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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gcx | ||||||
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タイトル | tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V, V233G mutant in complex with preQ1 | ||||||
要素 | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / substrate specifity / bacterial TGT / tRNA / preQ1 / guanine exchange enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zymomonas mobilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Schmidt, I. / Tidten-Luksch, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Investigation of Specificity Determinants in Bacterial tRNA-Guanine Transglycosylase Reveals Queuine, the Substrate of Its Eucaryotic Counterpart, as Inhibitor. 著者: Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Immekus, F. / Glinca, S. / Nguyen, T.X. / Gerber, H.D. / Heine, A. / Klebe, G. / Reuter, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gcx.cif.gz | 178.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gcx.ent.gz | 141 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gcx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gcx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2nqzC 2nsoC 3bl3C 3bldC 3bllC 3bloC 4e2vC 4gd0C 4h6eC 4h7zC 4hqvC 4hshC 4hvxC 3gev C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42863.613 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106F, C158V, V233G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pET9d-ZM-Y106F_C158V_V233G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PRF / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THR 312 TO LYS CONFLICT IN UNP ENTRY P28720 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 1mM DTT, 10% DMSO, 12% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→50 Å / Num. all: 76733 / Num. obs: 76733 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 10.23 Å2 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3750 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GEV 3gev 解像度: 1.42→24.732 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R_free / σ(F): 1 / 位相誤差: 14.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.507 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→24.732 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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