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万見
- PDB-4gb9: Potent and Highly Selective Benzimidazole Inhibitors of PI3K-delta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gb9
タイトルPotent and Highly Selective Benzimidazole Inhibitors of PI3K-delta
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードtransferase/transferase inhibitor / kinase p110 gamma-isoform / kinase / lipid kinase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / neutrophil chemotaxis / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of cytokine production / platelet aggregation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / endocytosis / kinase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein serine kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WR / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.438 Å
データ登録者Murray, J.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Potent and highly selective benzimidazole inhibitors of PI3-kinase delta.
著者: Murray, J.M. / Sweeney, Z.K. / Chan, B.K. / Balazs, M. / Bradley, E. / Castanedo, G. / Chabot, C. / Chantry, D. / Flagella, M. / Goldstein, D.M. / Kondru, R. / Lesnick, J. / Li, J. / Lucas, M. ...著者: Murray, J.M. / Sweeney, Z.K. / Chan, B.K. / Balazs, M. / Bradley, E. / Castanedo, G. / Chabot, C. / Chantry, D. / Flagella, M. / Goldstein, D.M. / Kondru, R. / Lesnick, J. / Li, J. / Lucas, M.C. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Price, S. / Salphati, L. / Safina, B. / Savy, P.P. / Seward, E.M. / Ultsch, M. / Sutherlin, D.P.
履歴
登録2012年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2612
ポリマ－110,7271
非ポリマー5341
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.350, 66.020, 102.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PI3Kgamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / ...PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PI3Kgamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110-gamma / p110gamma / Phosphoinositide-3-kinase catalytic gamma polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CG / p120-PI3K


分子量: 110727.102 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0WR / 2-[1-({2-[2-(dimethylamino)-1H-benzimidazol-1-yl]-9-methyl-6-(morpholin-4-yl)-9H-purin-8-yl}methyl)piperidin-4-yl]propan-2-ol


分子量: 533.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N9O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, 0.2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月26日
放射プロトコル: SINGLE / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→60.93 Å / Num. all: 33625 / Num. obs: 33598 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 295 / % possible all: 89.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TL5

3tl5


解像度: 2.438→53.654 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: Random / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 1705 5.07 %
Rwork0.2034 --
obs0.2056 33598 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.9 Å2 / Biso mean: 60.0784 Å2 / Biso min: 19.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.438→53.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6801 0 39 71 6911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7429464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0971059
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6292611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4385-2.51020.35411320.26132469260191
2.5102-2.59120.30391600.24982682284299
2.5912-2.68380.29731330.251727112844100
2.6838-2.79130.29851460.244127072853100
2.7913-2.91830.30671590.246726912850100
2.9183-3.07220.2951390.236527292868100
3.0722-3.26460.25271510.22272693284499
3.2646-3.51660.2791290.20312704283398
3.5166-3.87050.25421330.18492665279897
3.8705-4.43030.20981470.17582585273295
4.4303-5.58080.18591370.1772589272693
5.5808-53.66730.23041390.19182668280794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6887-0.0805-0.73991.67770.17163.50160.06-0.2596-0.33650.1946-0.03970.40930.2461-0.73140.04080.3861-0.0522-0.02360.35390.08390.471313.5358-33.700225.9742
24.36610.89820.41761.6634-0.67853.42550.0522-0.19440.0744-0.0694-0.13210.0161-0.05250.50070.09560.31850.04090.01210.3585-0.05540.248957.1367-23.017711.6934
32.4232-0.2771.65420.5564-0.54551.39430.0643-0.4364-0.23030.0894-0.0027-0.05630.1462-0.0272-0.05370.33170.04660.00380.36260.00530.30543.1998-30.525330.517
43.7989-2.41420.96546.5651-2.25823.8386-0.00080.41290.2229-0.585-0.02950.0673-0.3471-0.22920.01660.3751-0.0069-0.03930.42320.0110.3614.9097-13.49227.1837
53.186-0.97362.15142.881403.75020.001-0.11080.06820.1140.140.1623-0.061-0.2085-0.09890.34280.08170.0370.28970.0120.406419.6191-15.160624.2516
64.4401-1.38830.13182.707-0.64532.892-0.1123-0.26080.43420.36830.2350.1097-0.5417-0.3185-0.12240.40720.07650.00230.3707-0.03410.297720.9904-1.547635.0791
74.4578-2.31321.89715.804-2.81884.309-0.1311-0.07470.68540.1604-0.0538-0.8174-0.49380.42510.15150.4717-0.0625-0.03310.3801-0.0570.430235.5103-0.714836.6884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 143 through 316 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 317 through 514 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 515 through 725 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 726 through 815 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 816 through 884 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 885 through 1038 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1039 through 1091 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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