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- PDB-4ggf: Crystal structure of Mn2+ bound calprotectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ggf
タイトルCrystal structure of Mn2+ bound calprotectin
要素(Protein S100- ...) x 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / S100 / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / positive regulation of peptide secretion / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding ...S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / positive regulation of peptide secretion / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / Metal sequestration by antimicrobial proteins / peptide secretion / leukocyte migration involved in inflammatory response / RAGE receptor binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / astrocyte development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / arachidonic acid binding / intermediate filament cytoskeleton / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of toll-like receptor signaling pathway / response to zinc ion / regulation of cytoskeleton organization / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / antioxidant activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / endothelial cell migration / defense response to fungus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil chemotaxis / autophagy / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / calcium-dependent protein binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / positive regulation of cell growth / microtubule binding / secretory granule lumen / response to ethanol / collagen-containing extracellular matrix / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein S100-A8 / Protein S100-A9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Damo, S.M. / Fritz, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Molecular basis for manganese sequestration by calprotectin and roles in the innate immune response to invading bacterial pathogens.
著者: Damo, S.M. / Kehl-Fie, T.E. / Sugitani, N. / Holt, M.E. / Rathi, S. / Murphy, W.J. / Zhang, Y. / Betz, C. / Hench, L. / Fritz, G. / Skaar, E.P. / Chazin, W.J.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A8
C: Protein S100-A9
K: Protein S100-A8
L: Protein S100-A9
S: Protein S100-A8
T: Protein S100-A9
U: Protein S100-A8
V: Protein S100-A9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,04836
ポリマ－96,3428
非ポリマー1,70628
水8,791488
1
A: Protein S100-A8
C: Protein S100-A9
K: Protein S100-A8
L: Protein S100-A9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,00718
ポリマ－48,1714
非ポリマー83714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12010 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
2
S: Protein S100-A8
T: Protein S100-A9
U: Protein S100-A8
V: Protein S100-A9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,04118
ポリマ－48,1714
非ポリマー87014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11890 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.027, 217.002, 53.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
Protein S100- ... , 2種, 8分子 AKSUCLTV

#1: タンパク質
Protein S100-A8 / Calgranulin-A / Calprotectin L1L subunit / Cystic fibrosis antigen / CFAG / Leukocyte L1 complex ...Calgranulin-A / Calprotectin L1L subunit / Cystic fibrosis antigen / CFAG / Leukocyte L1 complex light chain / Migration inhibitory factor-related protein 8 / MRP-8 / p8 / S100 calcium-binding protein A8 / Urinary stone protein band A


分子量: 10837.463 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A8, CAGA, CFAG, MRP8 / プラスミド: pET1120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05109
#2: タンパク質
Protein S100-A9 / Calgranulin-B / Calprotectin L1H subunit / Leukocyte L1 complex heavy chain / Migration inhibitory ...Calgranulin-B / Calprotectin L1H subunit / Leukocyte L1 complex heavy chain / Migration inhibitory factor-related protein 14 / MRP-14 / p14 / S100 calcium-binding protein A9


分子量: 13247.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A9, CAGB, CFAG, MRP14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06702

-
非ポリマー , 5種, 516分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 126186 / Num. obs: 124149 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 16.81
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.6-1.7190.6
1.7-1.8199.8
1.8-1.96199.9
1.96-2.14199.9
2.14-2.41100
2.4-2.81100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1xk4

1xk4


解像度: 1.6→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.492 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20182 6217 5 %RANDOM
Rwork0.17671 ---
obs0.17796 117923 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6450 0 70 488 7008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.026944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.9529361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.047311729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5075851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07325.496353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.878151357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6341522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free13.51654
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.696548
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 401 -
Rwork0.289 7071 -
obs--84.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45320.0511-0.13171.298-0.07741.6629-0.0025-0.0590.09910.26280.1117-0.1401-0.0130.1709-0.10910.12150.0283-0.05660.1302-0.04330.0648-0.25437.2261.729
22.4713-0.7907-0.06097.9551-2.66353.4002-0.0175-0.06260.09950.30980.12010.406-0.0836-0.1627-0.10260.09780.03890.02170.1051-0.02370.0538-15.59335.094.697
30.7065-0.79690.44492.1994-0.81921.1488-0.0209-0.00230.05480.17750.07310.07240.08450.1064-0.05220.10990.0312-0.01990.0971-0.02090.0358-8.53130.458-2.605
49.8829-9.98815.326319.0769-4.031121.1916-0.2674-0.5204-0.49650.92620.88931.7012-0.4319-1.0582-0.62190.07880.05090.10880.08830.09210.2197-20.42448.527-8.203
56.3437-1.89940.359911.5392-2.603814.7093-0.1362-0.18120.42990.71280.15860.0983-0.9052-0.052-0.02240.13910.0101-0.01260.0498-0.04470.067-5.747.8660.601
61.0299-0.10980.48181.74820.03291.7327-0.0010.05090.059-0.21980.06320.0494-0.11170.0875-0.06220.1025-0.0228-0.00260.0537-0.00450.0809-6.59147.257-19.844
78.94191.9377-1.73523.36040.69031.7613-0.01210.2249-0.1211-0.42860.1201-0.08450.02290.1724-0.1080.1478-0.0013-0.0080.1048-0.01530.0281-3.49135.894-26.734
83.0283-1.071.57312.1135-0.45451.35160.00170.0510.0665-0.05730.0614-0.1915-0.00020.2489-0.06320.05640.0109-0.01190.1267-0.03590.05381.21934.62-12.146
92.3156-1.3831.2161.6558-0.78030.76130.05530.1115-0.115-0.16330.01740.05180.09870.1339-0.07270.12230.0141-0.03370.1047-0.00750.0449-9.28217.272-21.17
101.76290.1758-0.07463.9847-1.95843.74880.0272-0.094-0.19810.05890.10830.25220.116-0.1969-0.13550.0923-0.0194-0.05490.05990.04280.1017-21.20814.228-13.87
114.10343.5571-0.45936.6689-1.13251.60760.0842-0.1847-0.08050.341-0.0270.46670.1267-0.1668-0.05720.1108-0.0039-0.00650.05720.01020.1242-20.51423.933-8.992
121.203-1.95110.67515.3039-2.69731.7867-0.0968-0.0983-0.17720.22240.14860.3534-0.0288-0.0016-0.05180.14470.0336-0.00740.0910.01160.1044-11.72616.492-7.155
132.6245-1.06261.91682.6604-0.8852.25540.0278-0.0813-0.1320.1340.10250.11580.1541-0.0273-0.13030.12730.0488-0.00630.0896-0.00390.0524-1.3065.729-4.168
141.5945-0.2555-0.2671.63230.21591.1443-0.10720.00840.11760.14380.0958-0.24650.03880.15710.01140.10280.05-0.06750.1005-0.01630.06657.72115.145-4.331
151.3837-0.1185-0.34243.1541-1.92434.66660.0110.2680.1945-0.18640.021-0.2372-0.14860.1312-0.0320.08210.0102-0.00280.130.02980.0681-0.30323.313-20.983
1610.3054-3.90090.19266.3768-2.35266.25790.19431.73540.0472-0.3332-0.4781-0.30150.12170.68520.28380.12290.02530.0040.4030.01860.02230.94218.858-26.571
1720.3496-9.4319-7.98848.812610.207921.88060.54830.39570.8886-0.5631-0.2041-0.6269-0.90330.8547-0.34420.1203-0.0025-0.00180.12740.05230.0933-37.59248.203-46.609
181.3748-1.45111.08562.5104-1.39351.2676-0.01910.02490.03870.0480.0232-0.0609-0.03090.0088-0.0040.0950.0068-0.03660.0872-0.00230.057-30.50534.854-34.149
191.8959-2.1162-0.05745.3851-0.48680.7937-0.2052-0.1360.06690.60460.1229-0.1099-0.1456-0.04660.08230.17850.0436-0.0530.1071-0.02860.0245-34.78338.71-20.528
201.8007-1.84090.15543.7783-0.49970.6161-0.0941-0.109-0.1780.38960.11770.2483-0.0847-0.0294-0.02360.1270.0115-0.0010.07540.01930.0947-41.62833.541-26.033
2112.9756-0.7674.96653.8732-1.65318.0699-0.3296-0.23610.83540.49470.1353-0.5702-0.62690.09880.19440.14140.0117-0.06640.045-0.03930.1425-35.34148.116-28.624
221.9235-0.70160.00951.4872-0.25890.20810.02390.0739-0.0016-0.03410.00870.28310.0208-0.0146-0.03260.09250.0091-0.04250.05710.00620.1288-51.68647.678-41.018
232.70470.4748-1.43222.4277-1.32134.53490.12280.1925-0.1961-0.3572-0.00440.46980.12660.0764-0.11840.11550.0316-0.14520.053-0.0390.1846-55.21936.722-48.266
244.3448-1.2979-1.0061.91760.1680.26260.04910.2452-0.1897-0.1735-0.06930.22550.011-0.00690.02020.13560.0251-0.05260.1557-0.02270.0767-40.99934.916-42.063
251.7391-0.8608-0.18762.28310.3240.7159-0.04410.0862-0.3576-0.0317-0.04030.61750.0405-0.07970.08440.0354-0.0075-0.03620.0286-0.00610.2988-56.2917.454-36.815
263.0467-4.38910.007515.13480.15541.5564-0.2537-0.2654-0.4611.18110.14260.37710.1414-0.02560.11110.19190.02240.11850.08150.10740.2413-53.53418.31-21.179
271.082-1.0376-0.1473.00070.04770.5317-0.0192-0.067-0.23760.15370.01970.4551-0.00560.0412-0.00050.04980.0035-0.00270.03140.03790.1851-49.5323.848-30.249
2860.1835-2.4624-7.257310.9357-2.737232.0591-1.3331-2.8954-2.02611.07020.74940.15881.39080.55360.58370.28550.13240.03140.24820.27690.5068-39.5446.181-23.794
292.9876-0.00540.11512.26060.26940.0801-0.0103-0.0166-0.38290.09560.0793-0.00290.06280.0053-0.0690.08120.0084-0.0370.0207-0.00480.2119-37.3256.208-36.521
300.99690.43350.48992.7343-0.29471.21970.06830.227-0.2468-0.23290.0527-0.19660.03010.146-0.1210.06340.0345-0.0240.0774-0.04620.1437-31.59115.849-41.719
313.1531-1.53621.53172.7208-1.54482.01110.00370.28490.0316-0.3605-0.13930.25860.02470.07710.13560.10360.0285-0.1230.0715-0.04230.1815-49.80424.568-46.817
3221.0156-7.3431.26638.6517-0.72755.14590.40221.3776-0.3676-0.7325-0.63370.26010.2999-0.07070.23150.18080.0431-0.11660.1632-0.07020.1478-51.46819.803-52.104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A57 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5C4 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6C11 - 49
7X-RAY DIFFRACTION7C50 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8C71 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9K1 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10K32 - 46
11X-RAY DIFFRACTION11K47 - 62
12X-RAY DIFFRACTION12K63 - 89
13X-RAY DIFFRACTION13L4 - 37
14X-RAY DIFFRACTION14L38 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15L83 - 102
16X-RAY DIFFRACTION16L103 - 112
17X-RAY DIFFRACTION17S1 - 4
18X-RAY DIFFRACTION18S5 - 31
19X-RAY DIFFRACTION19S32 - 50
20X-RAY DIFFRACTION20S51 - 89
21X-RAY DIFFRACTION21T4 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22T11 - 49
23X-RAY DIFFRACTION23T50 - 70
24X-RAY DIFFRACTION24T71 - 112
25X-RAY DIFFRACTION25U1 - 43
26X-RAY DIFFRACTION26U44 - 56
27X-RAY DIFFRACTION27U57 - 82
28X-RAY DIFFRACTION28U83 - 87
29X-RAY DIFFRACTION29V4 - 41
30X-RAY DIFFRACTION30V42 - 82
31X-RAY DIFFRACTION31V83 - 103
32X-RAY DIFFRACTION32V104 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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