PDB-4gpr: Crystal structure of EhUbc5, a ubiquitin conjugating enzyme from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gpr

タイトル

Crystal structure of EhUbc5, a ubiquitin conjugating enzyme from Entamoeba histolytica

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme family protein

キーワード

LIGASE / E2 / Ubiquitin conjugating enzyme / ubiquitin conjugation / EhUba1 / EhRING1 / thiol esterification

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin conjugating enzyme activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants of Ubiquitin Conjugation in Entamoeba histolytica.
著者: Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.

履歴

登録	2012年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gpr.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gpr.ent.gz	57.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gpr_validation.pdf.gz	408.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gpr_full_validation.pdf.gz	409.6 KB	表示
XML形式データ	4gpr_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	4gpr_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gswC 4gu2C 2cp4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2esq-d 1s3d-d 1jbb-1 2c4p-2 1i9d-d 4fr9-d 2esk-d 3rpg-2 1j9b-d 1mij-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme family protein

ヘテロ分子

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.973, 49.577, 63.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme family protein 分子量: 17079.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_070750, EHI_083560, EhUbc5 / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M5T2
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: EhUbc5 at 8 mg/mL concentration in buffer containing 50 mM HEPES and 100 mM NaCl was mixed 1:1 and equilibrated against crystallization solution (100 mM Tris, 14% (w/v) polyvinylpyrrolidone K ...詳細: EhUbc5 at 8 mg/mL concentration in buffer containing 50 mM HEPES and 100 mM NaCl was mixed 1:1 and equilibrated against crystallization solution (100 mM Tris, 14% (w/v) polyvinylpyrrolidone K 15, and 0.5 mM cobalt (II) chloride), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.14 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: EhUbc5 at 8 mg/mL concentration in buffer containing 50 mM HEPES and 100 mM NaCl was mixed 1:1 and equilibrated against crystallization solution (100 mM Tris, 14% (w/v) polyvinylpyrrolidone K ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月16日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 20139 / Num. obs: 19998 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 45.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.61 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	AutoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	AutoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2CP4

2cp4

解像度: 1.6→39.069 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2022	1998	10.02 %	RANDOM
R_work	0.1706	-	-	-
obs	0.1737	19950	99.2 %	-
all	-	20111	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.069 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1195	0	1	179	1375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.504	1678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13	462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	183
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6417	0.2595	137	0.2057	1148	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6417-1.686	0.2484	138	0.1966	1243	X-RAY DIFFRACTION	99
1.686-1.7357	0.2134	145	0.1833	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7357-1.7917	0.2243	130	0.1904	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7917-1.8557	0.2508	138	0.1809	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8557-1.93	0.2453	144	0.1792	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.0178	0.2112	147	0.1756	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0178-2.1242	0.2134	140	0.1612	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1242-2.2573	0.1966	144	0.1691	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2573-2.4316	0.204	142	0.1671	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4316-2.6762	0.205	147	0.1813	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6762-3.0633	0.2122	143	0.1748	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0633-3.8589	0.1939	146	0.1651	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8589-39.0808	0.1692	157	0.1584	1398	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8784	-0.8358	-0.2897	1.2464	0.264	0.9356	0.0496	0.0741	-0.0365	-0.0496	-0.0097	0.0981	-0.0369	-0.1692	-0.0146	0.0641	0.0139	-0.0522	0.0613	0.0098	0.1185	-14.2929	8.5744	-3.7804
2	2.3333	0.1162	0.4158	3.3948	0.9498	0.3293	-0.0125	-0.8863	-0.3283	0.5615	-0.1148	0.1886	0.1123	-0.0682	-0.1658	0.1298	0.0446	0.0049	0.4036	0.0457	0.1806	-7.6851	8.5908	6.3679
3	1.4399	0.3511	-0.1755	1.2009	0.1996	1.3884	-0.087	0.0227	0.271	0.0413	0.0018	0.4056	-0.1347	-0.1146	-2.4716	0.0322	0.0056	0.0453	0.009	-0.0124	0.0334	-2.8489	9.3336	0.5974
4	1.4811	0.0238	0.5594	1.0512	-0.2662	0.5104	0.0281	0.0774	-0.0722	-0.0142	0.0502	0.1559	0.0208	-0.0328	0.8047	0.0856	-0.0147	0.0356	0.0454	-0.016	0.0756	-1.5644	2.5707	1.5732
5	2.168	-0.0531	-0.2269	1.8594	-0.953	0.5175	0.0419	0.2959	0.0372	0.0725	-0.0133	0.0303	-0.1127	0.169	-0.0296	0.0595	-0.0126	0.0069	0.0938	-0.0126	0.0689	3.3412	2.664	-0.4491
6	0.7479	0.7017	0.6081	0.8094	0.2801	1.8505	0.0656	0.1041	-0.3106	0.0658	-0.0512	-0.1739	0.0998	0.457	0.7617	-0.0327	0.0144	0.009	0.0305	-0.0174	0.0667	8.3146	-2.7218	6.0112
7	4.5901	2.4925	0.5606	3.4543	-2.8785	4.9016	0.1165	0.2884	-1.0854	-0.4421	0.1409	-0.3383	0.8853	0.1781	1.2322	0.1591	0.0089	-0.043	0.0847	-0.018	0.2023	-2.6081	-9.7312	-2.897
8	2.3894	1.921	2.2695	2.5608	1.0931	2.6898	-0.0336	-0.1768	0.0524	-0.023	0.0137	0.556	-0.0187	-0.2789	1.0322	0.0669	-0.0098	-0.0252	0.0615	0.0203	0.1686	-10.0752	-2.7719	-2.3028
9	3.8118	0.5395	1.5166	1.2641	0.7052	6.1428	0.2546	-0.3599	-0.5979	0.212	0.1451	0.0534	0.6246	0.0451	6.167	0.0696	-0.0074	0.049	0.0613	0.0182	0.1765	-1.9847	-4.8741	9.3745
10	4.6885	-0.0328	1.3454	2.5052	0.8744	7.4175	0.2133	0.1291	-0.1935	0.1221	-0.1756	0.3219	0.5498	-0.0297	-0.1219	0.1489	0.0396	0.015	0.1263	-0.0536	0.1679	9.0836	-12.4397	6.5732
11	0.2362	-0.1582	0.0959	0.4544	0.0576	0.078	-0.0298	0.0701	-0.2946	0.0806	-0.0751	-0.0516	0.4344	0.3425	-1.6175	0.0872	0.3214	-0.0393	-0.0469	0.0515	0.1203	13.6125	-12.0238	14.0864
12	1.5411	-0.4231	-0.2047	4.7959	-2.0202	1.128	0.0391	-0.2985	0.1036	0.9284	-0.2941	-0.3838	-0.5134	0.418	-0.9261	0.1843	-0.0434	-0.0383	0.2108	-0.0142	0.1068	9.8757	1.4015	18.545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 18:25)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 26:41)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 42:64)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 65:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 71:86)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 87:92)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 93:101)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 102:114)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 115:120)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 121:130)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 131:148)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)