[日本語] English
万見
- PDB-4g85: Crystal structure of human HisRS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g85
タイトルCrystal structure of human HisRS
要素Histidine-tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS ...Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Wei, Z. / Wu, J. / Zhou, J.J. / Yang, X.-L. / Zhang, M. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Internally Deleted Human tRNA Synthetase Suggests Evolutionary Pressure for Repurposing.
著者: Xu, Z. / Wei, Z. / Zhou, J.J. / Ye, F. / Lo, W.S. / Wang, F. / Lau, C.F. / Wu, J. / Nangle, L.A. / Chiang, K.P. / Yang, X.L. / Zhang, M. / Schimmel, P.
履歴
登録2012年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine-tRNA ligase, cytoplasmic
B: Histidine-tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8592
ポリマ－116,8592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area36860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.449, 100.449, 257.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 9999
2115B1 - 9999

-
要素

#1: タンパク質 Histidine-tRNA ligase, cytoplasmic / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS


分子量: 58429.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS, HRS / プラスミド: PET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium citrate 20% PEGMME 2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 24210 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.155.60.69611910.821199.9
3.15-3.215.60.55212030.824199.8
3.21-3.275.60.49111680.827199.9
3.27-3.345.70.41212020.897199.8
3.34-3.415.60.32211970.938199.9
3.41-3.495.60.27112011.016199.8
3.49-3.585.60.23312101.014199.8
3.58-3.685.60.20611911.059199.8
3.68-3.785.60.16412031.102199.8
3.78-3.915.60.12911991.194199.6
3.91-4.045.60.10612111.172199.6
4.04-4.215.50.09311971.169199.2
4.21-4.45.40.08312001.158199.1
4.4-4.635.40.0712091.119198.9
4.63-4.925.40.06612221.024198.9
4.92-5.35.40.06712311.136199.2
5.3-5.835.40.0612340.964199.2
5.83-6.675.40.04512560.893199.1
6.67-8.45.30.03112610.903198.4
8.4-504.80.02512241.031187.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HRI

3hri


解像度: 3.11→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 64.217 / SU ML: 0.502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.557 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3273 1213 5.1 %RANDOM
Rwork0.2711 ---
obs0.2738 23872 97.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.02 Å2 / Biso mean: 107.392 Å2 / Biso min: 46.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.46 Å20 Å2
3----6.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6432 0 0 0 6432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9868823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2415841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.50824.207271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.786151090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0251543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.54212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66926686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15532306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0534.52137
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1695MEDIUM POSITIONAL0.270.5
1461LOOSE POSITIONAL0.395
1695MEDIUM THERMAL0.362
1461LOOSE THERMAL0.5410
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.188 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 76 -
Rwork0.344 1540 -
all-1616 -
obs--91.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2965-1.1121-0.38352.80861.05641.336-0.2249-0.0114-0.0220.19790.04880.24180.0998-0.31870.17610.3755-0.0178-0.11030.2970.11830.1864-34.55751.21316.239
23.0360.78180.40735.5283-2.13828.6907-0.32010.3358-0.2564-0.1502-0.0326-0.9907-0.1431.27650.35270.336-0.12720.00260.40950.20160.4234-1.47139.153-19.226
32.8122-0.9158-0.93512.29210.66344.686-0.15890.0931-1.0364-0.0226-0.02630.09781.5945-0.20050.18520.9388-0.0979-0.05250.17710.13010.5736-18.4718.039-4.825
48.6847-2.26531.79445.6494-1.7669.2209-0.2606-0.47290.81060.40670.1202-0.6231-0.48891.07060.14040.3918-0.016-0.20960.32550.01810.2442-6.15453.21628.596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A51 - 408
2X-RAY DIFFRACTION2A409 - 503
3X-RAY DIFFRACTION3B54 - 408
4X-RAY DIFFRACTION4B409 - 503

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る