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- PDB-4ggg: Crystal structure of V66A/L68V CzrA in the Zn(II)bound state. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ggg
タイトルCrystal structure of V66A/L68V CzrA in the Zn(II)bound state.
要素Repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION regulator / Zn(II) binding protein / transcriptional regulator / ArsR/SmtB family of transcriptional regulators / Zn(II) sensing transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Repressor protein / Repressor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Campanello, G.C. / Ma, Z. / Grossoehme, N.E. / Chakrovorty, D.K. / Guerra, A.J. / Ye, Y. / Dann III, C.E. / Merz Jr., K.M. / Giedroc, D.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Allosteric inhibition of a zinc-sensing transcriptional repressor: insights into the arsenic repressor (ArsR) family.
著者: Campanello, G.C. / Ma, Z. / Grossoehme, N.E. / Guerra, A.J. / Ward, B.P. / Dimarchi, R.D. / Ye, Y. / Dann, C.E. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor protein
B: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8696
ポリマ－23,6372
非ポリマー2324
水2,036113
1
A: Repressor protein
ヘテロ分子

A: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9698
ポリマ－23,6372
非ポリマー3336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
2
B: Repressor protein
ヘテロ分子

B: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7684
ポリマ－23,6372
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.286, 50.198, 85.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

21A-340-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Repressor protein


分子量: 11818.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: czrA, SA1947 / プラスミド: pET-CzrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7A4C3, UniProt: A0A0H3JNF1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 8000, NaCl, Ches, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293 K, temperature 293.K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→26.669 Å / Num. all: 14056 / Num. obs: 13543 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.2 % / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R1V

1r1v


解像度: 1.998→26.669 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1358 9.95 %Random
Rwork0.1727 ---
all0.1778 14056 --
obs0.1778 -96.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.446 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4294 Å2-0 Å20 Å2
2---6.6904 Å20 Å2
3---1.261 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→26.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1448 0 4 113 1565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8031985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.997542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9984-2.06980.30531130.24841069X-RAY DIFFRACTION87
2.0698-2.15260.25971340.20991175X-RAY DIFFRACTION95
2.1526-2.25060.28111360.17781188X-RAY DIFFRACTION96
2.2506-2.36920.2541390.17961212X-RAY DIFFRACTION97
2.3692-2.51750.23611320.17651236X-RAY DIFFRACTION98
2.5175-2.71170.22141360.17571225X-RAY DIFFRACTION98
2.7117-2.98420.22451380.17691253X-RAY DIFFRACTION99
2.9842-3.41530.22221460.18131270X-RAY DIFFRACTION100
3.4153-4.30.21221420.15511284X-RAY DIFFRACTION100
4.3-26.67140.19171420.15831381X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0688-5.9383-4.18145.87584.40215.1489-0.06610.7762-0.903-0.2994-0.30860.77270.6988-0.76320.34950.3316-0.0135-0.04780.293-0.02990.226-8.4168-5.24831.163
23.455-0.4571.60467.69951.18467.9507-0.04190.18160.1176-0.32710.0665-0.1394-0.16420.3992-0.02810.14050.00070.03380.171-0.02780.13074.7309-3.7926-16.3102
38.6837-5.288-5.91217.45845.25484.6534-0.07720.1106-0.4274-0.1256-0.25760.91490.3118-0.19830.33780.23880.0094-0.02990.1939-0.01710.2533-3.5823-9.8673-15.6269
45.997-0.3264.66577.3199-1.15034.0461-0.08460.53320.0711-0.14540.04860.1643-0.9438-0.49860.14810.15670.0431-0.0060.214-0.05570.1297-8.58890.4744-16.9186
52.22133.29453.63035.20665.59946.0660.19480.33520.0265-0.10780.2320.0095-0.23790.3847-0.28420.20290.045-0.04680.2327-0.01330.2187-6.38820.9988-19.8343
69.2375-3.23962.96938.8965-0.00954.95470.16250.05850.026-0.0482-0.043-0.43490.21110.3714-0.11130.1808-0.02790.060.17990.01320.09226.00894.9441-1.0819
78.3237-3.351.65777.9237-3.20151.9735-0.1475-0.38740.82990.94810.1364-0.5257-0.85630.01880.22270.3435-0.0438-0.0130.2067-0.06780.26716.0842-23.4017.1908
86.77770.1877-2.02526.8179-2.25847.7598-0.01580.1557-0.1235-0.2513-0.0063-0.02780.1091-0.11960.01420.1445-0.0154-0.02170.13410.00320.10986.4883-24.5113-15.5733
95.60690.9559-0.01026.9103-5.00663.7206-0.2481-0.35440.3330.5529-0.1983-0.6968-0.60720.27380.39790.214-0.00560.00180.1687-0.03050.203112.4199-18.4076-10.0022
105.8232.4251-4.79594.5677-1.96547.5067-0.0276-0.2498-0.3334-0.5862-0.2697-0.52210.33231.12380.24010.21550.04770.04530.28530.03760.151916.7313-28.0721-7.2923
115.24625.7471-6.56656.6875-7.60199.24890.15240.22040.09010.37520.0425-0.3365-0.5255-0.1409-0.26090.23280.03910.07380.2770.01560.323817.0753-28.267-11.311
123.7214-3.97685.09556.4761-3.5478.71560.53290.0208-0.108-0.4387-0.22940.0267-0.0594-0.1852-0.24450.26480.02080.0310.1452-0.02340.101-2.9004-33.4103-4.7968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 11:23)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 24:52)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 53:65)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 66:74)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 75:84)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 85:102)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 9:23)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 24:52)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 53:65)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 66:74)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 75:84)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 85:101)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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