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万見
- PDB-4glt: Crystal structure of glutathione s-transferase MFLA_2116 (target ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4glt
タイトルCrystal structure of glutathione s-transferase MFLA_2116 (target EFI-507160) from methylobacillus flagellatus kt with gsh bound
要素Glutathione S-transferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE-LIKE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Armstrong, R.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutathione s-transferase MFLA_2116 (target EFI-507160) from methylobacillus flagellatus kt with gsh bound
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Armstrong, ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Armstrong, R.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase-like protein
B: Glutathione S-transferase-like protein
C: Glutathione S-transferase-like protein
D: Glutathione S-transferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4598
ポリマ－102,2304
非ポリマー1,2294
水1,26170
1
A: Glutathione S-transferase-like protein
B: Glutathione S-transferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7294
ポリマ－51,1152
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase-like protein
D: Glutathione S-transferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7294
ポリマ－51,1152
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.815, 97.024, 81.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVALAA0 - 20122 - 223
21SERSERVALVALBB0 - 20122 - 223
12SERSERPROPROAA0 - 20022 - 222
22SERSERPROPROCC0 - 20022 - 222
13ASNASNILEILEAA-5 - 20217 - 224
23ASNASNILEILEDD-5 - 20217 - 224
14SERSERPROPROBB0 - 20022 - 222
24SERSERPROPROCC0 - 20022 - 222
15SERSERVALVALBB0 - 20122 - 223
25SERSERVALVALDD0 - 20122 - 223
16SERSERPROPROCC0 - 20022 - 222
26SERSERPROPRODD0 - 20022 - 222

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase-like protein


分子量: 25557.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
株: KT / 遺伝子: Mfla_2116 / 参照: UniProt: Q1GZF4
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2M POTASSIUM ACETATE, PH 7.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→70 Å / Num. obs: 42092 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TOU

3tou


解像度: 2.2→46.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 20.996 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28251 1313 3.2 %RANDOM
Rwork0.20897 ---
obs0.21139 40311 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.04 Å20 Å25.1 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6509 0 80 70 6659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0196744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.989137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2355819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.22923.182308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.689151183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6411565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A2280.32
12B2280.32
21A2320.29
22C2320.29
31A2360.28
32D2360.28
41B2330.32
42C2330.32
51B2310.31
52D2310.31
61C2300.28
62D2300.28
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 92 -
Rwork0.33 2810 -
obs--94.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84020.277-0.57093.3151-0.26832.4005-0.025-0.13840.140.26680.10160.2654-0.0766-0.2419-0.07650.1829-0.031-0.06670.31110.00860.124-34.412-12.18785.6689
22.9987-0.1005-0.70073.9609-0.29633.8857-0.0346-0.04440.0735-0.22690.0495-0.4310.13340.2478-0.01490.1392-0.0493-0.0720.2459-0.01560.1337-16.0112-15.5605-6.8188
33.5581-0.476-0.51292.7691-0.06084.32220.01370.0204-0.3324-0.2004-0.2949-0.49430.30720.46920.28120.18110.1016-0.06030.31670.07830.2428-17.1138-3.206241.3648
43.139-0.7605-0.76782.1960.16214.58680.15320.24710.2153-0.0032-0.15560.245-0.3365-0.03340.00240.14860.0457-0.0940.21760.00750.1594-35.85629.104139.9208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 202
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1A401 - 417
4X-RAY DIFFRACTION2B0 - 202
5X-RAY DIFFRACTION2B301
6X-RAY DIFFRACTION2B401 - 418
7X-RAY DIFFRACTION3C0 - 201
8X-RAY DIFFRACTION3C301
9X-RAY DIFFRACTION3C401 - 417
10X-RAY DIFFRACTION4D-5 - 202
11X-RAY DIFFRACTION4D301
12X-RAY DIFFRACTION4D401 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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