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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gkz | ||||||
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タイトル | HA1.7, a MHC class II restricted TCR specific for haemagglutinin | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holland, C.J. / Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Godkin, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Minimal conformational plasticity enables TCR cross-reactivity to different MHC class II heterodimers. 著者: Holland, C.J. / Rizkallah, P.J. / Vollers, S. / Calvo-Calle, J.M. / Madura, F. / Fuller, A. / Sewell, A.K. / Stern, L.J. / Godkin, A. / Cole, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fytS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22362.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27534.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 58分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-TAM / | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Bis-Tris Propane, 200mM Sodium Bromide, 20% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日 / 詳細: Si(111) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.39→26.364 Å / Num. all: 19445 / Num. obs: 19445 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 18.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1FYT 解像度: 2.39→26.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 22.666 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.179 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→26.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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