ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.6.0117精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング HKL-3000位相決定 MLPHARE位相決定 直接法位相決定 SHELXDE位相決定 ARP/wARPモデル構築 RESOLVE位相決定 Cootモデル構築
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.967 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.954 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.3 / SU B : 6.693 / SU ML : 0.102 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.144 / ESU R Free : 0.136 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2236 1237 5.1 % RANDOM Rwork 0.1854 - - - all 0.1872 24327 - - obs 0.1872 24327 99.04 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 95.89 Å2 / Biso mean : 43.048 Å2 / Biso min : 24.47 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.82 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.82 Å2 0 Å2 3- - - 1.64 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→50 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2008 0 13 205 2226
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.02 2105 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.674 1.94 2866 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.112 5 257 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg30.506 23.431 102 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.918 15 350 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg16.114 15 18 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.105 0.2 318 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.021 1618
LS精密化 シェル 解像度 : 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.339 82 - Rwork 0.319 1409 - all - 1491 - obs - 14327 93.13 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 15) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.2124 0.3118 -0.512 0.5834 -0.4832 2.7867 0.089 0.0027 0.0401 0.1474 -0.0323 0.0155 -0.1723 0.1324 -0.0568 0.0445 0.0074 0.001 0.0729 0.0199 0.0718 15.9602 9.4064 71.7498 2 0.5443 -0.0532 -0.066 0.1647 -0.1021 0.1551 0.042 0.0545 0.0653 0.0217 -0.0446 -0.0035 0.04 0.0143 0.0026 0.065 -0.0007 0.0026 0.0602 0.0074 0.0728 9.1106 11.0915 64.4679 3 1.2135 -0.2507 0.0268 0.6312 -0.5222 0.467 0.0154 0.1495 0.0014 -0.0244 -0.0172 0.0052 0.0322 -0.0107 0.0018 0.0567 0.0213 -0.02 0.0704 -0.0284 0.0451 5.7726 5.3732 57.645 4 0.4076 -0.3389 -0.187 0.4121 -0.1607 0.886 0.0039 0.0592 0.0074 -0.028 -0.0585 -0.0466 0.0694 0.0116 0.0546 0.0324 -0.0092 -0.0095 0.0689 -0.0046 0.0641 16.6033 4.8393 63.1397 5 2.4643 0.321 1.4209 0.1987 -1.0679 10.8633 -0.212 -0.0357 0.3014 -0.0492 -0.0631 0.0256 0.038 0.3933 0.2751 0.0315 0.0185 -0.0137 0.0748 -0.0086 0.0798 25.6213 5.376 69.654 6 0.4511 -0.1215 -0.2821 0.7042 0.2864 0.2465 0.0221 0.0513 -0.0103 -0.0091 -0.0386 0.0205 0.0022 -0.0254 0.0165 0.0743 0.0469 -0.0006 0.0792 -0.0015 0.0525 15.2512 2.5147 60.9852 7 9.9365 2.3227 4.2519 7.4935 -1.6465 2.8226 0.5057 -0.3424 -0.8648 -0.3603 0.174 0.6023 0.4017 -0.2415 -0.6797 0.0838 0.0118 -0.1035 0.1116 0.0527 0.1689 -7.557 9.202 50.3893 8 3.8736 0.1719 -0.7795 0.2799 -0.0639 0.1627 0.0428 0.4826 0.0337 -0.152 -0.0468 -0.0623 0.0004 -0.0758 0.004 0.1077 0.0053 0.0238 0.1492 0.0439 0.0232 10.289 12.6582 48.6222 9 3.6171 3.4004 1.374 5.9378 1.5816 0.7228 0.0105 0.2555 -0.2002 -0.1505 -0.0435 -0.047 0.1625 0.1354 0.0331 0.1918 0.0902 0.0837 0.0818 -0.0018 0.0852 15.6759 -3.0461 53.5568 10 1.4458 -0.6869 -0.3077 2.509 -0.2036 0.7459 0.0382 0.1933 -0.2845 -0.1218 0.0246 0.1992 0.1438 -0.3816 -0.0629 0.0441 -0.0757 -0.014 0.2014 0.0097 0.1292 -2.2614 -11.4234 65.2607 11 0.7583 -0.8487 -0.0078 3.9124 -0.836 0.2429 0.0101 0.0346 -0.0751 -0.0352 -0.0101 0.0691 0.0115 -0.0196 0 0.0542 -0.0203 -0.025 0.0685 0.0106 0.0453 -0.2419 0.9197 69.9103 12 0.1331 0.3845 0.2352 1.1388 0.5527 1.3126 -0.0137 0.0138 -0.0468 -0.0579 0.0389 -0.1125 0.1258 -0.0036 -0.0252 0.0534 0.0123 0.001 0.0156 -0.0127 0.1193 9.556 -10.6777 69.372 13 0.6704 -1.1673 -2.6334 8.6462 -1.6907 16.3077 0.1195 0.021 -0.0095 -0.2794 0.1972 0.3986 -0.3431 -0.3163 -0.3167 0.0531 -0.0338 -0.0091 0.0489 -0.0006 0.0757 -10.1349 2.1414 66.7911 14 1.9643 -0.2412 -0.4934 1.8145 -0.2274 0.1848 -0.126 0.1822 -0.2354 0.0308 0.0724 0.0857 0.0765 -0.0736 0.0536 0.1677 -0.0473 -0.0071 0.0376 -0.0408 0.1299 0.8388 -13.5054 66.1678 15 5.2178 0.0886 1.1598 0.1784 0.1166 1.1265 -0.2055 0.1549 -0.0628 -0.0327 -0.0417 0.0058 0.2247 -0.0699 0.2471 0.1552 -0.0206 0.038 0.0246 -0.0367 0.1508 4.0821 -10.415 63.8874
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A-2 - 21 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A22 - 50 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A51 - 64 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A65 - 93 5 X-RAY DIFFRACTION 5 A94 - 99 6 X-RAY DIFFRACTION 6 A100 - 112 7 X-RAY DIFFRACTION 7 A113 - 118 8 X-RAY DIFFRACTION 8 A119 - 136 9 X-RAY DIFFRACTION 9 A137 - 146 10 X-RAY DIFFRACTION 10 A147 - 165 11 X-RAY DIFFRACTION 11 A166 - 187 12 X-RAY DIFFRACTION 12 A188 - 206 13 X-RAY DIFFRACTION 13 A207 - 211 14 X-RAY DIFFRACTION 14 A212 - 233 15 X-RAY DIFFRACTION 15 A234 - 247