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万見
- PDB-4g5h: Crystal structure of capsular polysaccharide synthesizing enzyme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g5h
タイトルCrystal structure of capsular polysaccharide synthesizing enzyme CapE from Staphylococcus aureus in complex with by-product
要素Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap8E
キーワードLYASE / Rossmann fold / Short-chain dehydrogenase/reductase / capsular polysaccharide synthesis / oxidase / epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 4-epimerase CapD, C-terminal domain / Polysaccharide biosynthesis protein C-terminal / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...UDP-glucose 4-epimerase CapD, C-terminal domain / Polysaccharide biosynthesis protein C-terminal / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-UD7 / UDP-glucose 4-epimerase / Galactowaldenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Miyafusa, T. / Caaveiro, J.M.M. / Tanaka, Y. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Dynamic elements govern the catalytic activity of CapE, a capsular polysaccharide-synthesizing enzyme from Staphylococcus aureus.
著者: Miyafusa, T. / Caaveiro, J.M. / Tanaka, Y. / Tsumoto, K.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年9月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap8E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,54619
ポリマ－40,9571
非ポリマー2,58918
水2,450136
1
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap8E
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,276114
ポリマ－245,7396
非ポリマー15,537108
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area51780 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area66900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.030, 124.030, 103.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap8E


分子量: 40956.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: capE / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A2Y4, UniProt: A0A0H3JPH0*PLUS, UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting)

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非ポリマー , 5種, 154分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-UD7 / [(2R,3R,4R,6R)-3-acetamido-6-methyl-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-oxan-2-yl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate / UDP-2-アセトアミド-4-デヒドロ-2,6-ジデオキシグルコ-ス


分子量: 589.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N3O16P2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium succinate, Potassium formate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→35.804 Å / Num. all: 38463 / Num. obs: 38463 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.88-1.987.71.0070.8870.84255254930.3531.0070.8872.4100
1.98-2.17.70.6390.5621.34063352500.2250.6390.5623.7100
2.1-2.257.70.3870.3392.23820849380.1360.3870.3395.9100
2.25-2.437.70.2540.2233.33548146010.090.2540.2238.3100
2.43-2.667.70.1860.1624.63267242630.0660.1860.16210.8100
2.66-2.977.60.1210.1056.82946238780.0430.1210.10514.6100
2.97-3.437.50.0770.067102590434500.0280.0770.06719.7100
3.43-4.27.30.0650.05710.52139829340.0240.0650.05724.599.9
4.2-5.957.10.0750.0658.41640323250.0280.0750.06534.199.7
5.95-35.8047.10.0440.03814.9943113310.0160.0440.03843.697.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.98 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å35.8 Å
Translation2 Å35.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→35.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.2099 / WRfactor Rwork: 0.1757 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 5.416 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1189 / SU Rfree: 0.1155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2087 1546 4 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
all0.1765 38538 --
obs0.1765 38453 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.26 Å2 / Biso mean: 38.5645 Å2 / Biso min: 14.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→35.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2722 0 167 136 3025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.023014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4642.024078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8165365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52124.815135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.52815534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6011517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022206
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 115 -
Rwork0.262 2423 -
all-2538 -
obs-2538 99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1150.0648-0.1010.17590.10320.30180.0025-0.0084-0.0038-0.02940.0449-0.01460.03110.0591-0.04740.21070.0183-0.03050.116-0.02430.1619-49.290718.478912.9501
20.84640.08850.63380.23170.26811.1092-0.03750.0244-0.0060.00840.0255-0.0330.38540.1270.0120.38850.108-0.00310.0571-0.02060.1386-44.1478-3.059223.9994
30.6791-0.0658-0.29140.04140.01680.6594-0.00630.01030.0491-0.0616-0.01490.01770.39340.03050.02120.36870.0579-0.02230.0166-0.02730.1159-51.725-2.153215.4362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 163
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 225
3X-RAY DIFFRACTION2A166 - 199
4X-RAY DIFFRACTION2A227 - 282
5X-RAY DIFFRACTION3A283 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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