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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gss | ||||||
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タイトル | HUMAN GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 Y108F MUTANT | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / MULTIGENE FAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / fatty acid binding / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Oakley, A. / Rossjohn, J. / Parker, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Multifunctional role of Tyr 108 in the catalytic mechanism of human glutathione transferase P1-1. Crystallographic and kinetic studies on the Y108F mutant enzyme. 著者: Lo Bello, M. / Oakley, A.J. / Battistoni, A. / Mazzetti, A.P. / Nuccetelli, M. / Mazzarese, G. / Rossjohn, J. / Parker, M.W. / Ricci, G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Three-Dimensional Structure of Class Pi Glutathione S-Transferase from Human Placenta in Complex with S-Hexylglutathione at 2.8 A Resolution 著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Lo Bello, M. / Federici, G. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gss.cif.gz | 97.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gss.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gss.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gss_validation.pdf.gz | 806.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gss_full_validation.pdf.gz | 813.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4gss_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gss_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gss | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1gssS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.939803, 0.130846, 0.315673), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23230.570 Da / 分子数: 2 / 変異: Y108F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTP_HUMAN / 器官: PLACENTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 14346 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 5.57 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 7.73 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 90 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 79944 / Rmerge(I) obs: 0.111 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.291 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GSS 解像度: 2.5→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Weight Biso : 1 / Weight position: 1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 |