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- PDB-4gou: Crystal structure of an RGS-RhoGEF from Entamoeba histolytica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gou
タイトルCrystal structure of an RGS-RhoGEF from Entamoeba histolytica
要素EhRGS-RhoGEF
キーワードSIGNALING PROTEIN / RGS domain / DH domain / PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor / GTPase accelerating protein / phospholipid binding / heterotrimeric G protein effector / EhGalpha1
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor activity / membrane
類似検索 - 分子機能
PH-domain like - #200 / : / EhRGS-RhoGEF PH domain-like / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. ...PH-domain like - #200 / : / EhRGS-RhoGEF PH domain-like / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH-domain like / Roll / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of g protein signaling domain containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Muller, R.E. / Willard, F.S. / Machius, M. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants of RGS-RhoGEF Signaling Critical to Entamoeba histolytica Pathogenesis.
著者: Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Manning, A.J. / Muller, R.E. / Willard, F.S. / Machius, M. / Rogers, S.L. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EhRGS-RhoGEF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4551
ポリマ－60,4551
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.124, 46.259, 142.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 EhRGS-RhoGEF


分子量: 60454.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_010670, EhRGS-RhoGEF / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C4LYV4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: EhRGS-RhoGEF at 13 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 5 mM DTT was mixed 1:1 with and equilibrated against crystalization solution (16% w/v PEG 3350 and 100 mM sodium malonate pH 5. ...詳細: EhRGS-RhoGEF at 13 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 5 mM DTT was mixed 1:1 with and equilibrated against crystalization solution (16% w/v PEG 3350 and 100 mM sodium malonate pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 47401 / Num. obs: 46832 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1.33 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXAutoSolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→46.092 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 2353 5.05 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1853 46587 98.1 %-
all-47489 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4147 0 0 216 4363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.085693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8751609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34580.32041210.26472255X-RAY DIFFRACTION84
2.3458-2.39680.26621180.24032413X-RAY DIFFRACTION93
2.3968-2.45260.31641550.22932636X-RAY DIFFRACTION97
2.4526-2.51390.281130.22972576X-RAY DIFFRACTION99
2.5139-2.58180.26131580.21872679X-RAY DIFFRACTION99
2.5818-2.65780.27611160.22562550X-RAY DIFFRACTION99
2.6578-2.74360.28981550.21052688X-RAY DIFFRACTION99
2.7436-2.84160.30981270.20462612X-RAY DIFFRACTION100
2.8416-2.95540.22271360.20052617X-RAY DIFFRACTION100
2.9554-3.08990.27211460.19622711X-RAY DIFFRACTION100
3.0899-3.25270.24661340.19492649X-RAY DIFFRACTION100
3.2527-3.45650.26661480.1832603X-RAY DIFFRACTION100
3.4565-3.72320.20921400.16312666X-RAY DIFFRACTION100
3.7232-4.09770.2271550.15112667X-RAY DIFFRACTION100
4.0977-4.69020.171320.14292643X-RAY DIFFRACTION100
4.6902-5.90720.20291460.162630X-RAY DIFFRACTION100
5.9072-46.0920.18851530.15722639X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0453-0.3301-0.30560.42010.27031.34130.0085-0.0375-0.0036-0.05410.01670.00740.04050.0476-0.02550.19560.0007-0.00680.09030.0120.217566.88919.6699195.2659
20.83620.48020.50590.76630.83652.42120.00170.2547-0.0268-0.09070.1068-0.019-0.00720.1011-0.10410.2410.0430.02990.21740.03880.20578.96887.3675163.8141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:182)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 183:518)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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