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- PDB-4gmj: Structure of human NOT1 MIF4G domain co-crystallized with CAF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gmj
タイトルStructure of human NOT1 MIF4G domain co-crystallized with CAF1
要素(CCR4-NOT transcription complex subunit ...) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CCR4-NOT / mRNA DECAY / DEADENYLASE / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / poly(A)-specific ribonuclease activity / RNA exonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex ...regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / poly(A)-specific ribonuclease activity / RNA exonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / peroxisomal membrane / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / P-body assembly / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / intracellular membraneless organelle / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of viral genome replication / nuclear estrogen receptor binding / P-body / transcription corepressor activity / regulation of translation / 3'-5'-RNA exonuclease activity / molecular adaptor activity / defense response to virus / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain ...CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha Horseshoe / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Petit, P. / Weichenrieder, O. / Wohlbold, L. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
著者: Petit, A.P. / Wohlbold, L. / Bawankar, P. / Huntzinger, E. / Schmidt, S. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
D: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
E: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
F: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,79220
ポリマ－178,2156
非ポリマー57714
水3,801211
1
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6057
ポリマ－59,4052
非ポリマー2005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
2
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
D: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5816
ポリマ－59,4052
非ポリマー1764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
3
E: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
F: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6057
ポリマ－59,4052
非ポリマー2005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.470, 101.740, 142.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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CCR4-NOT transcription complex subunit ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-associated factor 1 / Negative regulator of transcription subunit 1 homolog / NOT1H / hNOT1


分子量: 26628.979 Da / 分子数: 3 / 断片: NOT1 MIF4G domain, UNP RESIDUES 1093-1317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AD-005, CDC39, CNOT1, KIAA1007, NOT1 / プラスミド: pNEA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Codon Plus / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 7 / BTG1-binding factor 1 / CCR4-associated factor 1 / CAF-1


分子量: 32776.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAF1, CNOT7 / プラスミド: pNEA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II / 参照: UniProt: Q9UIV1

-
非ポリマー , 4種, 225分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1M Tris-HCl, 16% PEG8000, 0.2M MgCl2, 0.2M AMSO4, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月14日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→82.21 Å / Num. obs: 63214 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 9227 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D5R

2d5r


解像度: 2.7→76.7 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3201 5.07 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.2153 63168 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.698 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.966 Å2-0 Å29.213 Å2
2--2.3018 Å20 Å2
3----10.2678 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→76.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11869 0 29 211 12109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80616506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7614513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032101
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.74030.32271350.33162630100
2.7403-2.78310.3521440.3244257499
2.7831-2.82880.37691460.3049258199
2.8288-2.87750.30861420.2942257199
2.8775-2.92990.35131650.2807257299
2.9299-2.98620.34831430.27552549100
2.9862-3.04720.32731240.28142661100
3.0472-3.11340.30131400.26722588100
3.1134-3.18590.33281410.25452641100
3.1859-3.26550.2911430.24782574100
3.2655-3.35380.31351490.24722586100
3.3538-3.45250.26481350.2483260099
3.4525-3.56390.26591310.2213260099
3.5639-3.69130.2671250.2237258199
3.6913-3.83910.25681360.21132625100
3.8391-4.01380.25251370.19612625100
4.0138-4.22540.21611250.18272654100
4.2254-4.49010.18761370.1735258599
4.4901-4.83680.19691430.1655263499
4.8368-5.32340.19431470.172258999
5.3234-6.09350.24411440.20292631100
6.0935-7.6760.22321390.2049263999
7.676-76.73860.16441300.1606267798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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