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万見
- PDB-4wv3: Crystal structure of the anthranilate CoA ligase AuaEII in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wv3
タイトルCrystal structure of the anthranilate CoA ligase AuaEII in complex with anthranoyl-AMP
要素Anthranilate-CoA ligase
キーワードligase/ligase inhibitor / anthranilate / coA ligase / aurachin / natural product biosynthesis / ligase-ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-thiol ligase activity / CoA-ligase activity / secondary metabolite biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Benzoate-CoA ligase family / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...Benzoate-CoA ligase family / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UK / Anthranilate-CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Tsai, S.C. / Muller, R. / Jackson, D.R. / Tu, S.S. / Nguyen, M. / Barajas, J.F. / Pistorious, D. / Krug, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM100305-03 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Anthranilate Priming during Type II Polyketide Biosynthesis.
著者: Jackson, D.R. / Tu, S.S. / Nguyen, M. / Barajas, J.F. / Schaub, A.J. / Krug, D. / Pistorius, D. / Luo, R. / Muller, R. / Tsai, S.C.
履歴
登録2014年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate-CoA ligase
B: Anthranilate-CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2844
ポリマ－117,3522
非ポリマー9332
水8,791488
1
A: Anthranilate-CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1422
ポリマ－58,6761
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anthranilate-CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1422
ポリマ－58,6761
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.054, 132.219, 160.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Anthranilate-CoA ligase


分子量: 58675.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
遺伝子: auaEII / プラスミド: pET-29b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F3Y661
#2: 化合物 ChemComp-3UK / 5'-O-[(S)-[(2-aminobenzoyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 466.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N6O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.1 M magensium acetate, 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.599→46.812 Å / Num. obs: 33599 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EAT

4eat


解像度: 2.599→46.812 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 1956 5.97 %
Rwork0.1742 --
obs0.1771 32766 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→46.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8062 0 64 488 8614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66611361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4783029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5989-2.66380.2671300.20312059X-RAY DIFFRACTION92
2.6638-2.73590.29091290.2032071X-RAY DIFFRACTION95
2.7359-2.81640.26011390.20292148X-RAY DIFFRACTION95
2.8164-2.90720.27511370.20652106X-RAY DIFFRACTION96
2.9072-3.01110.27581410.20772174X-RAY DIFFRACTION97
3.0111-3.13170.251370.20512176X-RAY DIFFRACTION97
3.1317-3.27420.26281380.19322165X-RAY DIFFRACTION98
3.2742-3.44670.25581370.17942194X-RAY DIFFRACTION98
3.4467-3.66260.21931420.16632226X-RAY DIFFRACTION99
3.6626-3.94530.19781400.15482243X-RAY DIFFRACTION99
3.9453-4.3420.17471430.1422245X-RAY DIFFRACTION99
4.342-4.96970.18311460.14322288X-RAY DIFFRACTION99
4.9697-6.2590.21871440.17612306X-RAY DIFFRACTION99
6.259-46.81940.18741530.16862409X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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