PDB-4gl8: X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gl8

タイトル

X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding protein/Oligopeptide ABC transporter(OppAIV) from Borrelia burgdorferi

要素

Oligopeptide ABC transporter OppAIV
Peptide of unknown sequence

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ABC transporter / transporter / peptide binding / unknown peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Borrelia burgdorferi B31 (バクテリア)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray crystal structure of a periplasmic oligopeptide-binding protein/Oligopeptide ABC transporter(OppAIV) from Borrelia burgdorferi
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Staker, B.L.

履歴

登録	2012年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gl8.cif.gz	403.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gl8.ent.gz	331.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gl8_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gl8_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	4gl8_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	4gl8_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4gl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4gl8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1olaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kz9-1 6tfx-2 4ofj-d 3tcg-5 3tcg-4 6tfq-2 6gvd-d 4ze8-3 6tfq-1 1b3l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BobuA.17284.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Oligopeptide ABC transporter OppAIV

B: Oligopeptide ABC transporter OppAIV

C: Peptide of unknown sequence

D: Peptide of unknown sequence

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oligopeptide ABC transporter OppAIV

C: Peptide of unknown sequence

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oligopeptide ABC transporter OppAIV

D: Peptide of unknown sequence

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.750, 103.580, 104.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Oligopeptide ABC transporter OppAIV 分子量: 60616.293 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-530 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi B31 (バクテリア) 株: B31 / 遺伝子: oppAIV, BB_B16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C7K8
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide of unknown sequence 分子量: 358.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然詳細: protein purified bound to this peptide with unknown sequence 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.12 詳細: Morpheus G4: 1x MORPHEUS PRECIPITANTS, 1x MORPHEUS CARBOHYDRATES, 1x MORPHEUS BUFFER ph 6.12, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 55780 / Num. obs: 55023 / % possible obs: 98.643 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.78 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OLA

1ola

解像度: 2.2→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 10.692 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22046	2800	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17175	-	-	-
all	0.17425	52943	-	-
obs	0.17425	52223	98.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.84 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.96 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7965	0	0	461	8426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	8167
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.962	11097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.803	3	17460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.019	5	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.805	24.869	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.115	15	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.758	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	197	-
R_work	0.222	3382	-
obs	-	-	87.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.742	-0.2178	0.5679	0.8917	-0.0708	1.1102	0.0018	0.0402	-0.0206	-0.0209	-0.017	-0.0158	0.1166	0.0948	0.0152	0.0309	0.0008	0.0028	0.1027	0.0057	0.0659	99.585	47.8411	15.816
2	2.1008	-0.4814	1.3011	1.1698	-0.0635	2.0752	-0.0038	0.2604	0.0255	-0.1702	0.0083	0.1435	0.0643	0.2898	-0.0045	0.0601	-0.033	-0.0184	0.0995	-0.0088	0.0501	85.9648	48.7352	-2.3386
3	0.534	0.2907	0.799	2.8463	1.2491	1.4887	-0.0389	-0.0588	-0.0153	-0.0351	-0.0696	0.3527	-0.1154	-0.1263	0.1085	0.0624	0.0212	-0.0159	0.1231	0.004	0.132	78.5026	69.7685	12.9342
4	1.2063	-0.3411	0.4308	2.35	-0.3472	2.0462	-0.0882	-0.0977	-0.1954	0.1687	0.2064	0.512	0.03	-0.3658	-0.1182	0.0211	-0.0089	0.0443	0.1746	0.0304	0.1556	73.858	69.5774	22.4533
5	1.6008	-1.0843	-0.2259	2.4148	0.906	1.5951	-0.0492	0.032	0.0094	-0.1951	0.0316	0.0913	-0.0938	-0.0306	0.0176	0.0696	-0.0162	-0.0396	0.0699	0.0439	0.0426	83.4619	80.1885	11.085
6	0.578	0.1777	0.1573	0.7703	0.1161	1.0664	-0.0346	-0.029	-0.0462	0.0533	0.0664	0.136	-0.0484	0.0086	-0.0318	0.0183	0.0071	0.0016	0.0839	0.0352	0.0821	85.3183	60.4227	21.7328
7	0.832	-0.4053	0.4793	0.97	-0.2873	1.2857	-0.0597	0.0205	0.0162	0.0653	-0.0206	-0.1408	0.0513	0.0482	0.0803	0.0608	0.0249	0.0305	0.0764	0.0155	0.0604	50.202	37.3347	13.6186
8	0.1769	-0.0201	-0.0122	1.8034	0.354	0.8548	0.022	0.0209	0.036	-0.118	-0.0187	0.0259	-0.039	-0.0239	-0.0033	0.016	0.0007	0.0153	0.1113	0.0163	0.0403	31.572	54.6125	3.3201
9	1.5203	1.2666	-0.6139	4.813	-0.1955	1.1994	-0.0188	0.0599	0.0767	0.1039	0.0304	0.42	-0.1477	-0.0953	-0.0115	0.0462	0.0284	0.0182	0.0772	-0.0099	0.0493	28.0047	67.2705	17.903
10	0.4974	-0.1107	-0.0654	1.5182	-0.3393	1.5163	-0.0579	0.033	0.0113	-0.0354	-0.0046	-0.0535	-0.0207	0.0787	0.0624	0.052	-0.0098	0.0167	0.0788	0.0033	0.0455	38.9957	62.974	9.648
11	0.2553	-0.2095	-0.2096	2.2809	0.1777	3.697	-0.0322	-0.0914	0.07	0.53	0.0227	-0.0355	0.2117	0.1284	0.0095	0.1621	0.0271	0.0036	0.1134	-0.0137	0.0313	36.8804	58.0465	28.718
12	2.0095	-0.367	1.1705	1.914	1.2341	3.844	-0.0234	0.1028	-0.1035	-0.063	-0.0849	0.2688	0.1366	-0.02	0.1083	0.0703	-0.0261	0.0137	0.0961	-0.0077	0.07	30.0772	36.9225	2.5695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	204 - 265
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	266 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	312 - 353
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	354 - 427
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	428 - 529
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	235 - 319
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	320 - 372
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	373 - 451
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	452 - 500
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	501 - 529

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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