ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | REFMAC | 5.2.0019精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | DNA | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.092 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2699 | 1264 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2155 | - | - | - |
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all | 0.2183 | 27931 | - | - |
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obs | 0.2183 | 24817 | 99.02 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 87.56 Å2 / Biso mean: 39.281 Å2 / Biso min: 20.15 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.12 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.38 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→40 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2062 | 0 | 46 | 167 | 2275 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.007 | 0.022 | 2155 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.131 | 1.975 | 2922 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.234 | 5 | 266 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg38.077 | 25.577 | 104 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg15.358 | 15 | 344 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg8.546 | 15 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.072 | 0.2 | 330 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.003 | 0.02 | 1636 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.196 | 0.2 | 827 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.302 | 0.2 | 1442 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.148 | 0.2 | 161 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.236 | 0.2 | 47 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.171 | 0.2 | 18 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it2.718 | 3 | 1365 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it3.819 | 5 | 2134 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it5.472 | 7 | 867 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it7.696 | 10 | 788 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1031 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION タイプ | Rms dev position (Å) | Weight position |
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MEDIUM POSITIONAL0.28 | 0.5 | MEDIUM THERMAL0.42 | 2 | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.302 | 98 | - |
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Rwork | 0.282 | 1726 | - |
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all | - | 1824 | - |
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obs | - | - | 99.89 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.0335 | -0.0446 | -1.4287 | 1.2423 | -0.0563 | 7.4184 | -0.1319 | 0.1516 | -0.1255 | 0.0467 | -0.3887 | -0.1338 | 0.4534 | -0.3504 | 0.5205 | -0.2014 | 0.0424 | 0.036 | -0.1881 | -0.0377 | -0.1275 | -18.8657 | 13.4984 | -14.003 | 2 | 1.1804 | 0.0589 | -0.0882 | 0.9105 | -1.4184 | 7.33 | -0.3813 | 0.0263 | -0.1225 | 0.1351 | -0.1299 | -0.1239 | -0.3322 | 0.4557 | 0.5113 | -0.1963 | 0.0384 | -0.0364 | -0.1921 | 0.0399 | -0.1253 | -13.4955 | 18.8536 | 14.013 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A2 - 135 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B2 - 135 | | |
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