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- PDB-4gs7: Structure of the Interleukin-15 quaternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gs7
タイトルStructure of the Interleukin-15 quaternary complex
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • Interleukin-15
  • Interleukin-15 receptor subunit alpha
  • Interleukin-2 receptor subunit beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cytokine / Cytokine Receptor / Immunoregulatory / anti-tumor / anti-viral / Reductive methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell proliferation / extrathymic T cell selection / positive regulation of protein O-linked glycosylation / natural killer cell proliferation / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity ...NK T cell proliferation / extrathymic T cell selection / positive regulation of protein O-linked glycosylation / natural killer cell proliferation / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / natural killer cell differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / regulation of defense response to virus by host / neutrophil activation / interleukin-15-mediated signaling pathway / tyrosine phosphorylation of STAT protein / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / positive regulation of natural killer cell proliferation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / cytokine receptor activity / regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / macrophage differentiation / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / lymph node development / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cell maturation / Interleukin-7 signaling / response to nutrient levels / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / cytoplasmic vesicle membrane / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / cell-cell signaling / negative regulation of neuron projection development / gene expression / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / endosome / nuclear speck / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / cell surface / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-15 / Interleukin-15, mammal / Interleukin-15 receptor subunit alpha / Interleukin-15/Interleukin-21 / Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / : ...Interleukin-15 / Interleukin-15, mammal / Interleukin-15 receptor subunit alpha / Interleukin-15/Interleukin-21 / Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D1 domain / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Interleukin-2 receptor subunit beta / Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-15 / Interleukin-15 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ring, A.M. / Ozkan, E. / Feng, D. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Mechanistic and structural insight into the functional dichotomy between IL-2 and IL-15.
著者: Ring, A.M. / Lin, J.X. / Feng, D. / Mitra, S. / Rickert, M. / Bowman, G.R. / Pande, V.S. / Li, P. / Moraga, I. / Spolski, R. / Ozkan, E. / Leonard, W.J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-15
B: Interleukin-2 receptor subunit beta
C: Cytokine receptor common subunit gamma
D: Interleukin-15 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,79510
ポリマ－70,3834
非ポリマー1,4126
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.949, 74.610, 129.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Interleukin-15 / IL-15


分子量: 13080.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40933
#2: タンパク質 Interleukin-2 receptor subunit beta / IL-2 receptor subunit beta / IL-2R subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta ...IL-2 receptor subunit beta / IL-2R subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta / p70-75 / p75


分子量: 25152.584 Da / 分子数: 1 / Mutation: N29Q, N43Q, N71Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14784
#3: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / ...Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 24390.262 Da / 分子数: 1 / Mutation: N75Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P31785
#4: タンパク質 Interleukin-15 receptor subunit alpha / IL-15 receptor subunit alpha / IL-15R-alpha / IL-15RA / Soluble interleukin-15 receptor subunit ...IL-15 receptor subunit alpha / IL-15R-alpha / IL-15RA / Soluble interleukin-15 receptor subunit alpha / sIL-15 receptor subunit alpha / sIL-15R-alpha / sIL-15RA


分子量: 7758.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL15RA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13261

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糖 , 2種, 4分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 256分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75
詳細: 22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40.23 Å / Num. obs: 29215

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→40.23 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 1456 4.99 %
Rwork0.1816 --
obs0.1838 29198 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1201 Å2-0 Å20 Å2
2---0.0306 Å20 Å2
3---2.1508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 0 92 254 5033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7076731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7961812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.42910.32611480.24162605X-RAY DIFFRACTION95
2.4291-2.52640.29651350.22642708X-RAY DIFFRACTION99
2.5264-2.64130.26951500.20752746X-RAY DIFFRACTION99
2.6413-2.78050.23721410.19882754X-RAY DIFFRACTION100
2.7805-2.95470.25331420.19162779X-RAY DIFFRACTION100
2.9547-3.18270.26271420.18742772X-RAY DIFFRACTION100
3.1827-3.50290.20261500.16882782X-RAY DIFFRACTION100
3.5029-4.00940.2121450.15582806X-RAY DIFFRACTION100
4.0094-5.04980.18591500.14872847X-RAY DIFFRACTION100
5.0498-40.23550.21931530.2032943X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0856-2.3528-0.78255.24440.07628.31640.1795-0.357-0.18510.13720.0469-0.30660.02010.6415-0.24870.1881-0.0664-0.02050.2754-0.00770.312220.8483-17.86064.5388
22.36240.2329-0.32315.3630.33884.8126-0.13210.3791-0.0363-0.22310.33680.1825-0.0103-0.019-0.16720.1441-0.0343-0.05150.3864-0.02710.245417.7256-16.3224-8.6597
36.346-2.1449-0.60112.2158-0.94198.04070.2468-0.0633-0.54280.1210.02930.74190.0909-0.431-0.33310.1428-0.0762-0.01920.2682-0.00690.25412.0363-21.68882.0195
47.201-4.3154.54486.408-1.57955.2240.1310.50910.3096-0.3061-0.17060.52790.0593-0.41170.06760.3383-0.0589-0.02020.45780.06250.363913.0865-10.1908-13.817
54.9601-6.2489-4.17687.74185.2853.54220.0972-0.0120.734-0.22850.1636-0.5414-0.34390.3807-0.33720.2161-0.0221-0.02870.2589-0.00790.278320.9228-10.0203-2.0314
64.41451.4619-0.36665.44-1.08834.66950.2808-0.4284-0.32010.451-0.07830.13820.3727-0.1934-0.15430.1931-0.0144-0.03140.26880.04230.21583.8773-34.067521.3695
74.816-2.6154-0.42028.2339-0.39682.61420.19230.2469-0.40190.0294-0.2063-0.07230.0460.23810.07240.2318-0.0023-0.00520.2231-0.00220.177812.4607-27.116611.728
85.8674.64470.17099.3086-0.04293.21320.2364-0.3530.02810.2345-0.21380.6750.4221-0.29650.01560.265-0.0357-0.00470.31850.07460.2463-4.046-33.601319.9215
97.49540.11335.87450.48810.40184.54490.10680.2823-0.27080.01930.0045-0.14120.02180.3126-0.15920.1847-0.00670.01540.1876-0.00310.225927.0425-19.871526.4499
105.9598-0.44532.2882.88260.56584.6630.0434-0.4447-0.20820.43540.06460.015-0.0636-0.1988-0.08950.2478-0.005-0.00030.18930.0340.214126.1257-17.115737.211
119.1149-0.67376.19392.25110.29095.13530.3569-0.5007-0.49790.0808-0.1183-0.00740.3401-0.2928-0.25680.2170.01180.0490.23930.05380.205421.8387-20.991732.6466
123.1574-1.3713-1.66496.87590.35287.05820.00910.08090.5296-0.12430.0112-0.8473-0.50021.1084-0.04230.323-0.0834-0.0690.39360.06670.397538.363211.6456-3.5226
136.30511.2035-0.72966.7737-0.34214.73640.05210.5965-0.137-0.8174-0.07740.3675-0.8306-0.64880.15780.51720.1354-0.05610.3540.06140.333424.997210.9697-11.6597
143.48470.8398-1.16835.87010.22595.36960.01470.29960.3559-0.2393-0.1135-0.3359-0.85270.1450.03980.30250.0008-0.02640.23790.07750.291232.453910.8909-7.5254
152.3014-0.0784-1.78241.9902-0.25527.62930.1985-0.22370.01350.4574-0.05520.2099-1.0368-0.2336-0.17780.2786-0.0158-0.00090.1895-0.06540.26424.32522.516925.9818
162.26861.05630.12334.87131.10617.8376-0.36110.10920.1831-0.23130.00990.175-1.2377-0.62410.38220.31370.06080.01960.2350.00230.214925.56590.8819.5183
177.4343-0.54840.20365.658-0.7738.59670.1509-0.2759-0.0230.7577-0.0177-0.5664-0.21220.6671-0.29810.3077-0.0217-0.02270.24420.04450.286438.1187-3.312228.3848
181.48920.30831.26132.0787-1.58985.5085-0.1092-0.10640.04820.1275-0.1192-0.052-0.36650.15020.22720.17340.00540.00740.213-0.01880.237929.4483-0.164124.1367
190.83720.3353-0.97982.69810.76261.63510.18350.8031-1.09140.39820.20850.43240.67710.9323-0.28070.88340.0952-0.25070.6791-0.25110.535521.6321-40.2268-21.8716
207.4371-4.4133-2.1065.76840.67520.98640.77920.4716-0.3319-1.1619-0.0985-0.14230.60651.0408-0.56980.42740.0374-0.03540.8216-0.23230.355326.2129-34.4869-23.5312
214.7689-5.33696.72765.9903-7.51689.49340.1074-0.57340.1721-0.08240.66320.06630.86180.693-0.69550.51340.1119-0.06390.6857-0.16940.451427.8327-36.2218-13.5634
223.7351-3.83551.14567.10260.7568.5930.01520.758-0.3381-0.8437-0.03640.1613-0.33090.7294-0.00980.315-0.0995-0.07460.6345-0.09010.25217.733-24.2212-21.3471
234.69-4.70963.36315.3627-4.55024.4910.5064-0.6047-1.6192-0.31740.77490.68930.3853-0.5567-0.84330.6660.0147-0.18840.4881-0.03070.594922.8653-40.4792-12.2288
249.487-6.82553.86386.0808-4.39873.76131.039-0.7251-1.668-1.7798-0.21551.56821.25860.041-0.84780.60380.0303-0.12440.5744-0.03410.569618.7617-41.0075-14.7438
253.4008-0.5024-0.3372.46544.11046.92110.46870.7420.2637-2.4176-0.59870.5254-1.18380.01250.21470.6380.0969-0.12350.5624-0.06390.318912.9127-19.4207-25.4261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 0:18)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 19:54)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 55:76)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 77:95)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 96:112)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 6:63)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 64:76)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 77:102)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 103:138)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 139:186)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 187:207)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 32:63)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 64:82)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 83:128)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 129:151)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 152:169)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 170:180)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESSEQ 181:227)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESSEQ 1:10)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 11:20)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 21:26)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 27:41)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 42:48)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESSEQ 49:62)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESSEQ 63:67)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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