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万見
- PDB-4gf4: Low pH structure of Pseudomonas putida OprB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gf4
タイトルLow pH structure of Pseudomonas putida OprB
要素Porin B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel transport outer membrane channel / beta-barrel / carbohydrate transport / bacterial outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / carbohydrate transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-selective porin OprB / Carbohydrate-selective porin OprB / Carbohydrate-selective porin OprB superfamily / Carbohydrate-selective porin, OprB family / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Porin, OprB family / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者van den Berg, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for outer membrane sugar uptake in pseudomonads.
著者: van den Berg, B.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4105
ポリマ－49,1841
非ポリマー1,2264
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.037, 122.592, 135.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Porin B


分子量: 49184.285 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: Pseudomonas putida F1 / 遺伝子: PPUBIRD1_1069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: E4R6F8, UniProt: A5VZA8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4
詳細: 50 mM sodium-citrate, 0.2 M sodium formate, 35-40% PEG 400 , pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 22871 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→19.77 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1157 10.06 %
Rwork0.214 --
obs0.22 22812 99.2 %
all-22812 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 68 0 2398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4663287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.074853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1008-3.1680.42541320.34831160X-RAY DIFFRACTION91
3.168-3.24140.31931370.28881297X-RAY DIFFRACTION100
3.2414-3.32210.35131460.25281322X-RAY DIFFRACTION100
3.3221-3.41150.30351420.24111269X-RAY DIFFRACTION100
3.4115-3.51130.29541410.25161274X-RAY DIFFRACTION99
3.5113-3.6240.30941410.20411282X-RAY DIFFRACTION100
3.624-3.75270.31521430.22311302X-RAY DIFFRACTION100
3.7527-3.90180.25541470.211287X-RAY DIFFRACTION100
3.9018-4.07790.30611460.22131285X-RAY DIFFRACTION100
4.0779-4.29080.26431420.18861292X-RAY DIFFRACTION100
4.2908-4.55660.22511440.1671311X-RAY DIFFRACTION100
4.5566-4.90340.20371480.15891270X-RAY DIFFRACTION100
4.9034-5.38780.22151470.19111296X-RAY DIFFRACTION100
5.3878-6.14680.27041450.211290X-RAY DIFFRACTION100
6.1468-7.66840.29591480.23771305X-RAY DIFFRACTION100
7.6684-19.76560.26011460.23471275X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.5832 Å / Origin y: 27.6539 Å / Origin z: 91.5865 Å
111213212223313233
T0.1166 Å20.0267 Å2-0.0068 Å2-0.1184 Å20.0058 Å2--0.1262 Å2
L1.8909 °20.0169 °20.1314 °2-1.1927 °20.459 °2--0.9245 °2
S0.0205 Å °0.1505 Å °-0.2281 Å °-0.0733 Å °-0.0167 Å °-0.0806 Å °-0.0351 Å °0.0491 Å °0.0023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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