PDB-4gn4: OBody AM2EP06 bound to hen egg-white lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gn4

タイトル

OBody AM2EP06 bound to hen egg-white lysozyme

要素

Lysozyme C
OBody AM2EP06

キーワード

DE NOVO PROTEIN/HYDROLASE / beta barrel / OB-fold / protein-protein complex / novel scaffold / muraminidase / enzyme inhibition / engineered binding protein / inhibitor / DE NOVO PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.861 Å

データ登録者

Steemson, J.D. / Liddament, M.T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
著者: Steemson, J.D. / Baake, M. / Rakonjac, J. / Arcus, V.L. / Liddament, M.T.

履歴

登録	2012年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gn4.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gn4.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/4gn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/4gn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4glaC 4glvC 4gn3C 4gn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gn5-2 4glv-4 4glv-3 1vl5-4 4gn5-1 1vl5-1 1sw1-1 1n4a-2 1xxl-1 1o6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

B: OBody AM2EP06

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.430, 58.330, 81.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OBody AM2EP06 分子量: 11845.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: aspS / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha]
#2: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M HEPES, 13% MPEG5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å

検出器

タイプ: MAR 2300 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54179 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 11.9 / 数: 143392 / R_sym value: 0.039 / D res high: 1.861 Å / D res low: 81.82 Å / Num. obs: 20797 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.88	34.58	99.4	1	0.027	0.027	5.4
4.16	5.88	100	1	0.026	0.026	6.9
3.39	4.16	100	1	0.03	0.03	7.1
2.94	3.39	100	1	0.027	0.027	7.1
2.63	2.94	100	1	0.037	0.037	7.1
2.4	2.63	100	1	0.052	0.052	7.1
2.22	2.4	100	1	0.073	0.073	7
2.08	2.22	100	1	0.098	0.098	7
1.96	2.08	100	1	0.151	0.151	6.9
1.86	1.96	94.1	1	0.226	0.226	6.5

反射

解像度: 1.861→81.82 Å / Num. all: 20797 / Num. obs: 20797 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 29.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.861-1.96	6.5	0.226	3.4	18275	2819	0.226	94.1
1.96-2.08	6.9	0.151	5	19721	2858	0.151	100
2.08-2.22	7	0.098	7.6	18666	2674	0.098	100
2.22-2.4	7	0.073	9.7	17771	2523	0.073	100
2.4-2.63	7.1	0.052	13.6	16376	2305	0.052	100
2.63-2.94	7.1	0.037	18	15000	2110	0.037	100
2.94-3.39	7.1	0.027	22.2	13387	1879	0.027	100
3.39-4.16	7.1	0.03	19.3	11373	1605	0.03	100
4.16-5.88	6.9	0.026	21.6	8750	1276	0.026	100
5.88-34.575	5.4	0.027	15.7	4073	748	0.027	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 30.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	34.58 Å
Translation	2.5 Å	34.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.861→81.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.1943 / WR_factor R_work: 0.1484 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8874 / SU B: 5.944 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / SU R_free: 0.1215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	1064	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1519	-	-	-
obs	0.1541	20764	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.9 Å² / B_iso mean: 33.8146 Å² / B_iso min: 7.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.861→81.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1835	0	30	242	2107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.021	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.948	1.93	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.205	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.56	23.953	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.962	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.741	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.167	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.202	1.5	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.771	2	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.767	3	739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.896	4.5	703

LS精密化シェル

解像度: 1.861→1.91 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	60	-
R_work	0.17	1341	-
all	-	1401	-
obs	-	-	92.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6455	3.6499	-1.1702	7.8197	-1.7252	3.5956	-0.0514	0.2217	-0.4899	-0.2052	-0.0945	-0.3839	0.4609	0.4488	0.146	0.1383	0.0958	0.0225	0.1452	-0.0622	0.0853	21.9934	9.4077	5.1161
2	4.2687	-0.0981	-0.5325	1.8631	0.2608	5.3691	-0.0901	-0.2018	0.1518	0.0285	0.1156	-0.0372	-0.1272	0.3353	-0.0255	0.0249	0.0239	-0.015	0.0568	-0.039	0.0406	16.4049	16.1944	14.7885
3	4.9652	1.917	2.0336	9.3398	1.2289	4.6972	-0.0904	-1.3268	-0.039	0.6623	0.1169	-0.1138	0.2691	0.5362	-0.0265	0.1549	0.1296	-0.0043	0.5541	0.0144	0.0615	17.2891	10.8982	29.2104
4	6.0206	-0.4103	-0.3664	1.707	0.0305	2.7639	-0.1556	-0.3888	-0.2802	0.0546	0.0215	-0.0532	0.2611	0.3704	0.1341	0.1	0.0606	0.0213	0.0783	0.0077	0.052	16.4145	9.8654	16.5327
5	17.2371	-2.2471	-11.5533	1.5646	0.2289	15.2674	-0.181	1.2262	-0.3576	-0.3859	-0.0881	0.0097	0.2788	-0.6537	0.2691	0.1606	-0.0206	-0.025	0.1234	-0.0616	0.0487	11.8063	14.224	-0.2005
6	5.9512	-0.5986	2.433	3.4122	-1.2513	4.457	-0.055	-0.3577	0.1051	0.1638	0.1366	0.3719	-0.1091	-0.4437	-0.0817	0.0796	0.0406	0.0468	0.0662	0.0469	0.1184	-12.6661	8.6605	23.2513
7	6.376	4.6361	-0.2041	4.0138	-0.9263	1.3045	-0.0135	-0.0686	0.1854	0.0736	0.1005	0.2105	-0.0354	0.0369	-0.087	0.0877	0.054	0.0175	0.0919	0.0097	0.0695	-0.5584	9.1252	22.7477
8	7.5895	1.1536	-0.3588	5.5233	-2.9478	4.4564	0.2124	-0.6797	0.5107	0.4739	-0.262	-0.1088	-0.3905	0.3135	0.0496	0.1917	0.0468	0.0229	0.1635	-0.063	0.0739	-2.1784	14.3521	30.3624
9	6.646	-0.6534	0.1082	3.769	-0.367	3.0681	0.0938	0.496	-0.0302	-0.4774	0.1121	-0.1896	0.0101	0.0706	-0.2059	0.1375	0.0063	0.0033	0.0815	0.0422	0.1669	-5.344	11.3755	16.9322
10	28.3683	-2.8378	1.0991	28.2776	5.644	18.0545	0.906	-1.1694	-0.9492	2.395	-0.5192	0.7518	0.2526	0.4704	-0.3867	0.3594	0.0258	0.0826	0.3847	-0.0066	0.1161	-7.8518	9.2777	36.9869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	114 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	57 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	80 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	102 - 107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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