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- PDB-3cni: Crystal structure of a domain of a putative ABC type-2 transporte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cni
タイトルCrystal structure of a domain of a putative ABC type-2 transporter from Thermotoga maritima MSB8
要素Putative ABC type-2 transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / ABC TYPE-2 TRANSPORTER / THERMOTOGA MARITIMA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
abc type-2 transporter like fold / abc type-2 transporter like domain / : / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 type transporter / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transmembrane type-2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Shumilin, I. / Tkaczuk, K.L. / Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Que, Q. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. ...Filippova, E.V. / Shumilin, I. / Tkaczuk, K.L. / Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Que, Q. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of the putative ABC-type 2 transporter from Thermotoga maritima MSB8.
著者: Filippova, E.V. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2008年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.32014年10月29日Group: Database references
改定 1.42015年2月4日Group: Database references
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC type-2 transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2173
ポリマ－17,1371
非ポリマー802
水55831
1
A: Putative ABC type-2 transporter
ヘテロ分子

A: Putative ABC type-2 transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4356
ポリマ－34,2752
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-23.2 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.598, 65.598, 141.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CA

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要素

#1: タンパク質 Putative ABC type-2 transporter


分子量: 17137.287 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain: Residues 37-192 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0543 / プラスミド: p15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9WZ13
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Na Hepes, 0.2M CaCl2, 28% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月24日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.8 Å / Num. obs: 8587 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 64.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 65.696
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.713 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
ARP/wARPモデル構築
SHELXEモデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→56.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 15.17 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 403 4.7 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.205 8537 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å2-0.61 Å20 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→56.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 2 31 1125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.9811528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.51731837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.995148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28725.95242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37515199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.184152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.911.5726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2111.5295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65521171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5793399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2214.5355
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 26 -
Rwork0.283 591 -
obs--99.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.089 Å / Origin y: 5.2863 Å / Origin z: 15.0134 Å
111213212223313233
T-0.105 Å2-0.0211 Å20.0208 Å2--0.2293 Å20.0126 Å2---0.1311 Å2
L4.6499 °20.8844 °2-1.7092 °2-3.8027 °2-0.7341 °2--3.4212 °2
S0.2674 Å °-0.0722 Å °0.4007 Å °-0.3023 Å °0.0747 Å °0.7186 Å °-0.2668 Å °-0.2069 Å °-0.342 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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