PDB-4grm: The crystal structure of the high affinity TCR A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4grm

タイトル

The crystal structure of the high affinity TCR A6

要素

A6 alpha chain
A6 beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / high-affinity TCR / c134 modification / TAX peptide / nonapeptide / MHC class I / HLA-A2 / TCR A6 / cross-reactivity

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Borbulevych, O.Y. / Scott, D.R. / Baker, B.M.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2013
タイトル: Increased Peptide Contacts Govern High Affinity Binding of a Modified TCR Whilst Maintaining a Native pMHC Docking Mode.
著者: Cole, D.K. / Sami, M. / Scott, D.R. / Rizkallah, P.J. / Borbulevych, O.Y. / Todorov, P.T. / Moysey, R.K. / Jakobsen, B.K. / Boulter, J.M. / Baker, B.M. / Li, Y.I.

履歴

登録	2012年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4grm.cif.gz	175.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4grm.ent.gz	139.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4grm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4grm_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4grm_full_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示
XML形式データ	4grm_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	4grm_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qh3
類似構造データ	4e42-1 3axl-1 5d7k-d 3tzv-2 3hif-2 3qh3-2 6dfq-4 4x6b-2 5iw1-3 2ial-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: A6 alpha chain

B: A6 beta chain

C: A6 alpha chain

D: A6 beta chain

97.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A6 alpha chain

B: A6 beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: A6 alpha chain

D: A6 beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.491, 51.969, 95.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.995738, -0.017842, 0.090486), (0.020784, 0.999282, -0.031679), (-0.089855, 0.033425, 0.995394)	-49.74228, 0.59343, 4.49022

#1: タンパク質	A6 alpha chain 分子量: 21395.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	A6 beta chain 分子量: 27452.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月21日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. all: 58107 / Num. obs: 57468 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→18.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 5.775 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29495	2918	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23436	-	-	-
all	0.23745	58240	-	-
obs	0.23745	54513	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6553	0	0	59	6612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	6720
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.852	1.938	9162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.389	5	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.53	24.696	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.045	15	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.964	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	177	-
R_work	0.301	3768	-
obs	-	-	96.45 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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