+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gs7 | |||||||||
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Title | Structure of the Interleukin-15 quaternary complex | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Cytokine / Cytokine Receptor / Immunoregulatory / anti-tumor / anti-viral / Reductive methylation | |||||||||
Function / homology | Function and homology information NK T cell proliferation / extrathymic T cell selection / positive regulation of protein O-linked glycosylation / natural killer cell proliferation / interleukin-7-mediated signaling pathway / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell differentiation ...NK T cell proliferation / extrathymic T cell selection / positive regulation of protein O-linked glycosylation / natural killer cell proliferation / interleukin-7-mediated signaling pathway / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / natural killer cell differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / cytokine receptor binding / neutrophil activation / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / interleukin-15-mediated signaling pathway / tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-2 signaling / regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / macrophage differentiation / immunoglobulin mediated immune response / lymph node development / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / cell maturation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of T cell proliferation / Interleukin-7 signaling / response to nutrient levels / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of immune response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of neuron projection development / cell-cell signaling / T cell differentiation in thymus / gene expression / RAF/MAP kinase cascade / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / endosome / nuclear speck / immune response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | |||||||||
Authors | Ring, A.M. / Ozkan, E. / Feng, D. / Garcia, K.C. | |||||||||
Citation | Journal: Nat.Immunol. / Year: 2012 Title: Mechanistic and structural insight into the functional dichotomy between IL-2 and IL-15. Authors: Ring, A.M. / Lin, J.X. / Feng, D. / Mitra, S. / Rickert, M. / Bowman, G.R. / Pande, V.S. / Li, P. / Moraga, I. / Spolski, R. / Ozkan, E. / Leonard, W.J. / Garcia, K.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gs7.cif.gz | 258.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gs7.ent.gz | 212.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gs7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gs7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 13080.885 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40933 |
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#2: Protein | Mass: 25152.584 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N29Q, N43Q, N71Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2RB / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P14784 |
#3: Protein | Mass: 24390.262 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N75Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2RG / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P31785 |
#4: Protein | Mass: 7758.956 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL15RA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q13261 |
-Sugars , 2 types, 4 molecules
#5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | |
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-Non-polymers , 3 types, 256 molecules
#6: Chemical | ChemComp-EDO / |
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#7: Chemical | ChemComp-ACT / |
#9: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.75 Details: 22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 8, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→40.23 Å / Num. obs: 29215 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→40.23 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→40.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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