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Yorodumi- PDB-4g65: Potassium transporter peripheral membrane component (trkA) from V... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g65 | ||||||
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Title | Potassium transporter peripheral membrane component (trkA) from Vibrio vulnificus | ||||||
Components | Trk system potassium uptake protein trkA | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Potassium transporter peripheral membrane component (trkA) from Vibrio vulnificus. Authors: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g65.cif.gz | 364.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g65.ent.gz | 312.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g65.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g65 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50945.219 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Strain: CMCP6 / Gene: VV1_1045 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-Magic / References: UniProt: Q8DDE6, UniProt: A0A3Q0L308*PLUS #2: Chemical | ChemComp-PG4 / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1.3M NH4Tartr 0.1M Hepes, 0.3M NDSB211, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2012 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 63411 / Num. obs: 63411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 20.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3149 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.09→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.898 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.781 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.252 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→29.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.093→2.148 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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