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- PDB-4gln: Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gln
タイトルCrystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n
要素
  • D-RFX001
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードGrowth Factor/Inhibitor / heterochiral protein-protein complex / D-protein antagonist / Growth Factor-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of protein localization to early endosome / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / eye photoreceptor cell development / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / induction of positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / monocyte differentiation / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mandal, K. / Uppalapati, M. / Ault-Riche, D. / Kenney, J. / Lowitz, J. / Sidhu, S. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
著者: Mandal, K. / Uppalapati, M. / Ault-Riche, D. / Kenney, J. / Lowitz, J. / Sidhu, S.S. / Kent, S.B.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Structure summary
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32019年4月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / struct_conn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / reflns / Item: _refine.ls_number_reflns_R_free / _reflns.number_all
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: D-RFX001
E: Vascular endothelial growth factor A
F: Vascular endothelial growth factor A
H: D-RFX001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6494
ポリマ－36,6494
非ポリマー00
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.156, 88.322, 77.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.98, 90.00
Int Tables number14
Space group name H-MP121/n1

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要素

#1: タンパク質 D-RFX001


分子量: 6375.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) synthetic construct
#2: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15692
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 97962 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 9622 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1128)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→32.219 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 4799 4.98 %
Rwork0.2287 --
obs0.2305 96771 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2434 0 0 524 2958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9883580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.972980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61880.30741220.26653029X-RAY DIFFRACTION95
1.6188-1.63790.30711570.2593040X-RAY DIFFRACTION97
1.6379-1.65790.29771550.25543033X-RAY DIFFRACTION96
1.6579-1.67880.29741590.24223051X-RAY DIFFRACTION98
1.6788-1.70090.36251550.24383039X-RAY DIFFRACTION97
1.7009-1.72420.25761690.24013031X-RAY DIFFRACTION97
1.7242-1.74890.27591510.23333047X-RAY DIFFRACTION98
1.7489-1.7750.27741590.23773075X-RAY DIFFRACTION97
1.775-1.80270.2531610.22573055X-RAY DIFFRACTION98
1.8027-1.83220.32161550.22333071X-RAY DIFFRACTION98
1.8322-1.86380.22261780.21883047X-RAY DIFFRACTION98
1.8638-1.89770.26721500.21853089X-RAY DIFFRACTION98
1.8977-1.93420.27311780.21423051X-RAY DIFFRACTION99
1.9342-1.97370.24791470.20933104X-RAY DIFFRACTION98
1.9737-2.01660.23281500.21143073X-RAY DIFFRACTION98
2.0166-2.06350.24491720.20833088X-RAY DIFFRACTION98
2.0635-2.11510.23281450.2123108X-RAY DIFFRACTION98
2.1151-2.17230.28081800.21553035X-RAY DIFFRACTION99
2.1723-2.23620.28961710.21923072X-RAY DIFFRACTION98
2.2362-2.30830.27041780.22493077X-RAY DIFFRACTION98
2.3083-2.39080.26021900.23233050X-RAY DIFFRACTION98
2.3908-2.48650.26851520.23643100X-RAY DIFFRACTION98
2.4865-2.59960.2971410.24163106X-RAY DIFFRACTION98
2.5996-2.73660.32711770.24543048X-RAY DIFFRACTION99
2.7366-2.9080.30391670.24333076X-RAY DIFFRACTION98
2.908-3.13230.32761440.2473102X-RAY DIFFRACTION99
3.1323-3.44720.24961680.23723082X-RAY DIFFRACTION98
3.4472-3.94530.21641810.22153075X-RAY DIFFRACTION99
3.9453-4.96770.21851700.1963056X-RAY DIFFRACTION98
4.9677-32.2190.27061410.25413038X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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