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万見
- PDB-4gl9: Crystal structure of inhibitory protein SOCS3 in complex with JAK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gl9
タイトルCrystal structure of inhibitory protein SOCS3 in complex with JAK2 kinase domain and fragment of GP130 intracellular domain
要素
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
  • Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
  • Tyrosine-protein kinase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / kinase inhibitor receptor cytokine signalling / phosphorylation / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of cell activation / Regulation of IFNG signaling / PTK6 Activates STAT3 / Growth hormone receptor signaling / Signaling by Erythropoietin / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / oncostatin-M receptor activity / Prolactin receptor signaling ...response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of cell activation / Regulation of IFNG signaling / PTK6 Activates STAT3 / Growth hormone receptor signaling / Signaling by Erythropoietin / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / oncostatin-M receptor activity / Prolactin receptor signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-20 family signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interferon gamma signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / triglyceride mobilization / Interleukin-23 signaling / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interferon alpha/beta signaling / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / ciliary neurotrophic factor receptor complex / RAF activation / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / Cyclin D associated events in G1 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / regulation of Notch signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / interleukin-11-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / negative regulation of heart contraction / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / placenta blood vessel development / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / : / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / Neddylation / positive regulation of astrocyte differentiation / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / collagen-activated signaling pathway / intestinal epithelial cell development / interleukin-12 receptor binding / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / response to interleukin-12 / interleukin-5-mediated signaling pathway / myeloid cell differentiation / post-embryonic hemopoiesis / protein tyrosine kinase inhibitor activity / interleukin-12 receptor complex / activation of Janus kinase activity / tyrosine phosphorylation of STAT protein / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / interleukin-12-mediated signaling pathway / acetylcholine receptor binding / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of platelet activation / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-3 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of signaling receptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of cell-substrate adhesion / cytokine receptor activity / growth hormone receptor binding / miRNA binding / growth hormone receptor signaling pathway / axon regeneration / response to hydroperoxide / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / peptide hormone receptor binding
類似検索 - 分子機能
Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding ...Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / SH2 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IZA / PHOSPHATE ION / Tyrosine-protein kinase JAK2 / Suppressor of cytokine signaling 3 / Interleukin-6 receptor subunit beta / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kershaw, N.J. / Murphy, J.M. / Laktyushin, A. / Nicola, N.A. / Babon, J.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: SOCS3 binds specific receptor-JAK complexes to control cytokine signaling by direct kinase inhibition.
著者: Kershaw, N.J. / Murphy, J.M. / Liau, N.P. / Varghese, L.N. / Laktyushin, A. / Whitlock, E.L. / Lucet, I.S. / Nicola, N.A. / Babon, J.J.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Structure summary
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase
B: Tyrosine-protein kinase
I: Interleukin-6 receptor subunit beta
C: Tyrosine-protein kinase
K: Interleukin-6 receptor subunit beta
J: Interleukin-6 receptor subunit beta
E: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
L: Interleukin-6 receptor subunit beta
D: Tyrosine-protein kinase
F: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
G: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
H: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,76817
ポリマ－209,43612
非ポリマー1,3325
水00
1
A: Tyrosine-protein kinase
K: Interleukin-6 receptor subunit beta
E: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6684
ポリマ－52,3593
非ポリマー3091
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase
L: Interleukin-6 receptor subunit beta
H: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7635
ポリマ－52,3593
非ポリマー4042
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
3
I: Interleukin-6 receptor subunit beta
C: Tyrosine-protein kinase
G: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6684
ポリマ－52,3593
非ポリマー3091
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
4
J: Interleukin-6 receptor subunit beta
D: Tyrosine-protein kinase
F: Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6684
ポリマ－52,3593
非ポリマー3091
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.262, 139.262, 316.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase


分子量: 35111.883 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain (unp residues 836-1132) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Jak2, mCG_9104
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G5E852, UniProt: Q62120*PLUS, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド
Interleukin-6 receptor subunit beta / IL-6RB / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / Oncostatin-M ...IL-6RB / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / Oncostatin-M receptor subunit alpha


分子量: 1605.573 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 750-764 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q00560
#3: タンパク質
Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3,Suppressor of cytokine signaling 3 / SOCS-3 / Cytokine-inducible SH2 protein 3 / CIS-3 / Protein EF-10


分子量: 15641.506 Da / 分子数: 4
断片: chimeric fusion of Intracellular domain (unp residues 22-128 and 163-185)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Socs3, Cis3, Cish3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35718
#4: 化合物
ChemComp-IZA / 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE / 2-(1,1-DIMETHYLETHYL)9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLIN-7-ONE / ピリドン6


分子量: 309.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16FN3O
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.33M di-potassium hydrogen phosphate, 1.67M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95371 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→45.584 Å / Num. obs: 31617 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→45.58 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 36.69 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1588 5.02 %
Rwork0.2495 --
obs0.254 31617 99.98 %
all-20680 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13585 0 97 0 13682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60818889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8535253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9005-4.02640.50471360.46242743X-RAY DIFFRACTION95
4.0264-4.17030.40451420.39542704X-RAY DIFFRACTION95
4.1703-4.33720.33511470.33222753X-RAY DIFFRACTION95
4.3372-4.53460.32231310.2892717X-RAY DIFFRACTION95
4.5346-4.77370.29361450.25132707X-RAY DIFFRACTION95
4.7737-5.07280.26681460.242728X-RAY DIFFRACTION95
5.0728-5.46440.27031530.23452718X-RAY DIFFRACTION95
5.4644-6.01420.30741460.23442736X-RAY DIFFRACTION95
6.0142-6.88430.26881580.232710X-RAY DIFFRACTION94
6.8843-8.67260.20361450.20012749X-RAY DIFFRACTION95
8.6726-95.99920.23251390.20822753X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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