	95
1.8993-1.9381	0.1754	346	0.1562	6696	7042	95
1.9381-1.9802	0.1882	392	0.1571	6642	7034	94
1.9802-2.0263	0.1664	332	0.1505	6704	7036	95
2.0263-2.0769	0.1776	351	0.1541	6749	7100	95
2.0769-2.133	0.181	342	0.1502	6695	7037	95
2.133-2.1958	0.1854	365	0.1508	6691	7056	95
2.1958-2.2666	0.1917	362	0.1515	6691	7053	95
2.2666-2.3475	0.1948	362	0.1508	6752	7114	95
2.3475-2.4415	0.1994	339	0.1512	6701	7040	95
2.4415-2.5525	0.2037	337	0.1564	6778	7115	95
2.5525-2.6869	0.2066	420	0.1518	6577	6997	94
2.6869-2.855	0.2001	386	0.1489	6707	7093	95
2.855-3.0751	0.1873	335	0.1438	6707	7042	95
3.0751-3.3839	0.1724	359	0.1347	6759	7118	95
3.3839-3.872	0.1668	329	0.1239	6737	7066	95
3.872-4.8724	0.143	375	0.1152	6727	7102	95
4.8724-25.0206	0.2169	365	0.1789	6758	7123	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2186	-0.2338	-1.4401	0.0646	0.2556	1.6691	-0.0461	0.0695	-0.2022	-0.0234	0.0116	0.1004	0.1761	-0.0999	0.0054	0.12	-0.0239	-0.0127	0.1032	-0.0126	0.1385	-3.8438	-44.9091	20.9045
2	0.5119	0.2143	-0.157	0.3144	-0.0471	0.5876	-0.0108	0.0236	-0.0618	0.0119	0.0042	-0.0537	0.0744	0.0697	0.0078	0.062	0.0096	-0.0032	0.0648	-0.0088	0.0856	11.5406	-38.5027	20.8204
3	0.3515	-0.0563	-0.0013	0.28	-0.0137	0.4526	-0.0003	0.0455	-0.0123	-0.0311	-0.0003	-0.0182	0.0141	0.0347	0.0015	0.0567	-0.0059	-0.0029	0.0674	-0.002	0.0599	4.9512	-29.2388	12.9085
4	0.4771	0.0422	0.0868	0.4063	0.1426	0.7438	-0.0119	0.0362	0.0265	-0.0456	-0.0157	0.0833	-0.0549	-0.0942	0.0287	0.0571	-0.0008	-0.0039	0.0562	0.003	0.0542	-15.2341	-17.5203	5.4099
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8	0.3736	-0.102	0.0964	0.3105	-0.0487	0.4113	-0.0307	-0.0482	0.0256	0.0457	0.0258	-0.0181	-0.0427	-0.0278	0.0022	0.0589	0.0041	-0.0038	0.0596	-0.0069	0.0501	-3.1884	-19.5334	45.1938
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20	0.3712	0.0919	0.0369	0.352	-0.0492	0.4063	-0.0207	-0.0065	0.0499	0.0184	0.0094	-0.0199	-0.05	0.0272	0.0083	0.0626	0.0024	0.0002	0.0545	-0.0043	0.0783	6.484	32.9487	26.5288
21	0.4057	-0.0903	-0.0194	0.4361	0.1477	0.756	0.0026	-0.0324	-0.0066	0.0584	-0.0105	0.112	0.0512	-0.1085	0.0091	0.0779	-0.005	0.0096	0.0771	0.0101	0.0862	-15.2822	16.8572	37.1202
22	0.5568	0.1669	0.0751	0.4477	-0.0201	0.3717	-0.0112	-0.0309	-0.0134	-0.0011	0.008	-0.057	0.0272	0.0351	-0.0021	0.0655	0.016	0.0053	0.0519	-0.0032	0.0726	4.6575	24.0274	32.0044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESID 69:87)	B
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 88:163)	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 164:296)	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 297:371)	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 372:428)	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 429:445)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 69:163)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 164:296)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 297:412)	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 413:445)	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN E AND (RESID 69:87)	E
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN E AND (RESID 88:130)	E
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN E AND (RESID 131:163)	E
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN E AND (RESID 164:267)	E
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN E AND (RESID 268:296)	E
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN E AND (RESID 297:333)	E
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN E AND (RESID 334:356)	E
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN E AND (RESID 357:412)	E
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN E AND (RESID 413:445)	E
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN G AND (RESID 69:296)	G
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN G AND (RESID 297:371)	G
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN G AND (RESID 372:445)	G

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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