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- PDB-4glv: OBody AM3L09 bound to hen egg-white lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4glv
タイトルOBody AM3L09 bound to hen egg-white lysozyme
要素
  • Lysozyme C
  • OBody AM3L09
キーワードHYDROLASE/DE NOVO PROTEIN / beta barrel / OB-fold / protein-protein complex / novel scaffold / muraminidase / enzyme inhibition / engineered binding protein / HYDROLASE-DE NOVO PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleic acid-binding proteins / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme ...Nucleic acid-binding proteins / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Lysozyme-like domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.574 Å
データ登録者Steemson, J.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
著者: Steemson, J.D. / Baake, M. / Rakonjac, J. / Arcus, V.L. / Liddament, M.T.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Experimental preparation
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
B: OBody AM3L09
C: Lysozyme C
D: OBody AM3L09
E: Lysozyme C
F: OBody AM3L09
G: Lysozyme C
H: OBody AM3L09
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,32235
ポリマ－104,6718
非ポリマー2,65127
水7,350408
1
A: Lysozyme C
B: OBody AM3L09
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6347
ポリマ－26,1682
非ポリマー4665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Lysozyme C
D: OBody AM3L09
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9599
ポリマ－26,1682
非ポリマー7917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Lysozyme C
F: OBody AM3L09
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,00311
ポリマ－26,1682
非ポリマー8369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Lysozyme C
H: OBody AM3L09
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7268
ポリマ－26,1682
非ポリマー5586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.000, 69.380, 76.360
Angle α, β, γ (deg.)72.170, 69.460, 77.550
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...
21chain D and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...
31chain F and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...
41chain H and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...
12chain A and (resseq 1:124 ) and (name ca or...
22chain C and (resseq 1:124 ) and (name ca or...
32chain E and (resseq 1:124 ) and (name ca or...
42chain G and (resseq 1:124 ) and (name ca or...
13chain B and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and not...
23chain D and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and not...
33chain F and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and not...
43chain H and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and not...
14chain A and (resseq 1:124 ) and not (name ca...
24chain C and (resseq 1:124 ) and not (name ca...
34chain E and (resseq 1:124 ) and not (name ca...
44chain G and (resseq 1:124 ) and not (name ca...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain B and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...B10 - 43
121chain B and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...B49 - 105
211chain D and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...D10 - 43
221chain D and (resseq 10:43 or resseq 49:105) and (name...D49 - 105
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412chain G and (resseq 1:124 ) and (name ca or...G0
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214chain C and (resseq 1:124 ) and not (name ca...C0
314chain E and (resseq 1:124 ) and not (name ca...E0
414chain G and (resseq 1:124 ) and not (name ca...G0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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2given(0.996385, 0.0182, 0.082975), (-0.030291, 0.988691, 0.146877), (-0.079363, -0.148859, 0.985668)1.53071, 12.9689, -41.267399
3given(0.992646, 0.006388, -0.120883), (-0.010958, -0.989764, -0.14229), (-0.120554, 0.142568, -0.982416)22.4809, -9.96429, -111.646004
4given(0.998705, -0.002236, 0.050826), (-0.001606, -0.999922, -0.012423), (0.05085, 0.012326, -0.99863)30.395901, -13.8827, -66.713799
5given(0.995956, 0.016834, 0.08825), (-0.031527, 0.985308, 0.167853), (-0.084128, -0.169956, 0.981854)1.73641, 13.2459, -41.748402
6given(0.991751, 0.021649, -0.12634), (-0.000942, -0.984378, -0.176065), (-0.128178, 0.174731, -0.976237)22.279499, -11.3462, -111.963997
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11given(0.995607, 0.016116, 0.092234), (-0.031565, 0.985182, 0.168583), (-0.08815, -0.170753, 0.981363)1.75644, 13.192, -41.845001
12given(0.991297, 0.01762, -0.130463), (-0.005573, -0.984499, -0.175303), (-0.131529, 0.174504, -0.975832)22.101, -11.5773, -112.105003

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: タンパク質
OBody AM3L09


分子量: 11836.544 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: aspS / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha]

-
非ポリマー , 5種, 435分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2 M HEPES, 7% MPEG5000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95666 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月16日
詳細: flat collimating Rh coated mirror, toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95666 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 4.8 / 数: 254770 / Rsym value: 0.113 / D res high: 2.574 Å / D res low: 69.196 Å / Num. obs: 32670 / % possible obs: 96.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.1448.0194.910.0610.0617.6
5.768.1496.910.0660.0667.7
4.75.7696.910.0680.0687.8
4.074.79710.0650.0657.8
3.644.079710.090.097.8
3.323.6496.710.1060.1067.8
3.083.3296.810.1460.1467.9
2.883.0896.710.2250.2257.9
2.712.8896.310.3120.3127.9
2.572.7193.610.4220.4227.7
反射解像度: 2.574→69.196 Å / Num. all: 32670 / Num. obs: 32670 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.574-2.717.70.4221.63559846340.42293.6
2.71-2.887.90.3122.43557745250.31296.3
2.88-3.087.90.2253.33338842520.22596.7
3.08-3.327.90.14653141440010.14696.8
3.32-3.647.80.1066.12852336500.10696.7
3.64-4.077.80.094.32570533050.0997
4.07-4.77.80.0659.42273528990.06597
4.7-5.767.80.0688.51941224880.06896.9
5.76-8.147.70.0669.11461618930.06696.9
8.14-48.0097.60.0617.4780210230.06194.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.68 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.57 Å48.01 Å
Translation2.57 Å48.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.574→44.826 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8344 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 1617 5.08 %
Rwork0.2014 --
obs0.2036 31849 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.43 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 93.76 Å2 / Biso mean: 27.1893 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.854 Å2-0.2775 Å22.9696 Å2
2--3.5268 Å2-0.7727 Å2
3----2.6729 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.574→44.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7301 0 165 408 7874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98410333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7242704
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B362X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
12D362X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
13F363X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
14H363X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
21A495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
22C495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
23E495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
24G495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
31B334X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.47
32D334X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.47
33F345X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.78
34H345X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.681
41A460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.467
42C460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.467
43E456X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.592
44G460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.702
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.574-2.6660.31431500.23632736288685
2.666-2.77270.34991420.23952949309191
2.7727-2.89890.28871470.21293006315393
2.8989-3.05170.27021580.20243045320394
3.0517-3.24280.23361760.18563068324495
3.2428-3.49310.21171650.17873057322295
3.4931-3.84450.22211770.17323093327096
3.8445-4.40040.20611510.16853099325096
4.4004-5.54240.20191840.16943108329297
5.5424-44.83270.23781670.20883071323895

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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