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- PDB-1ymt: Mouse SF-1 LBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymt
タイトルMouse SF-1 LBD
要素
  • Nuclear receptor 0B2
  • Steroidogenic factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / SF-1 / ligand-binding domain / ligand / phosphatidyl glycerol / co-repressor peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell differentiation / response to gonadotropin-releasing hormone / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / luteinization / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / male sex determination / tissue development ...Sertoli cell differentiation / response to gonadotropin-releasing hormone / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / luteinization / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / male sex determination / tissue development / hormone metabolic process / female gonad development / nuclear retinoic acid receptor binding / maintenance of protein location in nucleus / adrenal gland development / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / DNA-binding transcription activator activity / animal organ regeneration / calcineurin-mediated signaling / response to glucose / Notch signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / hormone-mediated signaling pathway / male gonad development / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / RNA polymerase II transcription regulator complex / circadian rhythm / phospholipid binding / nuclear receptor activity / transcription by RNA polymerase II / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DR9 / Steroidogenic factor 1 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Moore, J. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / Juzumiene, D. / Bynum, J.M. / Fletterick, R.J. / Willson, T.M. / Ingraham, H.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Structural analyses reveal phosphatidyl inositols as ligands for the NR5 orphan receptors SF-1 and LRH-1
著者: Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Moore, J. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / MacKay, J.A. / Juzumiene, D. / Bynum, J.M. / Madauss, K. / Montana, V. / Lebedeva, L. / Suzawa, M. / Williams, J.D. / ...著者: Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Moore, J. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / MacKay, J.A. / Juzumiene, D. / Bynum, J.M. / Madauss, K. / Montana, V. / Lebedeva, L. / Suzawa, M. / Williams, J.D. / Williams, S.P. / Guy, R.K. / Thornton, J.W. / Fletterick, R.J. / Willson, T.M. / Ingraham, H.A.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroidogenic factor 1
B: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3253
ポリマ－29,5782
非ポリマー7471
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.853, 73.853, 117.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-946-

HOH

詳細Polypeptide monomer (chain A) bound to phospholipid (chain C) represents biological assembly

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要素

#1: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / STF-1 / SF-1 / Adrenal 4 binding protein / Steroid hormone receptor Ad4BP / Fushi tarazu factor ...STF-1 / SF-1 / Adrenal 4 binding protein / Steroid hormone receptor Ad4BP / Fushi tarazu factor homolog 1 / Embryonal LTR binding protein / ELP / Embryonal long terminal repeat- binding protein / Steroid hydroxylase positive regulator


分子量: 27992.281 Da / 分子数: 1 / 断片: mSF-1 LBD (residues 219-462) / 変異: C302S, C408S, C413S, C423S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr5a1, Ftzf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33242
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor 0B2 / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner


分子量: 1585.889 Da / 分子数: 1 / 断片: mSHP peptide (residues 17-30) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mSHP peptide, RPTILYALLSPSPR (a.a. 17-30) / 参照: UniProt: Q62227
#3: 化合物 ChemComp-DR9 / 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL / (2R)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(9E)-HEXADEC-9-ENOYLOXY]PROPYL (9E)-OCTADEC-9-ENOATE


分子量: 746.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H75O10P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8 mg/ml mSF-1, 6X molar excess of mSHP peptide, 0.1 M Tris, 14% PEG 8000, 5% isopropanol, 15% xylitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.03326 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→25 Å / Num. all: 101414 / Num. obs: 95280 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 1.2→1.32 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PK5 (mLRH-1 LBD)

1pk5


解像度: 1.2→24.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 339886.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4822 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.203 101414 --
obs0.197 95280 94 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4456 Å2 / ksol: 0.360209 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→24.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2233 0 51 467 2751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 1122 5.3 %
Rwork0.311 20170 -
obs--85.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3C16_1_C18_1.PARC16_1_C18_1.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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