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- PDB-4gqw: Crystal structure of CBS-pair protein, CBSX1 (loop deletion) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqw
タイトルCrystal structure of CBS-pair protein, CBSX1 (loop deletion) from Arabidopsis thaliana
要素CBS domain-containing protein CBSX1, chloroplastic
キーワードPROTEIN BINDING / CBS domain / Thioredoxin / Chloroplast / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


cell redox homeostasis / chloroplast
類似検索 - 分子機能
: / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBS domain-containing protein CBSX1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Jeong, B.-C. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of CBSX1 (loop deletion)
著者: Jeong, B.C. / Park, S.H. / Yoo, K.S. / Shin, J.S. / Song, H.K.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain-containing protein CBSX1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6901
ポリマ－16,6901
非ポリマー00
水54030
1
A: CBS domain-containing protein CBSX1, chloroplastic

A: CBS domain-containing protein CBSX1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3802
ポリマ－33,3802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area3120 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.818, 55.818, 83.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CBS domain-containing protein CBSX1, chloroplastic / CBS domain-containing protein 2 / AtCDCP2 / Protein LOSS OF THE TIMING OF ET AND JA BIOSYNTHESIS 2 / AtLEJ2


分子量: 16690.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AP22.61, At4g36910, C7A10.450, CBSX1, CDCP2 / プラスミド: pET-GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O23193
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) liquid-nitrogen-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 9801 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.9 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 64.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.201→31.489 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 752 9.9 %
Rwork0.2578 --
obs0.2632 7598 95.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→31.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 0 30 1050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7281411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.516382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2005-2.37040.39871390.34821248X-RAY DIFFRACTION89
2.3704-2.60880.41991450.32331314X-RAY DIFFRACTION93
2.6088-2.9860.37491460.31191358X-RAY DIFFRACTION96
2.986-3.76110.34451570.25141436X-RAY DIFFRACTION99
3.7611-31.49180.24811650.22281490X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23351.95041.27721.52860.38811.0966-0.4153-0.14180.0644-0.16340.5443-0.4235-0.88421.795500.8665-0.10070.10841.2719-0.05220.81620.506312.3344-11.4881
21.68390.01231.22561.8872-0.55361.0773-0.73230.3395-0.1491-0.3710.02070.75810.53141.23870.47370.9371-0.14680.05250.8894-0.00830.908510.0628.7402-25.1176
30.3509-0.46980.2112-0.0849-0.30220.5169-0.54980.15070.4083-0.57720.22140.3542-1.3935-0.4044-0.41211.1635-0.2088-0.1090.99730.0320.924210.066817.384-20.7382
41.6674-0.199-0.37361.19670.5841.58440.02820.0341-0.28730.1150.2596-0.0785-0.09150.9891-0.00020.78670.0326-0.01691.0348-0.02620.750713.92497.2671-0.1321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 73:119 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 120:160 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 161:180 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 181:227 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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