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万見
- PDB-4g3v: Crystal structure of A. Aeolicus nlh2 gaf domain in an inactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3v
タイトルCrystal structure of A. Aeolicus nlh2 gaf domain in an inactive state
要素Transcriptional regulator nlh2
キーワードTranscription regulator / GAF domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / GAF domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Batchelor, J.D. / Lee, P. / Wang, A. / Doucleff, M. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural mechanism of GAF-regulated delta(54) activators from Aquifex aeolicus
著者: Batchelor, J.D. / Lee, P.S. / Wang, A.C. / Doucleff, M. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2012年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator nlh2
B: Transcriptional regulator nlh2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9576
ポリマ－38,8152
非ポリマー1424
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.450, 65.450, 128.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The asymmetric unit contains the biologically relevant dimer.

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator nlh2


分子量: 19407.598 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: nlh2, aq_1792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67661
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% PEG 550 monomethyl ether, 150mM MgCl2, and 100mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 35851 / Num. obs: 35725 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.67 % / Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.163 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 1947 5.45 %RANDOM
Rwork0.1626 ---
obs0.165 35719 99.73 %-
all-35849 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.463 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7143 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.7143 Å20 Å2
3---5.4286 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 4 169 2743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3411000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003443
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7001-1.74260.32771400.254323572364100
1.7426-1.78960.26981390.206823792665100
1.7896-1.84230.24651340.174323922401100
1.8423-1.90170.24971390.164223872558100
1.9017-1.96960.21371350.153823852613100
1.9696-2.04840.21390.140723822578100
2.0484-2.14150.20321400.135123992435100
2.1415-2.25420.1591420.125324192513100
2.2542-2.39520.18311390.129723782697100
2.3952-2.57970.21691380.136824332234100
2.5797-2.83860.20711370.148824582844100
2.8386-3.24760.22461390.156924152556100
3.2476-4.08510.19261430.160624852618100
4.0851-19.16450.20441430.19222503264797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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