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Yorodumi- PDB-4gt2: Crystal structure of DyP-type peroxidase (SCO3963) from Streptomy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gt2 | ||||||
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Title | Crystal structure of DyP-type peroxidase (SCO3963) from Streptomyces coelicolor | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein SCO3963 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ferridoxin-like | ||||||
Function / homology | Function and homology information iron import into cell / ferrochelatase activity / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: DyP-type peroxidases from Stretptomyces and Thermobifida can modify organosolv lignin. Authors: Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gt2.cif.gz | 611.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gt2.ent.gz | 495.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gt2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4gt2_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4gt2_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 4gt2_validation.xml.gz | 75.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4gt2_validation.cif.gz | 116.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gt2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4grcC 4gs1C 4gu7C 2gvkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BAEG
#1: Protein | Mass: 49254.777 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor (bacteria) / Strain: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / Gene: SCO3963 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9ZBW9, dye decolorizing peroxidase |
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-Non-polymers , 5 types, 2246 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-OXY / #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Protein solution was at 15 mg/mL, containing 20 mM HEPES and 100 mM KCl. Mother liqueur contained 5% Tacsimate, 100 mM HEPES, 15% PEG 5,000 MME. Cryoprotectant contained 20% glycerol, pH 8. ...Details: Protein solution was at 15 mg/mL, containing 20 mM HEPES and 100 mM KCl. Mother liqueur contained 5% Tacsimate, 100 mM HEPES, 15% PEG 5,000 MME. Cryoprotectant contained 20% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Number: 883353 / Rmerge(I) obs: 0.092 / D res high: 1.8 Å / Num. obs: 278491 / % possible obs: 99.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.01 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→30 Å / Num. all: 280892 / Num. obs: 141255 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.643 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 10.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2GVK Resolution: 1.8→29.2 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.9076 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 16.67 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.59 Å2 / Biso mean: 15.8213 Å2 / Biso min: 0.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→29.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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