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- PDB-4g9s: Crystal structure of Escherichia coli PliG in complex with Atlant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9s
タイトルCrystal structure of Escherichia coli PliG in complex with Atlantic salmon g-type lysozyme
要素
  • Goose-type lysozyme
  • Inhibitor of g-type lysozyme
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase inhibitor / lysozyme / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme inhibitor activity / peptidoglycan catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / periplasmic space / defense response to bacterium / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 23 / Jelly Rolls - #380 / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Jelly Rolls ...Glycoside hydrolase, family 23 / Jelly Rolls - #380 / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Lysozyme g / Inhibitor of g-type lysozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Salmo salar (タイセイヨウサケ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Leysen, S. / Vanderkelen, L. / Weeks, S.D. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of bacterial defense against g-type lysozyme-based innate immunity.
著者: Leysen, S. / Vanderkelen, L. / Weeks, S.D. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Goose-type lysozyme
B: Inhibitor of g-type lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8584
ポリマ－33,6342
非ポリマー2252
水9,746541
1
A: Goose-type lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1302
ポリマ－21,0951
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inhibitor of g-type lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7282
ポリマ－12,5391
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.182, 132.182, 42.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Goose-type lysozyme / Lysozyme g


分子量: 21094.729 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-200 / 変異: A133V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmo salar (タイセイヨウサケ)
遺伝子: lysG, LYG / プラスミド: pQE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6PZ97
#2: タンパク質 Inhibitor of g-type lysozyme


分子量: 12538.815 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pliG, ycgK / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76002
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8M tri-ammonium citrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.8, 1.8233
SOLEIL PROXIMA 12
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.81
21.82331
反射解像度: 0.95→43.43 Å / Num. obs: 265542 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 0.95→1 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 36278 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MGW AND 4DY3

3mgw

4dy3


解像度: 0.95→43.267 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1363 2635 1 %RANDOM
Rwork0.1293 ---
all0.1294 263862 --
obs0.1294 263907 98.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→43.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 0 14 541 2928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1493563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2111031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.95-0.96660.39681180.353910942X-RAY DIFFRACTION78
0.9666-0.98520.33191340.33612989X-RAY DIFFRACTION93
0.9852-1.00530.30091490.305213597X-RAY DIFFRACTION98
1.0053-1.02720.33891480.277613742X-RAY DIFFRACTION98
1.0272-1.05110.26791680.246913778X-RAY DIFFRACTION99
1.0511-1.07740.2331470.206213856X-RAY DIFFRACTION99
1.0774-1.10650.1791420.171913821X-RAY DIFFRACTION99
1.1065-1.13910.14841470.14713939X-RAY DIFFRACTION99
1.1391-1.17590.12671500.130113905X-RAY DIFFRACTION100
1.1759-1.21790.12781350.124113898X-RAY DIFFRACTION100
1.2179-1.26670.11861510.114413971X-RAY DIFFRACTION100
1.2667-1.32430.12521550.103913990X-RAY DIFFRACTION100
1.3243-1.39410.10721320.095314011X-RAY DIFFRACTION100
1.3941-1.48150.09741170.088814057X-RAY DIFFRACTION100
1.4815-1.59590.09421230.085414026X-RAY DIFFRACTION100
1.5959-1.75650.09871400.091114029X-RAY DIFFRACTION100
1.7565-2.01060.09861280.094214100X-RAY DIFFRACTION100
2.0106-2.53320.10821270.108814199X-RAY DIFFRACTION100
2.5332-43.31170.14121240.143214377X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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