PDB-4ggj: Crystal structure of Zucchini from mouse (mZuc / PLD6 / MitoPLD)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ggj

タイトル

Crystal structure of Zucchini from mouse (mZuc / PLD6 / MitoPLD)

要素

Mitochondrial cardiolipin hydrolase

キーワード

HYDROLASE / piRNA pathway / protein-RNA interactions / piRNA RNAi / HKD motif CCCH zinc finger / nuclease / nucleic acid binding / outer mitochondrial membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PA / cardiolipin hydrolase activity / P granule organization / piRNA processing / positive regulation of mitochondrial fusion / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phospholipase D activity / mitochondrial fusion / spermatid development / lipid catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Ipsaro, J.J. / Haase, A.D. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The structural biochemistry of Zucchini implicates it as a nuclease in piRNA biogenesis.
著者: Ipsaro, J.J. / Haase, A.D. / Knott, S.R. / Joshua-Tor, L. / Hannon, G.J.

履歴

登録	2012年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ggj.cif.gz	86.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ggj.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ggj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ggj_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ggj_full_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示
XML形式データ	4ggj_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	4ggj_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/4ggj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/4ggj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ggkC 1byrS 1bys S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l44-d 5e4d-d 2hxl-d 5e4m-d 7ako-2 3vxc-3 2cke-1 6ukw-d 3tei-d 4g5q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase

ヘテロ分子

A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.741, 38.741, 214.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Mitochondrial cardiolipin hydrolase / Choline phosphatase 6 / Mitochondrial phospholipase / MitoPLD / Phosphatidylcholine-hydrolyzing ...Choline phosphatase 6 / Mitochondrial phospholipase / MitoPLD / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D6 / Phospholipase D6 / PLD 6 分子量: 22342.830 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domain, UNP residues 31-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pld6 / プラスミド: pFL 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 参照: UniProt: Q5SWZ9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 18% PEG-3350, 2% tascimate, pH 6.0, 1:100 m/m ratio protein:chymotrypsin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月26日
放射	モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagittal bend. Second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 17619 / Num. obs: 17027 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1BYR

1byr

解像度: 1.75→38.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 4.688 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	862	5.1 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.175	16154	97.1 %	-
all	-	16154	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1327	0	1	105	1433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.281	1.964	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.832	3.003	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.851	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.149	22.836	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.31	15	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.452	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.643	1.5	827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.159	1.5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.242	2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.92	3	535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.257	4.5	503
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	65	-
R_work	0.249	1143	-
obs	-	-	97.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.386 Å / Origin y: -15.334 Å / Origin z: -12.232 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0609 Å²	-0.0278 Å²	0.0039 Å²	-	0.0781 Å²	-0.0418 Å²	-	-	0.0588 Å²
L	2.6332 °²	-0.5014 °²	-0.1097 °²	-	1.5399 °²	-0.0295 °²	-	-	2.0677 °²
S	0.0196 Å °	0.3069 Å °	-0.1715 Å °	-0.1638 Å °	-0.0691 Å °	0.0343 Å °	-0.0346 Å °	0.0347 Å °	0.0495 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 505

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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