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万見
- PDB-4gaf: Crystal structure of EBI-005, a chimera of human IL-1beta and IL-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gaf
タイトルCrystal structure of EBI-005, a chimera of human IL-1beta and IL-1Ra, bound to human Interleukin-1 receptor type 1
要素
  • EBI-005
  • Interleukin-1 receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / IL-1beta / IL-1Ra / IL-1R1 / IL-1 signaling / Beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / positive regulation of neutrophil extravasation / interleukin-1 receptor activity / interleukin-1 binding / smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation ...positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / positive regulation of neutrophil extravasation / interleukin-1 receptor activity / interleukin-1 binding / smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cell adhesion molecule production / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / cellular response to interleukin-17 / sequestering of triglyceride / positive regulation of RNA biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of neuroinflammatory response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / regulation of defense response to virus by host / fever generation / NAD+ nucleosidase activity / positive regulation of fever generation / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of establishment of endothelial barrier / neutrophil activation / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / platelet-derived growth factor receptor binding / Interleukin-1 processing / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / response to ATP / : / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / negative regulation of lipid catabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / JNK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / embryo implantation / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / neutrophil chemotaxis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of MAP kinase activity / secretory granule / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of MAP kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of neurogenesis / Interleukin-1 signaling / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / integrin binding / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues ...Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / TIR domain / Cytokine IL1/FGF / Toll - interleukin 1 - resistance / Immunoglobulin domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta / Interleukin-1 receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hou, J. / Townson, S.A. / Kovalchin, J.T. / Masci, A. / Kiner, O. / Shu, Y. / King, B. / Thomas, C. / Garcia, K.C. / Furfine, E.S. / Barnes, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Design of a superior cytokine antagonist for topical ophthalmic use.
著者: Hou, J. / Townson, S.A. / Kovalchin, J.T. / Masci, A. / Kiner, O. / Shu, Y. / King, B.M. / Schirmer, E. / Golden, K. / Thomas, C. / Garcia, K.C. / Zarbis-Papastoitsis, G. / Furfine, E.S. / Barnes, T.M.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EBI-005
B: Interleukin-1 receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3697
ポリマ－54,4612
非ポリマー9085
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.350, 149.270, 126.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 EBI-005


分子量: 17719.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584*PLUS
#2: タンパク質 Interleukin-1 receptor type 1 / IL-1R-1 / IL-1RT-1 / IL-1RT1 / CD121 antigen-like family member A / Interleukin-1 receptor alpha / ...IL-1R-1 / IL-1RT-1 / IL-1RT1 / CD121 antigen-like family member A / Interleukin-1 receptor alpha / IL-1R-alpha / Interleukin-1 receptor type I / p80 / Interleukin-1 receptor type 1 / membrane form / mIL-1R1 / mIL-1RI / Interleukin-1 receptor type 1 / soluble form / sIL-1R1 / sIL-1RI


分子量: 36741.734 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 18-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1R1, IL1R, IL1RA, IL1RT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14778
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 100 mM Tris, 200 mM lithium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9755 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 175866 / Num. obs: 31476 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.235.60.5631021.0641100
2.23-2.325.60.42731091.0931100
2.32-2.425.60.31231111.0631100
2.42-2.555.60.2231141.0081100
2.55-2.715.60.14931091.0211100
2.71-2.925.60.11131371.0821100
2.92-3.215.60.0831461.0591100
3.21-3.685.60.04931701.0181100
3.68-4.635.50.06131751.081199.9
4.63-505.40.03533031.073198.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→41.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.35 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2712 1585 5.1 %RANDOM
Rwork0.2155 29798 --
obs0.2183 31383 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.2 Å2 / Biso mean: 53.367 Å2 / Biso min: 11.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 57 209 3982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9831.9765304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4795465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35825.161186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99315688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5571516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2321.52314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20923779
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32431590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3564.51521
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 126 -
Rwork0.303 2148 -
all-2274 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58231.2555-0.48964.1355-1.04043.49760.2051-0.1420.13520.1936-0.1081-0.0933-0.16460.1422-0.09710.1166-0.10070.01930.1142-0.0070.04740.502-33.23111.507
20.3040.95410.03553.67450.00080.0348-0.06850.08390.0208-0.27490.0696-0.0530.00460.0567-0.00110.1543-0.0812-0.00340.22380.0380.0691-5.851-39.8716.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION1A22 - 53
3X-RAY DIFFRACTION1A54 - 116
4X-RAY DIFFRACTION1A117 - 152
5X-RAY DIFFRACTION2B4 - 69
6X-RAY DIFFRACTION2B70 - 166
7X-RAY DIFFRACTION2B167 - 204
8X-RAY DIFFRACTION2B205 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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