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- PDB-4gh4: Crystal Structure of Foot and Mouth Disease Virus A22 Serotype -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gh4
タイトルCrystal Structure of Foot and Mouth Disease Virus A22 Serotype
要素
  • capsid protein VP1
  • capsid protein VP2
  • capsid protein VP3
  • capsid protein VP4
キーワードVIRUS / icosahedral virus / capsids / picornavirus / apthovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / regulation of translation / host cell / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / regulation of translation / host cell / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kotecha, A. / Jinshan, R. / Curry, S. / Fry, E. / Stuart, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Perturbations in the surface structure of A22 Iraq foot-and-mouth disease virus accompanying coupled changes in host cell specificity and antigenicity.
著者: Curry, S. / Fry, E. / Blakemore, W. / Abu-Ghazaleh, R. / Jackson, T. / King, A. / Lea, S. / Newman, J. / Rowlands, D. / Stuart, D.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5114
ポリマ－75,5114
非ポリマー00
水4,648258
1
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,530,659240
ポリマ－4,530,659240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 378 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,55520
ポリマ－377,55520
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 453 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,06624
ポリマ－453,06624
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.13 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,132,66560
ポリマ－1,132,66560
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)328.200, 341.800, 363.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain AAAA,CCCC, using strict)
NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.809, 0.309), (0.809, 0.309, -0.5), (0.309, 0.5, 0.809)
3generate(-0.309, -0.5, 0.809), (0.5, -0.809, -0.309), (0.809, 0.309, 0.5)
4generate(-0.309, 0.5, 0.809), (-0.5, -0.809, 0.309), (0.809, -0.309, 0.5)
5generate(0.5, 0.809, 0.309), (-0.809, 0.309, 0.5), (0.309, -0.5, 0.809)
6generate(1), (1), (1)
7generate(0.309, 0.5, 0.809), (0.5, -0.809, 0.309), (0.809, 0.309, -0.5)
8generate(0.809, 0.309, 0.5), (-0.309, -0.5, 0.809), (0.5, -0.809, -0.309)
9generate(0.809, -0.309, 0.5), (-0.309, 0.5, 0.809), (-0.5, -0.809, 0.309)
10generate(0.309, -0.5, 0.809), (0.5, 0.809, 0.309), (-0.809, 0.309, 0.5)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.809, 0.309, -0.5), (0.309, 0.5, 0.809), (0.5, -0.809, 0.309)
13generate(0.5, -0.809, -0.309), (0.809, 0.309, 0.5), (-0.309, -0.5, 0.809)
14generate(-0.5, -0.809, 0.309), (0.809, -0.309, 0.5), (-0.309, 0.5, 0.809)
15generate(-0.809, 0.309, 0.5), (0.309, -0.5, 0.809), (0.5, 0.809, 0.309)

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要素

#1: タンパク質 capsid protein VP1


分子量: 22962.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 440-649 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: FMDV A22 Iraq / 参照: UniProt: Q9Q2N8, UniProt: Q6PN23*PLUS
#2: タンパク質 capsid protein VP2


分子量: 23347.385 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-218 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: FMDV A22 Iraq / 参照: UniProt: Q9Q2N8, UniProt: Q6PN23*PLUS
#3: タンパク質 capsid protein VP3


分子量: 24245.127 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 219-439 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: FMDV A22 Iraq / 参照: UniProt: Q9Q2N8
#4: タンパク質・ペプチド capsid protein VP4


分子量: 4956.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: FMDV A22 Iraq / 参照: UniProt: Q9ILY1*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 22

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 3.8-4.5% PEG20000, 2.5 M ammonium chloride, 4% 1,4-dioxane, 0.1 M sodium phosphate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12941
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンSRS PX9.61
シンクロトロンSRS PX9.52
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 483707 / Num. obs: 251190 / % possible obs: 61.7 % / Rmerge(I) obs: 0.179

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータスケーリング
Agrovataデータスケーリング
X-PLOR位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: STRUCTURE WAS REFINED WITHOUT FREE R CROSS-VALIDATION
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1667 --
Rfree-0 0 %
all-483707 -
obs-251190 61.7 %
溶媒の処理Bsol: 35.6411 Å2
原子変位パラメータBiso max: 120.13 Å2 / Biso mean: 19.4541 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.108 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.498 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5199 0 0 258 5457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.6888
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it12.53412
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.65416
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it14.58820
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
Refine LS restraints NCSRms: 0 / タイプ: strict / Weight: 300
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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