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- PDB-4gn1: Crystal Structure of the RA and PH domains of Lamellipodin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gn1
タイトルCrystal Structure of the RA and PH domains of Lamellipodin
要素Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / RA-PH / coiled-coil region / Ras-association domain / pleckstrin homology domain / cytoskeletal protein / Ena/VASP binding / cell migration / cell adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


axon extension / filopodium / lamellipodium / cytoskeleton / nuclear body / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain ...GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, Y.C.E. / Wu, J.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Lamellipodin implicates diverse functions in actin polymerization and Ras signaling.
著者: Chang, Y.C. / Zhang, H. / Brennan, M.L. / Wu, J.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
B: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
C: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
D: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4208
ポリマ－121,0124
非ポリマー4084
水4,486249
1
A: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3552
ポリマ－30,2531
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3552
ポリマ－30,2531
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3552
ポリマ－30,2531
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3552
ポリマ－30,2531
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.340, 93.465, 80.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1 / RAPH1 / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 18 protein / Amyotrophic ...RAPH1 / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 18 protein / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 9 protein / Lamellipodin / Proline-rich EVH1 ligand 2 / PREL-2 / Protein RMO1


分子量: 30252.963 Da / 分子数: 4 / 断片: RA and PH domain (UNP Residues 266-520) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RAPH1, ALS2CR18, ALS2CR9, KIAA1681, LPD, PREL2, RMO1
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70E73
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 mM sodium malonate pH 5.0, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.73 Å / Num. obs: 41656 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TCA

3tca


解像度: 2.4→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 21.607 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.746 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 2158 5.1 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.314 ---
obs0.256 39803 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20.05 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8173 0 28 249 8450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.028400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.96111313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7875986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65924.423416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.478151636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0571550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 164 -
Rwork0.312 2870 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67750.25730.15021.97310.16071.5979-0.11520.23460.2705-0.03090.082-0.1206-0.17730.25120.03320.0533-0.033-0.0270.06860.03470.065717.4221-0.51721.1992
22.08550.27920.39111.94390.2011.8119-0.12830.35880.1143-0.03840.1328-0.1527-0.19430.3272-0.00450.0888-0.0126-0.02220.12230.00240.035649.7053-0.497240.8233
32.22290.52960.48552.00330.39811.85060.05710.47050.0874-0.02560.097-0.11240.02390.3727-0.1540.04610.04670.00020.1668-0.0020.053227.0036-0.1958-16.895
42.60260.10370.68612.33810.16781.7729-0.15770.53940.3985-0.02590.003-0.0765-0.22770.41340.15470.0621-0.0634-0.04970.15880.09220.079559.562-0.20172.6752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A268 - 518
2X-RAY DIFFRACTION2B268 - 517
3X-RAY DIFFRACTION3C268 - 517
4X-RAY DIFFRACTION4D268 - 517

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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