PDB-4gak: Crystal structure of acyl-ACP thioesterase from Spirosoma linguale

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gak

タイトル

Crystal structure of acyl-ACP thioesterase from Spirosoma linguale

要素

Acyl-ACP thioesterase

キーワード

HYDROLASE / MCSG / PSI-BIOLOGY / STRUCTURAL GENOMICS / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

thiolester hydrolase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Spirosoma linguale (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of acyl-ACP thioesterase from Spirosoma linguale
著者: Chang, C. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gak.cif.gz	116.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gak.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/4gak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/4gak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nbr-2 1j0b-8 1tvh-2 6m7f-1 1g0n-d 1jht-d 5vuf-d 5ji0-d 5e00-d 4wv3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC103790

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-ACP thioesterase

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-ACP thioesterase

ヘテロ分子

A: Acyl-ACP thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.657, 61.657, 155.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Acyl-ACP thioesterase 分子量: 28969.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spirosoma linguale (バクテリア) / 株: ATCC 33905 / DSM 74 / LMG 10896 / 遺伝子: Slin_6353 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D2QU30
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 24520 / Num. obs: 24494 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 42.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 614 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.693 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.136
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2236	1237	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1854	-	-	-
all	0.1872	24327	-	-
obs	0.1872	24327	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.89 Å² / B_iso mean: 43.048 Å² / B_iso min: 24.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2008	0	13	205	2226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.674	1.94	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.112	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.506	23.431	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.918	15	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.114	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1618

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	82	-
R_work	0.319	1409	-
all	-	1491	-
obs	-	14327	93.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2124	0.3118	-0.512	0.5834	-0.4832	2.7867	0.089	0.0027	0.0401	0.1474	-0.0323	0.0155	-0.1723	0.1324	-0.0568	0.0445	0.0074	0.001	0.0729	0.0199	0.0718	15.9602	9.4064	71.7498
2	0.5443	-0.0532	-0.066	0.1647	-0.1021	0.1551	0.042	0.0545	0.0653	0.0217	-0.0446	-0.0035	0.04	0.0143	0.0026	0.065	-0.0007	0.0026	0.0602	0.0074	0.0728	9.1106	11.0915	64.4679
3	1.2135	-0.2507	0.0268	0.6312	-0.5222	0.467	0.0154	0.1495	0.0014	-0.0244	-0.0172	0.0052	0.0322	-0.0107	0.0018	0.0567	0.0213	-0.02	0.0704	-0.0284	0.0451	5.7726	5.3732	57.645
4	0.4076	-0.3389	-0.187	0.4121	-0.1607	0.886	0.0039	0.0592	0.0074	-0.028	-0.0585	-0.0466	0.0694	0.0116	0.0546	0.0324	-0.0092	-0.0095	0.0689	-0.0046	0.0641	16.6033	4.8393	63.1397
5	2.4643	0.321	1.4209	0.1987	-1.0679	10.8633	-0.212	-0.0357	0.3014	-0.0492	-0.0631	0.0256	0.038	0.3933	0.2751	0.0315	0.0185	-0.0137	0.0748	-0.0086	0.0798	25.6213	5.376	69.654
6	0.4511	-0.1215	-0.2821	0.7042	0.2864	0.2465	0.0221	0.0513	-0.0103	-0.0091	-0.0386	0.0205	0.0022	-0.0254	0.0165	0.0743	0.0469	-0.0006	0.0792	-0.0015	0.0525	15.2512	2.5147	60.9852
7	9.9365	2.3227	4.2519	7.4935	-1.6465	2.8226	0.5057	-0.3424	-0.8648	-0.3603	0.174	0.6023	0.4017	-0.2415	-0.6797	0.0838	0.0118	-0.1035	0.1116	0.0527	0.1689	-7.557	9.202	50.3893
8	3.8736	0.1719	-0.7795	0.2799	-0.0639	0.1627	0.0428	0.4826	0.0337	-0.152	-0.0468	-0.0623	0.0004	-0.0758	0.004	0.1077	0.0053	0.0238	0.1492	0.0439	0.0232	10.289	12.6582	48.6222
9	3.6171	3.4004	1.374	5.9378	1.5816	0.7228	0.0105	0.2555	-0.2002	-0.1505	-0.0435	-0.047	0.1625	0.1354	0.0331	0.1918	0.0902	0.0837	0.0818	-0.0018	0.0852	15.6759	-3.0461	53.5568
10	1.4458	-0.6869	-0.3077	2.509	-0.2036	0.7459	0.0382	0.1933	-0.2845	-0.1218	0.0246	0.1992	0.1438	-0.3816	-0.0629	0.0441	-0.0757	-0.014	0.2014	0.0097	0.1292	-2.2614	-11.4234	65.2607
11	0.7583	-0.8487	-0.0078	3.9124	-0.836	0.2429	0.0101	0.0346	-0.0751	-0.0352	-0.0101	0.0691	0.0115	-0.0196	0	0.0542	-0.0203	-0.025	0.0685	0.0106	0.0453	-0.2419	0.9197	69.9103
12	0.1331	0.3845	0.2352	1.1388	0.5527	1.3126	-0.0137	0.0138	-0.0468	-0.0579	0.0389	-0.1125	0.1258	-0.0036	-0.0252	0.0534	0.0123	0.001	0.0156	-0.0127	0.1193	9.556	-10.6777	69.372
13	0.6704	-1.1673	-2.6334	8.6462	-1.6907	16.3077	0.1195	0.021	-0.0095	-0.2794	0.1972	0.3986	-0.3431	-0.3163	-0.3167	0.0531	-0.0338	-0.0091	0.0489	-0.0006	0.0757	-10.1349	2.1414	66.7911
14	1.9643	-0.2412	-0.4934	1.8145	-0.2274	0.1848	-0.126	0.1822	-0.2354	0.0308	0.0724	0.0857	0.0765	-0.0736	0.0536	0.1677	-0.0473	-0.0071	0.0376	-0.0408	0.1299	0.8388	-13.5054	66.1678
15	5.2178	0.0886	1.1598	0.1784	0.1166	1.1265	-0.2055	0.1549	-0.0628	-0.0327	-0.0417	0.0058	0.2247	-0.0699	0.2471	0.1552	-0.0206	0.038	0.0246	-0.0367	0.1508	4.0821	-10.415	63.8874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	65 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	100 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	113 - 118
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	119 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	137 - 146
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	147 - 165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	166 - 187
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	188 - 206
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	207 - 211
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	212 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	234 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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