PDB-4ghj: 1.75 Angstrom Crystal Structure of Transcriptional Regulator ftom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ghj

タイトル

1.75 Angstrom Crystal Structure of Transcriptional Regulator ftom Vibrio vulnificus.

要素

Probable transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / transcriptional regulator / DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.75 Angstrom Crystal Structure of Transcriptional Regulator ftom Vibrio vulnificus.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ghj.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ghj.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ghj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ghj_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ghj_full_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示
XML形式データ	4ghj_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	4ghj_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4ghj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4ghj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tjx-d 1khc-d 3upv-d 5y6b-2 6iy0-1 6g7v-d 6qmi-d 5nin-2 4aoh-d 3rhe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp91375

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Probable transcriptional regulator

B: Probable transcriptional regulator

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.742, 70.740, 35.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Probable transcriptional regulator 分子量: 11468.505 Da / 分子数: 2 / 断片: Transcriptional Regulator / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV1_2191 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DAK3, UniProt: A0A3Q0L571*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE INITIAL SEQUENCE WAS CUT AFTER RESIDUE 77 OR MAYBE FEW RESIDUES AFTER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein: 7.6mg/mL, 0.5M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: PACT (D6), 0.1M MMT buffer pH 9.0, 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 16622 / Num. obs: 16622 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 713 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→28.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.742 / SU ML: 0.064
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22341	847	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18157	-	-	-
all	0.18366	15662	-	-
obs	0.18366	15662	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.88 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1148	0	0	149	1297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	1.99	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.887	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.073	26.038	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.897	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.816	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.158	1.5	816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.398	1.5	325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.904	2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.176	3	456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.193	4.5	400

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	49	-
R_work	0.299	994	-
obs	-	994	84.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.417	-0.0305	0.4504	1.3568	-2.2352	5.0444	-0.0682	-0.4506	-0.0718	0.0875	-0.0438	-0.193	0.1166	0.2436	0.112	0.1729	0.0012	-0.0111	0.2692	-0.0038	0.1689	42.083	12.5958	53.9836
2	5.6467	0.9002	0.1933	1.2396	0.6385	7.0002	0.0543	-0.2307	-0.13	0.2369	-0.2189	-0.1374	-0.202	0.3098	0.1646	0.1857	-0.0096	0.0083	0.1577	-0.0043	0.194	44.7806	11.3281	41.8837
3	3.2559	0.7022	-0.7536	3.4246	-0.7189	3.1876	0.075	0.5204	-0.1114	-0.053	-0.1377	-0.0732	0.0475	-0.0456	0.0627	0.0552	-0.0046	0.0096	0.1143	-0.0209	0.0539	43.4647	15.5074	30.2267
4	1.2064	-0.0265	2.1205	3.5475	-1.3211	4.2332	-0.009	0.1678	0.1507	0.1931	-0.0155	-0.2358	-0.3881	0.242	0.0246	0.2629	-0.0135	0.0646	0.1672	0.0135	0.2999	42.2515	22.4649	39.7943
5	6.1213	-1.8386	-2.578	6.5725	2.6098	4.3383	0.0465	0.3838	-0.3356	0.0362	-0.0632	0.1799	0.0755	-0.203	0.0168	0.0123	0.0015	-0.0203	0.0726	-0.0311	0.0536	33.8158	12.2701	35.7199
6	11.3936	-7.0223	-8.8743	7.0978	-0.5863	15.3816	-0.3174	0.306	-0.3095	-0.0736	0.0439	0.3283	0.6282	-0.5155	0.2736	0.1979	-0.0435	0.004	0.018	-0.0015	0.3514	25.728	5.1941	44.4576
7	0.9498	-1.0389	-0.2407	0.7922	1.8152	8.5468	0.049	0.2016	-0.1175	0.059	-0.2326	0.1572	0.4723	-0.8401	0.1836	0.1599	0.0042	0.008	0.3219	0.0142	0.1744	23.6394	12.8485	37.1623
8	4.9346	-0.3531	-1.1154	3.044	-0.2683	4.707	-0.1298	-0.2309	-0.3231	-0.0122	0.0789	0.1387	0.3137	-0.2869	0.0509	0.0265	0.0046	0.0151	0.1235	0.0507	0.046	19.9206	12.3647	55.1348
9	3.7366	-0.9585	-2.0938	6.185	-1.0913	10.9339	-0.0443	-0.8611	0.4305	0.0903	0.2122	0.0235	-0.5462	0.0126	-0.1679	0.0643	-0.0016	0.0066	0.2937	-0.0805	0.1093	25.8587	22.2374	58.3125
10	12.2357	-0.8799	2.7585	2.449	-0.1066	0.6503	-0.0698	-0.1439	0.3406	-0.1088	-0.0182	0.1174	-0.0733	-0.0302	0.088	0.1257	0.0259	0.0035	0.112	-0.0165	0.0917	26.9287	21.0374	48.0134
11	3.9068	0.0788	-0.8428	5.9883	-1.4914	5.4658	0.0627	-0.5093	-0.2571	0.0989	-0.1195	0.1416	0.0991	0.1207	0.0569	0.0138	-0.0122	-0.003	0.0918	0.036	0.0514	31.0701	11.5331	54.8916
12	10.4947	-1.1909	-9.716	6.4957	0.614	12.517	-0.2883	-0.0717	-0.3189	0.0278	0.1526	-0.2838	0.4132	0.0759	0.1358	0.0899	-0.0024	-0.0071	0.0087	0.0104	0.1643	38.9098	5.0117	44.683

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	52 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	68 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 15
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	16 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	31 - 42
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	43 - 54
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	55 - 65
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	66 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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