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- PDB-4g3n: Mycobacterium tuberculosis gyrase type IIA topoisomerase C-termin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3n
タイトルMycobacterium tuberculosis gyrase type IIA topoisomerase C-terminal domain at 1.4 A resolution
要素DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / DNA gyrase C-terminal domain / beta-propeller / topoisomerase type IIA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta ...DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / EF-hand calcium-binding domain. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Darmon, A. / Piton, J. / Petrella, S. / Aubry, A. / Mayer, C.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase possesses two functional GyrA-boxes.
著者: Bouige, A. / Darmon, A. / Piton, J. / Roue, M. / Petrella, S. / Capton, E. / Forterre, P. / Aubry, A. / Mayer, C.
履歴
登録2012年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3351
ポリマ－35,3351
非ポリマー00
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.700, 80.519, 88.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 35334.746 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 512-838 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: gyrA, MT0006, mtct10h4.04, MTCY10H4.04, Rv0006, rv006
プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q07702, UniProt: P9WG47*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES 100 mM PH 7.5, NaCl 200 mM, PEG 3350 20-30%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.09 Å / Num. obs: 53387 / % possible obs: 96.6 % / Biso Wilson estimate: 21.09 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZI0

1zi0


解像度: 1.4→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9601 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9473 / SU R Cruickshank DPI: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 2701 5.07 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1868 53241 96.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8801 Å20 Å20 Å2
2--1.1111 Å20 Å2
3----0.231 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.194 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 0 296 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012365HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.093196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d860SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes359HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2365HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion311SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3009SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 176 5.45 %
Rwork0.2366 3055 -
all0.237 3231 -
obs--96.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1447-0.143-0.22880.85630.29210.924-0.0325-0.11150.08620.06790.0061-0.01120.0730.10150.0264-0.0452-0.00360.0023-0.0093-0.0369-0.007926.09645.374819.3313
20.85140.17020.07060.8952-0.24330.8548-0.04530.09470.1924-0.036-0.0026-0.06940.03910.15330.0479-0.03540.0041-0.00880.0338-0.00090.006520.222944.59072.214
31.07030.3547-0.49591.2545-0.68661.6742-0.09030.06640.0855-0.14110.08770.08330.1944-0.01370.0026-0.0523-0.0031-0.0154-0.0533-0.0056-0.063610.498138.16951.014
41.1115-0.04550.56221.9291-1.57881.8544-0.0318-0.1331-0.0605-0.14260.07980.06230.2148-0.1885-0.048-0.03130.00980.0205-0.0459-0.0003-0.0389.353324.046515.7876
50.33020.2278-0.67270-1.22231.1188-0.00010.04130.0177-0.0280.0509-0.1219-0.006-0.0846-0.05080.0688-0.03110.0379-0.0451-0.02280.079923.448232.192519.1805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|512 - A|606 }A512 - 606
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|607 - A|644 }A607 - 644
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|645 - A|718 }A645 - 718
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|719 - A|816 }A719 - 816
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|817 - A|820 }A817 - 820

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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