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万見
- PDB-4g76: Structure of PaeM, a colicin M-like bacteriocin produced by Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g76
タイトルStructure of PaeM, a colicin M-like bacteriocin produced by Pseudomonas aeruginosa
要素Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / Colicin-M like / Phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #280 / Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / de novo design (two linked rop proteins) / Beta-Lactamase / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.385 Å
データ登録者Touze, T. / Graille, M. / Mengin-Lecreulx, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Functional and Structural Characterization of PaeM, a Colicin M-like Bacteriocin Produced by Pseudomonas aeruginosa.
著者: Barreteau, H. / Tiouajni, M. / Graille, M. / Josseaume, N. / Bouhss, A. / Patin, D. / Blanot, D. / Fourgeaud, M. / Mainardi, J.L. / Arthur, M. / van Tilbeurgh, H. / Mengin-Lecreulx, D. / Touze, T.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年11月7日Group: Structure summary
改定 1.32012年11月14日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4531
ポリマ－33,4531
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.812, 72.400, 99.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphodiesterase


分子量: 33453.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: EXA13, PaeM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1W548
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Hepes pH7.5; 2M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 23863 / Num. obs: 22837 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.38→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G75

4g75


解像度: 2.385→36.851 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 1135 4.97 %Random
Rwork0.1701 ---
all0.1737 23863 --
obs0.1737 22834 95.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.389 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1374 Å20 Å2-0 Å2
2--10.2724 Å20 Å2
3----2.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.385→36.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2289 0 0 112 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8983242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.894831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3845-2.4930.3261190.2032262X-RAY DIFFRACTION81
2.493-2.62440.26641420.17342733X-RAY DIFFRACTION96
2.6244-2.78880.26791410.17572771X-RAY DIFFRACTION97
2.7888-3.0040.25481490.18882812X-RAY DIFFRACTION99
3.004-3.30620.26871490.16992805X-RAY DIFFRACTION99
3.3062-3.78420.21921440.1572768X-RAY DIFFRACTION99
3.7842-4.7660.2231430.14122787X-RAY DIFFRACTION98
4.766-36.85560.20331480.17582761X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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