PDB-4gou: Crystal structure of an RGS-RhoGEF from Entamoeba histolytica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gou

タイトル

Crystal structure of an RGS-RhoGEF from Entamoeba histolytica

要素

EhRGS-RhoGEF

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RGS domain / DH domain / PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor / GTPase accelerating protein / phospholipid binding / heterotrimeric G protein effector / EhGalpha1

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Muller, R.E. / Willard, F.S. / Machius, M. / Siderovski, D.P.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants of RGS-RhoGEF Signaling Critical to Entamoeba histolytica Pathogenesis.
著者: Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Manning, A.J. / Muller, R.E. / Willard, F.S. / Machius, M. / Rogers, S.L. / Siderovski, D.P.

履歴

登録	2012年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gou.cif.gz	217 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gou.ent.gz	182.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gou_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gou_full_validation.pdf.gz	422.4 KB	表示
XML形式データ	4gou_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	4gou_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/4gou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/4gou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fid
類似構造データ	5znk-d 2c4r-d 6uae-d 3qnw-2 4h54-d 4qaw-8 3lnd-1 2c0b-d 5znj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: EhRGS-RhoGEF

60.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.124, 46.259, 142.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	EhRGS-RhoGEF 分子量: 60454.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_010670, EhRGS-RhoGEF / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C4LYV4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: EhRGS-RhoGEF at 13 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 5 mM DTT was mixed 1:1 with and equilibrated against crystalization solution (16% w/v PEG 3350 and 100 mM sodium malonate pH 5. ...詳細: EhRGS-RhoGEF at 13 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 5 mM DTT was mixed 1:1 with and equilibrated against crystalization solution (16% w/v PEG 3350 and 100 mM sodium malonate pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: EhRGS-RhoGEF at 13 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 5 mM DTT was mixed 1:1 with and equilibrated against crystalization solution (16% w/v PEG 3350 and 100 mM sodium malonate pH 5. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97954 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月11日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 47401 / Num. obs: 46832 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1.33 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	AutoSol	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	AutoSol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→46.092 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2357	2353	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1825	-	-	-
obs	0.1853	46587	98.1 %	-
all	-	47489	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.092 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4147	0	0	216	4363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	5693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.875	1609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3458	0.3204	121	0.2647	2255	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3458-2.3968	0.2662	118	0.2403	2413	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3968-2.4526	0.3164	155	0.2293	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4526-2.5139	0.28	113	0.2297	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5139-2.5818	0.2613	158	0.2187	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5818-2.6578	0.2761	116	0.2256	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6578-2.7436	0.2898	155	0.2105	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7436-2.8416	0.3098	127	0.2046	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8416-2.9554	0.2227	136	0.2005	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9554-3.0899	0.2721	146	0.1962	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0899-3.2527	0.2466	134	0.1949	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2527-3.4565	0.2666	148	0.183	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4565-3.7232	0.2092	140	0.1631	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7232-4.0977	0.227	155	0.1511	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0977-4.6902	0.17	132	0.1429	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6902-5.9072	0.2029	146	0.16	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9072-46.092	0.1885	153	0.1572	2639	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0453	-0.3301	-0.3056	0.4201	0.2703	1.3413	0.0085	-0.0375	-0.0036	-0.0541	0.0167	0.0074	0.0405	0.0476	-0.0255	0.1956	0.0007	-0.0068	0.0903	0.012	0.2175	66.8891	9.6699	195.2659
2	0.8362	0.4802	0.5059	0.7663	0.8365	2.4212	0.0017	0.2547	-0.0268	-0.0907	0.1068	-0.019	-0.0072	0.1011	-0.1041	0.241	0.043	0.0299	0.2174	0.0388	0.205	78.9688	7.3675	163.8141

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:182)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 183:518)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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