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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gqj | ||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of a binuclear Ruthenium compound D,D-([mu-(11,11')-bi(dppz)-(1,10-phenanthroline)4-Ru2]4+) bound to d(CGTACG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / DNA recognition / DNA binsinf | 機能・相同性 | Chem-RR2 / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.951 Å | データ登録者 | Boer, D.R. / Coll, M. | 引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014 | タイトル: Thread Insertion of a Bis(dipyridophenazine) Diruthenium Complex into the DNA Double Helix by the Extrusion of AT Base Pairs and Cross-Linking of DNA Duplexes. 著者: Boer, D.R. / Wu, L. / Lincoln, P. / Coll, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gqj.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gqj.ent.gz | 13 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gqj_validation.pdf.gz | 698.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gqj_full_validation.pdf.gz | 708.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4gqj_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gqj_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Acquired from biomers (Germany) #2: 化合物 | ChemComp-RR2 / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: buffer: 0.2 M KCl 10 mM MgCl2 35% hexanediol 50 mM TRIS.HCl pH 8 drop composition: 0.5 ul 10 mM binuclear Ru compound 0.5 ul 10 mM [ssDNA] 5'-d(CGTACG)-3' 1 ul cryst. buffer 0.5 ul , VAPOR ...詳細: buffer: 0.2 M KCl 10 mM MgCl2 35% hexanediol 50 mM TRIS.HCl pH 8 drop composition: 0.5 ul 10 mM binuclear Ru compound 0.5 ul 10 mM [ssDNA] 5'-d(CGTACG)-3' 1 ul cryst. buffer 0.5 ul , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07205 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: channel-cut Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07205 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 2419 / Num. obs: 2419 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 73.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 343 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.951→38.205 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.848 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.951→38.205 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.9511 Å
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