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万見
- PDB-4gg8: Immune Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gg8
タイトルImmune Receptor
要素
  • T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
  • T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / T-cell receptor, sp3.4 alpha chain / T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Broughton, S.E. / Theodossis, A. / Petersen, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: Biased T cell receptor usage directed against human leukocyte antigen DQ8-restricted gliadin peptides is associated with celiac disease.
著者: Broughton, S.E. / Petersen, J. / Theodossis, A. / Scally, S.W. / Loh, K.L. / Thompson, A. / van Bergen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Henderson, K.N. / Beddoe, T. / Tye-Din, J.A. / Mannering, S.I. ...著者: Broughton, S.E. / Petersen, J. / Theodossis, A. / Scally, S.W. / Loh, K.L. / Thompson, A. / van Bergen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Henderson, K.N. / Beddoe, T. / Tye-Din, J.A. / Mannering, S.I. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Anderson, R.P. / Koning, F. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
B: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
A: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8806
ポリマ－101,1964
非ポリマー6852
水00
1
E: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9403
ポリマ－50,5982
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
2
B: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
A: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9403
ポリマ－50,5982
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.562, 124.562, 61.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21A
12F
22B
13E
23A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112E3 - 202
2112A3 - 202
1122F1 - 244
2122B1 - 244
1134E - C301
2134A - D301

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN


分子量: 23039.484 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 変異: T160C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K7N5N2*PLUS
#2: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN


分子量: 27558.459 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 変異: S172C, C190A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01850*PLUS
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCES OF THESE PROTEINS WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCES OF THESE PROTEINS WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. ACCORDING TO AUTHOR, RESIDUE 176 (T176C) IN ENTITY 1 AND RESIDUES 184 (S184C) AND 202 (C202A) IN ENTITY 2 ARE ENGINEERED MUTATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.8M SODIUM FORMATE, 0.1M TRIS PH 7.5, 5% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956591 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956591 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 15462 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GG6

4gg6


解像度: 3.2→30.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.815 / SU B: 79.502 / SU ML: 0.564 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.732 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1507 10.1 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.265 13354 84.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å2-0.89 Å2-0 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6107 0 46 0 6153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0216315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0491.9388663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5115822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47524.091264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.62915782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9091527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1521.54168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.31126557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.51332147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8954.52106
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1E696tight positional0.010.05
2F976tight positional0.010.05
1E546medium positional0.010.5
2F810medium positional0.020.5
3E23medium positional0.120.5
1E696tight thermal0.020.5
2F976tight thermal0.020.5
1E546medium thermal0.022
2F810medium thermal0.022
3E23medium thermal0.192
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 144 -
Rwork0.275 1019 -
obs--89.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.95160.87621.92557.3375-2.69158.665-0.14990.097-0.19780.24410.2685-0.3963-0.3006-0.1115-0.11850.02960.00370.02220.0913-0.00290.09423.90614.549-8.069
22.08692.98731.37345.08841.19635.13630.30770.155-0.55160.968-0.2474-1.39770.02741.0474-0.06030.5055-0.1238-0.4430.7340.10580.862235.506-12.37.872
33.9501-4.48660.391510.3749-1.92563.17610.5140.4047-0.0691-0.5257-0.4173-0.26640.248-0.0323-0.09670.1912-0.08770.02660.2163-0.07450.064818.6980.282-26.606
42.2876-0.693-0.93783.58832.78629.83640.1530.17960.12020.413-0.0277-0.52190.41490.4749-0.12520.1385-0.0048-0.03470.0793-0.03760.302823.749-19.731-3.764
56.2414-0.9543-0.40364.26183.18727.87960.1286-0.0645-0.36190.0247-0.1089-0.120.0083-0.034-0.01980.0221-0.02490.01180.04660.0130.10437.69722.5633.76
68.0937-0.65943.23860.111-0.54443.3260.22350.8904-1.558-0.0398-0.02370.12520.6617-0.2036-0.19990.7015-0.159-0.00170.5169-0.35640.764455.114-0.909-12.251
74.074-3.9532-0.036410.22430.97153.2439-0.1953-0.0438-0.19660.75830.20460.01240.10130.225-0.00940.0789-0.0442-0.01940.22580.05030.040252.60220.07222.41
82.1501-0.97292.19023.2291-2.64859.90190.30470.2856-0.38810.1426-0.1960.27150.67230.1468-0.10880.11530.0282-0.03430.1327-0.06750.298867.3895.52-0.405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E3 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1E301
3X-RAY DIFFRACTION2E114 - 202
4X-RAY DIFFRACTION3F1 - 117
5X-RAY DIFFRACTION4F118 - 244
6X-RAY DIFFRACTION5A3 - 113
7X-RAY DIFFRACTION5A301
8X-RAY DIFFRACTION6A114 - 202
9X-RAY DIFFRACTION7B1 - 117
10X-RAY DIFFRACTION8B118 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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