ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1.2 | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 49861 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.255 | 619 | 10.7 % | RANDOM |
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Rwork | 0.239 | - | - | - |
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all | - | 6319 | - | - |
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obs | - | 5772 | 91.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 95.175 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 42.81 Å2 / Biso mean: 18.0466 Å2 / Biso min: 1.33 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.77 Å2 | 0 Å2 | -0.59 Å2 |
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2- | - | 5.47 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.7 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.24 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.23 Å | 0.17 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.57 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 404 | 0 | 74 | 478 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d18.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.73 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.309 | 98 | 11.9 % |
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Rwork | 0.266 | 724 | - |
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all | - | 822 | - |
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obs | - | - | 78.2 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | dna-rna_rep.param | dna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ion.param | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.param | | |
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