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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gid | ||||||
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タイトル | Structure of beta-secretase complexed with inhibitor | ||||||
![]() | Beta-secretase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEASE / BETA SECRETASE / APP / BACE / A-BETA / PROTEASE / MEMAPSIN / ALZHEIMER / DRUG DESIGN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghosh, A. / Tang, J. / Venkateswara, R.K. / Yadav, N. / Anderson, D. / Gavande, N. / Huang, X. / Terzyan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of highly selective beta-secretase inhibitors: synthesis, biological evaluation, and protein-ligand X-ray crystal structure. 著者: Ghosh, A.K. / Venkateswara Rao, K. / Yadav, N.D. / Anderson, D.D. / Gavande, N. / Huang, X. / Terzyan, S. / Tang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 274.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vkmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43255.754 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0GH / #3: 化合物 | ChemComp-LPD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 8000, NA CACODYLATE BUFFER, 15MG/ML PROTEIN CONCENTRATION, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月24日 / 詳細: VariMax HR optic |
放射 | モノクロメーター: VariMax HR optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 130808 / Num. obs: 130546 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2VKM 解像度: 2→34.49 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Bulk solvent correction / Bsol: 60.4332 Å2 / ksol: 0.359501 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→34.49 Å
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拘束条件 |
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