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- PDB-4gf2: Crystal structure of Plasmodium falciparum Erythrocyte Binding An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gf2
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum Erythrocyte Binding Antigen 140 (PfEBA-140/BAEBL)
要素Erythrocyte binding antigen 140
キーワードCELL ADHESION / CELL INVASION / PfEBA-140 / BAEBL / DBL / EBL / Adhesin / Ligand / Receptor / sialic acid binding / glycophorin C
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1660 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte binding antigen 140
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lin, D.H. / Malpede, B.M. / Batchelor, J.D. / Tolia, N.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal and Solution Structures of Plasmodium falciparum Erythrocyte-binding Antigen 140 Reveal Determinants of Receptor Specificity during Erythrocyte Invasion.
著者: Lin, D.H. / Malpede, B.M. / Batchelor, J.D. / Tolia, N.H.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte binding antigen 140
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,83316
ポリマ－73,4521
非ポリマー1,38115
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.420, 76.480, 82.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Erythrocyte binding antigen 140


分子量: 73451.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-755 / 変異: S303A, T469A, S727A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS31
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日
放射モノクロメーター: Unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 31532 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZRO

1zro


解像度: 2.4→19.747 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 1591 5.05 %5% of data
Rwork0.2003 ---
all0.2022 33098 --
obs0.2022 31507 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.747 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4970 0 90 143 5203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6076867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5642010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4002-2.47750.2951320.26492675X-RAY DIFFRACTION99
2.4775-2.56590.32491460.26182713X-RAY DIFFRACTION99
2.5659-2.66840.3071450.24762707X-RAY DIFFRACTION100
2.6684-2.78950.25751460.23172692X-RAY DIFFRACTION99
2.7895-2.93620.2531470.22142722X-RAY DIFFRACTION100
2.9362-3.11950.25841310.21632714X-RAY DIFFRACTION100
3.1195-3.35920.27541400.20942737X-RAY DIFFRACTION100
3.3592-3.69530.2351600.18912707X-RAY DIFFRACTION100
3.6953-4.22540.21941340.17382738X-RAY DIFFRACTION100
4.2254-5.30640.20661470.1812740X-RAY DIFFRACTION99
5.3064-19.74780.21531630.19682771X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.59970.0364-0.06484.8987-0.21845.0219-0.2460.15751.11380.17810.1062-0.5281-0.62360.0276-0.04410.41630.05320.02110.27280.13710.7081-2.96928.732410.5186
25.3504-0.40530.18934.3941-0.21112.9272-0.01250.17390.41220.0036-0.1391-0.8891-0.02680.32410.09430.28160.05460.01510.28490.09230.51522.9757-1.208613.4982
37.3527-1.54334.23511.2414-1.2771.75810.34990.5152-0.3039-0.5652-0.18790.09490.45590.1907-0.21570.59560.01420.03530.51870.0970.3268-19.3029-2.783-8.2698
42.9647-1.56151.05447.3498-2.31023.21820.196-0.1667-0.386-0.38420.01890.63560.2470.0032-0.22350.3162-0.0248-0.03170.3481-0.04010.2989-45.527215.7215-27.7829
54.82730.59861.71715.5024-0.15933.62830.26650.462-0.0583-0.8239-0.0765-0.3320.24440.5551-0.18480.38870.06840.08540.4169-0.01960.2704-37.152119.4006-29.936
66.4458-0.92922.15263.12590.70123.6038-0.02041.1151-0.1596-1.1629-0.13850.7509-0.270.15510.13791.00170.0936-0.18770.60210.03230.6186-55.761127.9103-49.435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 143:193
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 194:312
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 313:422
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 423:500
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 501:606
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 607:740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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