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- PDB-4gs6: Irreversible Inhibition of TAK1 Kinase by 5Z-7-Oxozeaenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gs6
タイトルIrreversible Inhibition of TAK1 Kinase by 5Z-7-Oxozeaenol
要素Tak1-Tab1 fusion protein
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Kinase Fold / Tab1 binding / Cytosol / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / linear polyubiquitin binding / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway ...histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / linear polyubiquitin binding / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / coronary vasculature development / ATAC complex / cellular response to angiotensin / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / aorta development / anoikis / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of cell size / MAP kinase kinase kinase activity / MAP kinase activity / positive regulation of cell cycle / canonical NF-kappaB signal transduction / heart morphogenesis / protein serine/threonine kinase binding / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / Activation of NF-kappaB in B cells / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / transcription coactivator binding / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / cellular response to hypoxia / scaffold protein binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / nuclear speck / inflammatory response / immune response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 7 / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 7 / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1FM / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Larsen, N.A. / Ferguson, A.D. / Wu, J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Mechanism and In Vitro Pharmacology of TAK1 Inhibition by (5Z)-7-Oxozeaenol.
著者: Wu, J. / Powell, F. / Larsen, N.A. / Lai, Z. / Byth, K.F. / Read, J. / Gu, R.F. / Roth, M. / Toader, D. / Saeh, J.C. / Chen, H.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tak1-Tab1 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,50412
ポリマ－35,5211
非ポリマー98311
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.138, 133.867, 142.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Tak1-Tab1 fusion protein / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen- ...Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 35520.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7, TAK1, TAB1, MAP3K7IP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-1FM / (3S,5Z,8S,9S,11E)-8,9,16-trihydroxy-14-methoxy-3-methyl-3,4,9,10-tetrahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecine-1,7(8H)-dione / (5Z)-7-Oxozeaenol


分子量: 362.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.55-0.75 M sodium citrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris, and 5mM adenosine. Adenosine bound crystals are backsoaked with inhibitor, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→18.75 Å / Num. all: 28636 / Num. obs: 28551 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 52.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2968 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→18.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9426 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9304 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1442 5.05 %RANDOM
Rwork0.2221 ---
obs0.2232 28551 99.85 %-
all-28551 --
原子変位パラメータBiso mean: 67.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5816 Å20 Å20 Å2
2--0.7573 Å20 Å2
3----9.3388 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.397 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2334 0 66 159 2559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012480HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13347HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.97832SINUSOIDAL2
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 162 5.46 %
Rwork0.2522 2806 -
all0.2532 2968 -
obs-2968 99.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.0209 Å / Origin y: 21.166 Å / Origin z: 44.7101 Å
111213212223313233
T-0.2736 Å2-0.0077 Å2-0.0081 Å2--0.247 Å20.087 Å2---0.1767 Å2
L2.9461 °20.2246 °2-0.196 °2-2.4184 °2-0.4525 °2--1.3387 °2
S0.0191 Å °-0.3975 Å °-0.3159 Å °0.2763 Å °-0.028 Å °-0.0367 Å °0.1072 Å °-0.0465 Å °0.009 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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