PDB-4gn5: OBody AM3L15 bound to hen egg-white lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gn5

タイトル

OBody AM3L15 bound to hen egg-white lysozyme

要素

Lysozyme C
OBody AM3L15

キーワード

DE NOVO PROTEIN/HYDROLASE / beta barrel / OB-fold / protein-protein complex / novel scaffold / muraminidase / enzyme inhibition / engineered binding protein / inhibitor / DE NOVO PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Steemson, J.D. / Liddament, M.T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
著者: Steemson, J.D. / Baake, M. / Rakonjac, J. / Arcus, V.L. / Liddament, M.T.

履歴

登録	2012年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gn5.cif.gz	217 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gn5.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/4gn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/4gn5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4glaC 4glvC 4gn3C 4gn4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rse-d 4gn4-d 5bvb-5 2vwv-d 1ouw-1 3va4-d 1sw1-1 2etm-1 2o68-d 3ppq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: OBody AM3L15

B: OBody AM3L15

C: Lysozyme C

D: Lysozyme C

ヘテロ分子

54.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: OBody AM3L15

D: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: OBody AM3L15

C: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.990, 58.830, 95.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.430, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	OBody AM3L15 分子量: 12379.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: aspS / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha]
#2: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 4種, 610分子

#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M HEPES, 5% MPEG5000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å

検出器

タイプ: MAR 2300 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54179 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.8 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 130001 / R_sym value: 0.082 / D res high: 1.86 Å / D res low: 94.753 Å / Num. obs: 46187 / % possible obs: 95.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.88	31.15	92.7	1	0.042	0.042	3.2
4.16	5.88	96.9	1	0.042	0.042	3.2
3.4	4.16	98.1	1	0.05	0.05	3.1
2.94	3.4	98.8	1	0.066	0.066	3
2.63	2.94	97.8	1	0.093	0.093	2.9
2.4	2.63	97.1	1	0.127	0.127	2.8
2.22	2.4	96.2	1	0.164	0.164	2.6
2.08	2.22	94.8	1	0.229	0.229	2.6
1.96	2.08	93.6	1	0.352	0.352	2.6
1.86	1.96	92.3	1	0.533	0.533	2.7

反射

解像度: 1.86→94.753 Å / Num. all: 46187 / Num. obs: 46187 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.8 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.86-1.96	2.7	0.533	1.4	17264	6490	0.533	92.3
1.96-2.08	2.6	0.352	2.2	16433	6203	0.352	93.6
2.08-2.22	2.6	0.229	3.1	15523	5892	0.229	94.8
2.22-2.4	2.6	0.164	4.3	14803	5603	0.164	96.2
2.4-2.63	2.8	0.127	5.8	14400	5197	0.127	97.1
2.63-2.94	2.9	0.093	7.3	13983	4754	0.093	97.8
2.94-3.4	3	0.066	9.8	12929	4252	0.066	98.8
3.4-4.16	3.1	0.05	11.3	11164	3574	0.05	98.1
4.16-5.88	3.2	0.042	13.5	8747	2745	0.042	96.9
5.88-31.15	3.2	0.042	12.4	4755	1477	0.042	92.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 38.92 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	31.15 Å
Translation	2.5 Å	31.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→31.15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8755 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	2189	5.05 %
R_work	0.1732	-	-
obs	0.1747	43335	89.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.252 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.35 Å² / B_iso mean: 27.2552 Å² / B_iso min: 3.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3713 Å²	0 Å²	-6.0967 Å²
2-	-	1.8311 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.2024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→31.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3665	0	73	602	4340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	3979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.863	5419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.138	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	701
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.094	1437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.86-1.9265	0.3008	184	0.2666	3552	3736	77
1.9265-2.0036	0.2948	179	0.2417	3685	3864	81
2.0036-2.0948	0.2894	212	0.2139	3865	4077	85
2.0948-2.2052	0.2417	205	0.1888	3980	4185	88
2.2052-2.3434	0.1974	239	0.1635	4091	4330	90
2.3434-2.5242	0.2034	255	0.1664	4225	4480	93
2.5242-2.7781	0.2166	215	0.1582	4341	4556	95
2.7781-3.1797	0.1775	230	0.1601	4426	4656	96
3.1797-4.0048	0.1601	250	0.144	4491	4741	97
4.0048-31.1543	0.1753	220	0.1543	4490	4710	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1547	-0.3561	-0.3986	2.3208	2.2449	2.6465	0.4325	0.2813	-0.314	-0.3108	0.218	0.2809	0.1225	-0.0572	-0.2909	0.3203	-0.0587	-0.218	0.3127	0.0675	0.3104	10.6787	-3.3723	-10.4061
2	1.3769	-0.8503	1.533	1.6148	-0.9644	2.0206	0.1659	0.0633	-0.1387	-0.4442	0.1381	0.2793	0.1557	0.0417	-0.2237	0.1749	-0.0346	-0.058	0.1105	0.0299	0.1342	22.8678	-5.0576	-3.9883
3	0.9865	-0.6115	0.0435	0.8858	-0.3846	1.1698	0.0199	-0.0894	-0.0841	-0.2796	0.2826	0.4199	0.1707	-0.1913	-0.0807	0.1663	-0.057	-0.0655	0.1582	0.0693	0.1701	20.3941	-4.0338	1.2733
4	0.6798	-0.102	0.5966	0.23	0.1614	0.8036	0.306	0.2074	-0.5032	-0.514	0.2493	0.2889	0.5053	-0.1881	-0.4717	0.5883	0.0403	-0.2506	0.1959	-0.0098	0.3521	19.7938	-10.8489	-8.8114
5	1.3836	0.0336	-0.1235	0.4272	0.0798	0.334	-0.2371	0.2974	0.2935	-0.2871	-0.0295	-0.0392	-0.2569	0.473	0.2419	0.745	-0.0578	-0.0268	0.4686	0.0889	0.2633	24.8146	-0.1422	-18.8792
6	1.8544	-0.2492	0.1835	3.1584	-0.931	0.5523	0.0273	-0.4055	-0.3789	0.3658	0.6682	0.0919	0.3543	-0.1069	-0.376	0.6137	0.0295	-0.2429	0.3273	0.1441	0.2715	30.3606	-9.8125	66.0505
7	0.2806	0.4205	0.0434	0.7369	0.2413	0.4235	0.0273	-0.0425	0.0873	0.3544	0.0559	-0.1895	0.0346	0.1142	-0.0809	0.2142	0.0432	-0.0541	0.1389	-0.0475	0.1973	31.2199	-5.5936	53.399
8	1.1687	0.269	0.6412	1.0226	0.6814	0.9802	0.1049	-0.0465	-0.0512	0.3336	0.0029	-0.1076	0.1812	-0.0377	-0.1013	0.195	0.007	0.0043	0.0814	0.003	0.1082	21.2808	-8.8264	51.9115
9	1.0846	-0.1958	0.5683	1.7435	-0.0203	0.3539	-0.0074	0.0256	-0.0813	0.5673	0.0539	-0.1947	0.0853	0.1369	-0.075	0.3078	-0.012	-0.0374	0.0961	0.0019	0.1192	24.8489	-8.876	53.535
10	1.0236	0.0458	0.0001	0.3258	0.018	0.7515	-0.1664	0.1024	0.2319	-0.1041	0.0915	0.1804	-0.1487	-0.0797	0.0128	0.1116	-0.018	-0.0121	0.1155	0.0313	0.1469	8.9329	-7.5878	23.4999
11	0.4059	0.0071	-0.0678	0.7326	0.3833	0.5463	0.0144	-0.0268	-0.0712	0.0686	-0.0052	-0.1079	0.0393	-0.0207	-0.0221	0.1121	-0.0174	-0.0128	0.112	0.0118	0.1427	11.3604	-13.0782	32.3315
12	0.7686	0.3185	0.3805	1.4672	0.2798	1.2179	0.0437	-0.1914	0.0812	0.1612	-0.0894	0.1395	0.0398	-0.2993	0.0469	0.0576	-0.0033	0.0395	0.131	-0.0112	0.0789	5.8849	-8.7858	40.3922
13	0.557	-0.2851	-0.2333	0.3321	0.1302	0.2943	-0.0272	0.0394	-0.0805	0.1771	0.1143	-0.0727	-0.0776	0.0231	-0.0765	0.0415	0.0005	0.0444	0.1059	0.0197	0.0823	19.4735	-12.1303	23.0485
14	0.0129	-0.0282	0.1014	0.1175	-0.1724	0.6205	0.0408	0.0304	0.0508	0.0009	0.0147	-0.04	0.0671	0.3437	-0.0167	0.1252	0.0002	-0.0187	0.2369	-0.0277	0.1817	46.9418	-7.9981	20.3854
15	1.6877	0.1462	0.3853	0.0514	0.2048	2.9791	-0.0892	-0.125	0.5239	0.0894	-0.0329	-0.138	-0.7181	-0.0776	0.1837	0.1722	-0.0223	-0.0316	0.088	-0.0198	0.2111	39.2692	2.607	16.0336
16	2.0693	-0.4803	1.1587	1.5308	-0.1855	1.6612	0.0945	0.4169	-0.0451	-0.2184	-0.0195	-0.0764	0.0406	0.3756	-0.0354	0.1111	-0.0253	0.0244	0.198	-0.0217	0.1008	42.5626	-7.7507	4.369
17	1.8049	0.1282	0.2998	0.2568	-0.3272	0.5589	0.0999	-0.5682	-0.0829	0.0105	-0.0168	0.1014	0.1181	-0.4062	-0.1148	0.1403	-0.0553	-0.0007	0.2135	0.0275	0.1506	33.2061	-9.4102	21.0374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:8)	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 9:71)	A	9 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 72:96)	A	72 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 97:102)	A	97 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 103:108)	A	103 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:5)	B	1 - 5
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 6:31)	B	6 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 32:88)	B	32 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 89:107)	B	89 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 1:20)	C	1 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 21:47)	C	21 - 47
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 48:112)	C	48 - 112
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 113:129)	C	113 - 129
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 1:13)	D	1 - 13
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 14:24)	D	14 - 24
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 25:112)	D	25 - 112
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 113:127)	D	113 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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