PDB-4g65: Potassium transporter peripheral membrane component (trkA) from V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g65

タイトル

Potassium transporter peripheral membrane component (trkA) from Vibrio vulnificus

要素

Trk system potassium uptake protein trkA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium ion transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Potassium transporter peripheral membrane component (trkA) from Vibrio vulnificus.
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g65.cif.gz	369.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g65.ent.gz	304.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g65_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g65_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	4g65_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	4g65_validation.cif.gz	59.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j9v-d 2o2l-d 7byy-d 3gol-d 1h93-1 1e77-1 2bhl-d 1h9b-1 3cso-d 2otu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91398

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Trk system potassium uptake protein trkA

B: Trk system potassium uptake protein trkA

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.112, 225.256, 139.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Trk system potassium uptake protein trkA 分子量: 50945.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV1_1045 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q8DDE6, UniProt: A0A3Q0L308*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.3M NH4Tartr 0.1M Hepes, 0.3M NDSB211, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月30日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 63411 / Num. obs: 63411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3149 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.09→29.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.898 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22781	3155	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1786	-	-	-
obs	0.18108	58939	97.52 %	-
all	-	58939	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.781 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.252 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7040	0	31	426	7497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	7239
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.978	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.808	3	16318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.95	5	934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.831	24.578	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.182	15	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.614	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.093→2.148 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	187	-
R_work	0.186	3269	-
obs	-	-	73.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1812	-0.2537	0.0485	1.5868	-0.0648	0.459	-0.0225	0.1036	0.0112	-0.0748	-0.006	-0.1489	0.0104	0.0913	0.0285	0.0281	-0.0251	0.0263	0.1282	-0.0053	0.1191	17.2622	106.9065	54.4405
2	8.8638	5.2708	3.8826	4.0371	1.3599	4.5364	-0.4879	0.2305	0.8632	0.4043	0.2262	0.2319	-1.139	-0.2162	0.2617	0.6501	0.0554	-0.0882	0.1462	0.0691	0.5566	15.8093	145.9973	51.6975
3	2.2963	0.3002	0.3455	0.6693	0.0692	1.3057	-0.0769	0.1756	0.084	-0.0414	0.0663	0.0344	-0.155	-0.0915	0.0105	0.0464	0.028	-0.003	0.0633	0.0062	0.0305	0.2796	128.1048	52.3408
4	2.2456	-0.5813	1.1819	0.973	-0.5289	1.3907	0.018	0.2934	-0.0483	-0.0844	-0.0176	-0.1073	-0.088	0.1522	-0.0003	0.0611	-0.0249	-0.0043	0.1233	-0.0225	0.0749	7.7351	120.5035	46.1933
5	3.1025	-0.1756	0.8169	0.1877	-0.041	2.4536	-0.0603	0.2435	0.0866	-0.0476	0.0342	-0.0496	-0.0781	0.3891	0.0262	0.0315	-0.0619	0.0115	0.1675	-0.0239	0.1094	33.196	127.1187	54.1126
6	2.0311	-0.2064	-0.3362	1.0333	0.1971	1.0069	-0.0196	0.0974	-0.1655	-0.0286	-0.0057	0.05	0.0769	-0.1537	0.0252	0.0824	-0.0346	0.0253	0.0763	-0.0335	0.096	-0.229	84.2292	61.6644
7	2.0861	0.4903	-0.1623	1.323	-0.2651	1.5453	0.0778	-0.0944	-0.2992	0.055	0.0536	0.0408	0.2729	0.0207	-0.1313	0.1563	-0.0252	-0.02	0.0526	0.0168	0.1363	5.7665	52.7056	54.917
8	2.5041	0.5998	-0.1534	2.5377	-0.5314	2.1802	-0.0066	0.1971	-0.0785	-0.2862	0.0802	0.0005	0.1258	0.1089	-0.0736	0.1203	0.0089	-0.0239	0.0452	-0.0267	0.0195	11.3424	59.6914	43.6706
9	2.3258	-0.7561	-0.4328	3.3825	3.3421	4.4215	0.0437	0.0374	0.0962	-0.1589	-0.1792	0.4264	0.115	-0.2865	0.1355	0.2135	-0.0456	-0.0258	0.1205	0.0102	0.2029	1.6864	66.9451	52.1644
10	1.1811	0.6392	-1.704	1.2969	-0.2973	3.5218	-0.0926	-0.1951	-0.0587	0.0034	0.027	0.0667	0.1608	0.0592	0.0656	0.1048	-0.0123	0.0487	0.2175	0.07	0.1629	-6.8259	58.1418	70.8523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	179 - 307
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	308 - 373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	374 - 457
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-1 - 125
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	126 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	181 - 335
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	336 - 363
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	364 - 457

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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