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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g79 | ||||||
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タイトル | Structure a C. elegans SAS-6 variant | ||||||
要素 | Spindle assembly abnormal protein 6 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / beta-sandwich / alpha-beta protein / cytoplasmic (細胞質) / centriolar / centriole (中心小体) / central tube | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 centriole assembly / centriole replication / centrosome duplication / 中心小体 / protein localization / regulation of cell cycle / protein domain specific binding / 中心体 / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Erat, M.C. / Vakonakis, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Caenorhabditis elegans centriolar protein SAS-6 forms a spiral that is consistent with imparting a ninefold symmetry. 著者: Hilbert, M. / Erat, M.C. / Hachet, V. / Guichard, P. / Blank, I.D. / Fluckiger, I. / Slater, L. / Lowe, E.D. / Hatzopoulos, G.N. / Steinmetz, M.O. / Gonczy, P. / Vakonakis, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g79.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g79.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/4g79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/4g79 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16370.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sas-6, Y45F10D.9 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O62479 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5, 2.0 M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: single bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9163 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→29.15 Å / Num. all: 18784 / Num. obs: 18784 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 32.05 Å2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→26.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9467 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9468 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.03 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.286 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.8468 Å / Origin y: -2.7927 Å / Origin z: -23.3915 Å
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精密化 TLSグループ |
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