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万見
- PDB-4glm: Crystal structure of the SH3 Domain of DNMBP protein [Homo sapiens] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4glm
タイトルCrystal structure of the SH3 Domain of DNMBP protein [Homo sapiens]
要素Dynamin-binding protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 Domain / DNMBP / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Src homology 3 domains / cell junctions / dynamin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi stack / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-cell junction / presynapse / regulation of cell shape / cytoskeleton / intracellular signal transduction ...Golgi stack / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-cell junction / presynapse / regulation of cell shape / cytoskeleton / intracellular signal transduction / synapse / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin-binding protein, first N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, second N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, third N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, first C-terminal SH3 domain / : / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site ...Dynamin-binding protein, first N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, second N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, third N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, first C-terminal SH3 domain / : / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynamin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dong, A. / Guan, X. / Huang, H. / Tempel, W. / Gu, J. / Sidhu, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the SH3 Domain of DNMBP protein [Homo sapiens]
著者: Guan, X. / Dong, A. / Huang, H. / Tempel, W. / Gu, J. / Sidhu, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynamin-binding protein
B: Dynamin-binding protein
C: Dynamin-binding protein
D: Dynamin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,00722
ポリマ－31,0074
非ポリマー018
水2,432135
1
A: Dynamin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7529
ポリマ－7,7521
非ポリマー08
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dynamin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7527
ポリマ－7,7521
非ポリマー06
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dynamin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7524
ポリマ－7,7521
非ポリマー03
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dynamin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7522
ポリマ－7,7521
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.279, 136.203, 33.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質
Dynamin-binding protein / Scaffold protein Tuba


分子量: 7751.870 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 246-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMBP, KIAA1010 / プラスミド: pHH0239 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q6XZF7
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 18 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5
詳細: 5% PEG 8000, 0.2 M NaCl, and 0.1 M Tris 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21923 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.181 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.937.10.75710830.7631100
1.93-1.977.20.58210850.81100
1.97-2.017.40.55510580.8361100
2.01-2.057.50.44610580.854199.9
2.05-2.097.50.34811090.8891100
2.09-2.147.50.3310570.9151100
2.14-2.197.50.28210700.9221100
2.19-2.257.50.24810930.93199.8
2.25-2.327.60.22910550.9661100
2.32-2.397.50.18810930.9051100
2.39-2.487.60.17210800.944199.9
2.48-2.587.60.14511050.9591100
2.58-2.77.60.10810830.992199.9
2.7-2.847.60.09710821.0991100
2.84-3.027.60.08210891.4281100
3.02-3.257.50.07111141.8071100
3.25-3.587.60.06311082.251100
3.58-4.097.50.04711252.0881100
4.09-5.167.40.03211401.5361100
5.16-507.10.03112361.546199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DRK

2drk


解像度: 1.9→35.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9312 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9247 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU R Cruickshank DPI: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 915 4.18 %RANDOM
Rwork0.2289 ---
obs0.2302 21876 99.77 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.16 Å2 / Biso mean: 40.3978 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7184 Å20 Å20 Å2
2---7.8918 Å20 Å2
3---7.1734 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.295 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 18 135 1916
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 104 3.7 %
Rwork0.2049 2705 -
all0.2061 2809 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3451-0.55872.3241.72230.07194.5338-0.03560.18070.1227-0.0046-0.0237-0.0274-0.29170.36470.0593-0.0276-0.0324-0.0065-0.03780.0194-0.062727.065440.8188-20.8125
23.4048-0.17852.19411.6127-0.64764.81330.0174-0.15540.10130.0057-0.022-0.0153-0.1937-0.41740.0046-0.05350.02710.0103-0.0188-0.0115-0.0634.063241.0008-29.9175
33.58320.36-0.8647.5495-0.27526.3453-0.01820.3139-0.0956-0.6721-0.5241-0.1778-0.8991-0.3760.54230.12910.21340.0143-0.18780.0098-0.17284.47256.9693-14.2518
42.57040.3661-1.856912.6771-2.20866.98850.0936-0.1927-0.04590.6266-0.4068-0.143-1.08450.75360.31320.093-0.198-0.0483-0.17820.0288-0.198225.785856.595-2.1684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A245 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B245 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C246 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D245 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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